求助磷酸根发生较大扭曲-gaff2

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-6-25 10:15:04

我用amber里面的gaff2力场跑含有磷酸钙这样的体系，结果发现磷酸根发生较大扭曲，如图中所示，请问这是什么原因导致的呢，下面是参数文件，谢谢。

MD simulation
&cntrl
imin=0, ! Perform MD
nstlim=3000000, !Number of MD steps
dt=0.001,       ! timestep = 1 fs
ntx=5,
irest=1,
ntpr=5000,
ntwr=5000,
ntwx=5000,

tempi=300.0,
temp0=300.0,
ntt=3,          ! temperature control
gamma_ln=1.0,
      cut=8,
      pres0 = 1.0,
      taup = 2.0,          ! The time constant for T coupling is 2 ps
ntb=2,          ! periodic boundary with constant pressure
ntp=1,          ! pressure control

   ntc=1,          ! Bonds involving hydrogen are constrained with SHAKE algorithm
ntf=1,          ! Bond interactions involving H-atoms omitted (use with NTC=2)

      ioutfm=1,

   iwrap=1,       ! iwrap is turned off
/

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-6-25 18:28:20

还有一个问题就是amber里面怎么导入OH呢，谢谢

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-10-29 19:13:08

您好。请问您这个问题解决了吗

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-1 13:17:43

起码靠GAFF是足矣描述磷酸根的，之前用acpype产生磷酸根的拓扑文件在GROMACS里跑得很好
应当自行检查原子类型、指认的力场参数，确保无误

AiYuqing22 · 发表于 Post on 2023-6-30 16:34:00

你好！我也遇到这个问题，请问您解决了吗？或者找到原因了吗？我仔细检查了itp和pdb，是一一对应的，实在没有想到其他原因了。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-6-30 17:39:37

AiYuqing22 发表于 2023-6-30 16:34
你好！我也遇到这个问题，请问您解决了吗？或者找到原因了吗？我仔细检查了itp和pdb，是一一对应的，实在没 ...

GAFf2默认的O-P-O键角不合适吧，改成109.5°试试呢

zhanglingyu · 发表于 Post on 2024-9-26 15:54:35

AiYuqing22 发表于 2023-6-30 16:34
你好！我也遇到这个问题，请问您解决了吗？或者找到原因了吗？我仔细检查了itp和pdb，是一一对应的，实在没 ...

您好，有磷酸根的力场文件和pdb文件吗？可以发我一份吗？

zhanglingyu · 发表于 Post on 2024-9-26 15:59:35

您好，您有磷酸根的力场文件和pdb文件吗，可以发我一份吗？

xinlanyh · 发表于 Post on 2024-9-28 20:48:43

似乎amber在处理磷酸根的相关的体系就是有问题的，我是把原子类型，电荷和参数按amber力场里DNA的相关参数改动了。

AiYuqing22 · 发表于 Post on 2024-9-30 22:20:57

zhanglingyu 发表于 2024-9-26 15:54
您好，有磷酸根的力场文件和pdb文件吗？可以发我一份吗？

可以找找文献。我是用MS画结构，然后用高斯优化，再用Multiwfn得到GAFF力场和RESP电荷的。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] 求助 磷酸根发生较大扭曲-gaff2

[Amber] 求助磷酸根发生较大扭曲-gaff2