用amber在构建聚合物的过程中缺乏力场，应该如何解决

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-10-9 19:23:09

各位老师好，我在使用amber构建聚合物的过程中参照amber官网教程发现缺少res文件，然而我找不到PEG的相关力场，同时，使用自己通过MS绘制的PEG文件通过antechamber构建出的frcmod文件中没有内容，并且在后续tleap运行过程中仍提示部分残基没有类型，我应该如何解决。

Serious · 发表于 Post on 2024-10-9 21:42:28

本帖最后由 Serious 于 2024-10-9 22:01 编辑

1）假定你说的是这个教程：PET polymer ；
2）如果你完整过了一遍教程，pet.res就是个写在prepi文件的remark，默认是molecule.res，前缀和rn一样就方便识别点。其次这个教程就是构建单体prepi文件和计算单体电荷。力场用GAFF或者GAFF2。

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-10-10 13:32:57

老师，那这个res文件是不需要管的吗，我用packmol将构建的聚合物PDB文件和水和酶构建成一个体系盒子，在用leap生成坐标文件和拓扑文件时用了ff14SB，tip3p，gaff力场，但是加载体系文件时自动创建了很多新原子，并且在保存坐标文件和拓扑文件时提示很多原子都缺少类型（type）这应该如何处理。

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-10-10 13:33:22

Serious 发表于 2024-10-9 21:42
1）假定你说的是这个教程：PET polymer ；
2）如果你完整过了一遍教程，pet.res就是个写在prepi文件的rema ...

老师，那这个res文件是不需要管的吗，我用packmol将构建的聚合物PDB文件和水和酶构建成一个体系盒子，在用leap生成坐标文件和拓扑文件时用了ff14SB，tip3p，gaff力场，但是加载体系文件时自动创建了很多新原子，并且在保存坐标文件和拓扑文件时提示很多原子都缺少类型（type）这应该如何处理。

Serious · 发表于 Post on 2024-10-10 20:05:33

本帖最后由 Serious 于 2024-10-10 20:14 编辑

肖安炜发表于 2024-10-10 13:33
老师，那这个res文件是不需要管的吗，我用packmol将构建的聚合物PDB文件和水和酶构建成一个体系盒子，在 ...

1）你说的“res”不是文件啊。。打开你生成的prepi文件看看就懂了。
2）你说的太简略了，判断不了你是缺了什么。比如说你有没有load聚合物单体的prepi文件？残基名、原子名是否与你load的力场对应？

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