求助 磷酸根发生较大扭曲-gaff2

chw985550192

我用amber里面的gaff2力场跑含有磷酸钙这样的体系，结果发现磷酸根发生较大扭曲，如图中所示，请问这是什么原因导致的呢，下面是参数文件，谢谢。

MD simulation
&cntrl
    imin=0,    ! Perform MD
    nstlim=3000000,    !Number of MD steps
    dt=0.001,        ! timestep = 1 fs
    ntx=5,        
    irest=1,
    ntpr=5000,
    ntwr=5000,
    ntwx=5000,
   
    tempi=300.0,
    temp0=300.0,
    ntt=3,            ! temperature control
    gamma_ln=1.0,        
        cut=8,
        pres0 = 1.0,
        taup = 2.0,             ! The time constant for T coupling is 2 ps
    ntb=2,            ! periodic boundary with constant pressure
    ntp=1,            ! pressure control
                  
     ntc=1,            ! Bonds involving hydrogen are constrained with SHAKE algorithm
    ntf=1,            ! Bond interactions involving H-atoms omitted (use with NTC=2)
        
        ioutfm=1,  
     
     iwrap=1,        ! iwrap is turned off
/

chw985550192

还有一个问题就是amber里面怎么导入OH呢，谢谢

努力向上的boy

您好。请问您这个问题解决了吗

sobereva

起码靠GAFF是足矣描述磷酸根的，之前用acpype产生磷酸根的拓扑文件在GROMACS里跑得很好
应当自行检查原子类型、指认的力场参数，确保无误

AiYuqing22

你好！我也遇到这个问题，请问您解决了吗？或者找到原因了吗？我仔细检查了itp和pdb，是一一对应的，实在没有想到其他原因了。

slxc920113

AiYuqing22 发表于 2023-6-30 16:34
你好！我也遇到这个问题，请问您解决了吗？或者找到原因了吗？我仔细检查了itp和pdb，是一一对应的，实在没 ...

GAFf2默认的O-P-O键角不合适吧，改成109.5°试试呢

zhanglingyu

AiYuqing22 发表于 2023-6-30 16:34
你好！我也遇到这个问题，请问您解决了吗？或者找到原因了吗？我仔细检查了itp和pdb，是一一对应的，实在没 ...

您好，有磷酸根的力场文件和pdb文件吗？可以发我一份吗？

zhanglingyu

您好，您有磷酸根的力场文件和pdb文件吗，可以发我一份吗？

xinlanyh

似乎amber在处理磷酸根的相关的体系就是有问题的，我是把原子类型，电荷和参数按amber力场里DNA的相关参数改动了。

AiYuqing22

zhanglingyu 发表于 2024-9-26 15:54
您好，有磷酸根的力场文件和pdb文件吗？可以发我一份吗？

可以找找文献。我是用MS画结构，然后用高斯优化，再用Multiwfn得到GAFF力场和RESP电荷的。

SiqiLee

xinlanyh 发表于 2024-9-28 20:48
似乎amber在处理磷酸根的相关的体系就是有问题的，我是把原子类型，电荷和参数按amber力场里DNA的相关参数 ...

效果怎样呢？有数据或文献支撑嘛？主要是怕不合理被审稿人问