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[综合交流] ligpargen返回的opls力场的拓扑文件没有improper项

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楼主
新手小白一枚,我在获取某分子opls-aa力场的拓扑文件时遇到了一些困惑。我使用gview得到某分子的.mol2文件,将Ar改为ar并检查其他成键无误后,将.mol2文件(见附件1)提交给离线版本的ligpargen,期望得到此分子opls-aa力场的拓扑文件,但是返回的.itp文件(见附件2)中却不存在dihedral的improper项,只有proper项,这是为什么呢?是否需要手动添加improper内容呢?
此分子有200+个原子,在线版ligpargen无法处理。
如果ligpargen无法很好的处理这个分子的话,了解到autoff、tppmktop、acpype也可以获得opls-aa力场的拓扑文件,用这些程序靠谱吗?


附件1.mol2

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附件2.itp

115.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2024-10-10 16:58:09 | 只看该作者 Only view this author
用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生基于GAFF/GAFF2力场的此体系的拓扑文件好得很
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-10 19:03:58 | 只看该作者 Only view this author
老师,我参考文献使用的是oplsaa力场,所以需要用oplsaa力场。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-10 19:05:14 | 只看该作者 Only view this author
老师,没有improper项影响大吗?

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