请问cp2k怎样计算吉布斯自由能

reid · 发表于 Post on 2022-11-24 19:40:45

本帖最后由 reid 于 2022-11-24 19:42 编辑

使用cp2k 2022.1版，拿氧气分子练习计算自由能。先优化后计算频率，输入文件见O2-opt.inp和O2-freq.inp。均顺利计算完毕，但查看频率结果时（O2-freq.out）发现“Gibbs energy correction [kJ/mol]: Infinity”，请问这是什么原因？请教如何用cp2k计算自由能，谢谢！

ChemG · 发表于 Post on 2022-11-24 20:11:08

最简单的方法，使用社长的Shermo处理你的振动分析输出文件，直接就按照Gaussian输出的样式给你了
http://sobereva.com/soft/shermo/

chands · 发表于 Post on 2022-11-24 20:20:34

你加了三个方向的PBC，你把PBC改成NONE试试。

reid · 发表于 Post on 2022-11-24 21:06:40

chands 发表于 2022-11-24 20:20
你加了三个方向的PBC，你把PBC改成NONE试试。

您的意思是都改成非周期？

reid · 发表于 Post on 2022-11-24 21:10:16

ChemG 发表于 2022-11-24 20:11
最简单的方法，使用社长的Shermo处理你的振动分析输出文件，直接就按照Gaussian输出的样式给你了
http://s ...

您好，我知道社长这个软件。但是输出文件里如果没有自由能校正因子也能用软件导出来？谢谢

chands · 发表于 Post on 2022-11-24 21:19:48

reid 发表于 2022-11-24 21:06
您的意思是都改成非周期？

对。

reid · 发表于 Post on 2022-11-24 21:29:41

reid 发表于 2022-11-24 21:06
您的意思是都改成非周期？

PBC那里改成NONE，但Gibbs Engergy correction 仍旧是 InfinityF:\serve\常用分子热力学能\1.bmp

chands · 发表于 Post on 2022-11-24 21:35:15

reid 发表于 2022-11-24 21:29
PBC那里改成NONE，但Gibbs Engergy correction 仍旧是 Infinity

文件没传上来。

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-25 00:50:35

reid 发表于 2022-11-24 21:10
您好，我知道社长这个软件。但是输出文件里如果没有自由能校正因子也能用软件导出来？谢谢

哪来的什么所谓的“自由能校正因子”，根本没这种东西。那叫自由能热校正量。
CP2K只要能正常输出振动频率，Shermo就能算出热力学量

reid · 发表于 Post on 2022-11-25 08:50:06

非常感谢几位的回答，问题已解决，就是用sob大神的Shermo，流程很简单，先结构优化，再跑freq，最后跑单点。把单点能填到ini中，再把freq的out文件拖入Shermo窗口，马上就出来结果。再一次佩服大神！

HAC · 发表于 Post on 2024-9-26 22:17:04

reid 发表于 2022-11-25 08:50
非常感谢几位的回答，问题已解决，就是用sob大神的Shermo，流程很简单，先结构优化，再跑freq，最后跑单点 ...

请问吧单点能填到ini中是具体指什么，直接用freq的out拖入Shermo窗口里面的总校正能量可以代表该状态下的总能量吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-27 07:54:22

HAC 发表于 2024-9-26 22:17
请问吧单点能填到ini中是具体指什么，直接用freq的out拖入Shermo窗口里面的总校正能量可以代表该状态下的 ...

先把此文仔细看了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

HAC · 发表于 Post on 2024-9-27 09:30:18

sobereva 发表于 2024-9-27 07:54
先把此文仔细看了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/55 ...

嗯嗯，谢谢sob老师

hulei · 发表于 Post on 2024-10-29 09:14:18

reid 发表于 2022-11-25 08:50
非常感谢几位的回答，问题已解决，就是用sob大神的Shermo，流程很简单，先结构优化，再跑freq，最后跑单点 ...

说到底就是最后也没用CP2K，直接用shermo算自由能就行对吧？

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