gmx select选区以及travis联用生成SDF时PDB问题

jlyjlysjd

现在有了一个md平衡态的结构如下：

我想统计一下Mg离子的溶剂化结构的SDF。
第一步我首先选区选出其中一个溶剂化结构：
gmx select -f prd-mol.xtc -s prd.gro -select 'name O01 and within 0.3 of resid 501 and name Mg01' -on test.ndx

但是这句话只能生成这个Mg离子周围的6个水分子，如何才能把这个Mg离子也统计上？

第二步使用上述生成的ndx文件，生成PDB文件。
第二个问题就是：
我想使用gmx trjconv -f prd-mol.xtc -s prd.tpr -o prd.pdb -n test.ndx 导出pdb时，怎样能使得这个溶剂化结构变成一个整体，travis能够识别出这个整体呢，应该怎么处理？

谢谢各位老师！