求助，NAMD使用QM/MM接口，程序无法完整运行的问题

qixingguicai

您好！我想使用Namd的QM/MM接口做荧光蛋白的模拟，正常跑完MD后，在做QM/MM时NAMD总是在调用脚本时（run_gaussian.py）报错：“FATAL ERROR: Error running command for QM forces calculation”。之后我使用内置的MOPAC接口以及QM/MM教程中的文件做QM/MM模拟，使用QwikMD以及命令行提交作业，也无法实现完整的QM/MM模拟（版本是NAMD_2.13_Win64-multicore），在linux系统下也进行了尝试（版本是NAMD_Git-2019-06-12_Linux-x86_64-multicore），但也是报错“FATAL ERROR: Error running command for QM forces calculation”。这个问题一直绕不过去，请问有哪位做过namd程序QM/MM接口的高人指点一下吗？感激不尽。

在log文件中报错如下，都是在计算QM force时终止。
Info: Optimizing 4 FFT steps.  1... 2... 3... 4...   Done.
Info: Startup phase 7 took 0 s, 10.4648 MB of memory in use
Info: Startup phase 8 took 0 s, 10.4648 MB of memory in use
Info: Startup phase 9 took 0.00100017 s, 10.4648 MB of memory in use
Info: Startup phase 10 took 0 s, 10.4648 MB of memory in use
Info: Startup phase 11 took 0 s, 10.4648 MB of memory in use
LDB: Central LB being created...
Info: Startup phase 12 took 0 s, 10.4648 MB of memory in use
Info: CREATING 47 COMPUTE OBJECTS
Info: Startup phase 13 took 0 s, 10.5547 MB of memory in use
Info: Startup phase 14 took 0 s, 10.5547 MB of memory in use
Info: Startup phase 15 took 0 s, 10.9727 MB of memory in use
Info: Finished startup at 0.205 s, 10.9727 MB of memory in use

TCL: Running for 1000 steps
Info: List of ranks running QM simulations: 0.
FATAL ERROR: Error running command for QM forces calculation.

这是在使用linux下的QwikMD时程序给的报错细节
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: Error running command for QM forces calculation.

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: Error running command for QM forces calculation.

    while executing
"::exec /home/wwz/vmd/NAMD_Git-2019-06-12_Linux-x86_64-multicore/namd2 +idlepoll +setcpuaffinity +p6 QMMM-Min.conf >> QMMM-Min.log"
    ("eval" body line 1)
    invoked from within
"eval ::exec [list $exec_path] [lrange $args 1 end]"
    (procedure "::ExecTool::exec" line 14)
    invoked from within
"::ExecTool::exec namd2 +idlepoll +setcpuaffinity +p6 QMMM-Min.conf >> QMMM-Min.log"
    ("eval" body line 1)
    invoked from within
"eval ::ExecTool::exec $exec_command  >> $conf.log"
    (procedure "QWIKMD::Run" line 250)
    invoked from within
"QWIKMD::Run"
    invoked from within
".qwikmd.nbinput.f2.fcontrol.fcolapse.f1.run.button_Calculate invoke "
    invoked from within
".qwikmd.nbinput.f2.fcontrol.fcolapse.f1.run.button_Calculate instate {pressed !disabled} { .qwikmd.nbinput.f2.fcontrol.fcolapse.f1.run.button_Calculat..."
    (command bound to event)
希望有做过Namd QM/MM模拟的同学和老师指点一二！

fhh2626

可能是QM执行文件的路径没有设置对，或者QM软件无法运行（缺少运行权限，QM软件参数设错等等）

另外任何时候都只应该使用软件的最新版本

qixingguicai

fhh2626 发表于 2021-10-29 14:54
可能是QM执行文件的路径没有设置对，或者QM软件无法运行（缺少运行权限，QM软件参数设错等等）

另外任何 ...

感谢老师解答，我尝试过独立运行MOPAC程序，是没有问题的，可以得到输出文件，至于路径，我是依照实际路径写的，不知道这里有没有要注意的问题。我查阅namd上的mailing list的相关问题，只有提到过QM程序没有正常运行或者是丢失库的链接，只是我不知道无法解决，还请老师指教！非常感谢。
版本是因为之前装集群的时候是这个版本，所以使用的是这个版本的namd，VMD是使用的最新版本。

yjb

请问你是如何处理QM-MM bonds原子的设置的？

yjb

yjb 发表于 2024-12-6 13:33
请问你是如何处理QM-MM bonds原子的设置的？

谢谢老师，解决了。
"qmColumn beta"
qmBondColumn occ"
The QM atoms with the bonds have 1.00 1.00 in the occupancy beta columns
The MM atoms with the bonds have 1.00 0.00 in the occupancy beta columns

参考链接
https://www.ks.uiuc.edu/Research ... 2020-2021/0135.html