求助：周期性边界处理不好导致的RMSD剧烈波动

dayu8278

各位大佬好！

最近运行完蛋白-蛋白的MD后，采用gmx trjconv对坐标文件进行处理，处理过程如下：

                                                                                                                                                                        [size=10.000000pt]检查原子是否穿过了盒子边缘，是的话将它们放回，旨在保持所有分子完整[size=10.000000pt]，选择是‘system’                                                                                               
                               
                       
               
       
echo '0 \n' | gmx trjconv -f ../MD.xtc -s ../EM/EM.tpr -o product_nojump.xtc -pbc nojump


                                                                                                                                                                        [size=10.000000pt]将分子的质心至于盒子内，选择是‘system’                                                                                               
                               
                       
               
       
echo '0 \n' | gmx trjconv -f product_nojump.xtc -s ../EM/EM.tpr -o product_mol.xtc -pbc mol

通过上述文件处理后，我想要的蛋白理想状态如下：



但是有的时候会出现



这种情况会导致RMSD剧烈变化，请问这种情况该如何处理呢？

两个蛋白初始位置如下：

dzdhp

建议模拟的时候就设置好消除平动和转动，就不会出现这种跑出盒子外的情况。

Seyilaxa

可以设置把某一个残基甚至是某一个原子放在盒子中间。例如这篇博文讲的：https://jerkwin.github.io/2016/0 ... %E5%A4%84%E7%90%86/

sobereva

trjconv结合-pbc cluster处理轨迹。
下文里搜cluster
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

dayu8278

Seyilaxa 发表于 2024-1-28 16:11
可以设置把某一个残基甚至是某一个原子放在盒子中间。例如这篇博文讲的：https://jerkwin.github.io/2016/0 ...

谢谢，我后来就是这么做的，把一个蛋白设置为center，另外一个蛋白也就跟着过来了，谢谢大佬

dayu8278

dzdhp 发表于 2024-1-28 11:34
建议模拟的时候就设置好消除平动和转动，就不会出现这种跑出盒子外的情况。

请问大佬是在mdp文件中设置吗？

dayu8278

sobereva 发表于 2024-1-29 04:36
trjconv结合-pbc cluster处理轨迹。
下文里搜cluster
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡

谢谢Sob老师的回复，感谢！

Liota

dayu8278 发表于 2024-1-29 09:59
请问大佬是在mdp文件中设置吗？

是的

youknowdcf

dayu8278 发表于 2024-1-29 09:59
请问大佬是在mdp文件中设置吗？

这个消除平动和转动，我感觉也是属于人为控制的一部分，所以如果非必要，尽量不使用这个，让它自然热力学运动更符合实际情况。