分子对接结果Pymol可视化，显示的结合位点氨基酸残基名称和理论完全对不上怎么回...

songsongls

分子对接结果在Pymol上可视化，显示的结合位点氨基酸残基名称和理论完全对不上怎么回事。


老师说这个之前文献里提到的都是198，257，和这个完全对不上。

Serious

1）pymol显示的就是输入文件的残基id。要想对上原始蛋白序列的序号，得修改输入pdb文件的残基id。

smooth85

人源和鼠源的sequence序号是不一样的

另外，看看是不是蛋白质的链选的不对

songsongls

Serious 发表于 2024-12-26 23:21
1）pymol显示的就是输入文件的残基id。要想对上原始蛋白序列的序号，得修改输入pdb文件的残基id。

感谢您的回复，请问该如何修改输入pdb文件的残基ID？

songsongls

smooth85 发表于 2024-12-27 08:12
人源和鼠源的sequence序号是不一样的

另外，看看是不是蛋白质的链选的不对

谢谢您的回答，我是在Uniprot上面找到的蛋白质，是稻曲菌真菌的蛋白质，研究的比较少，只在这个上面找到了。

HNUST

我估计蛋白质都不是同一个，序列都不一样。。你做复现，不一定要完全一样，只要关键几个氨基酸做出来了就行。。。

Serious

songsongls 发表于 2024-12-28 11:58
感谢您的回复，请问该如何修改输入pdb文件的残基ID？

1）关于PDB文件具体格式，你可以上网搜；
2）比如残基id为156的ALA：若想改成158，就把156替换为158。。。

3）问问gpt写个简单的脚本吧。。

student0618

pymol的话Google搜一下就找到如何用alter指令改编号了哦......
https://pymolwiki.org/index.php?title=Alter&redirect=no

songsongls

HNUST 发表于 2024-12-28 13:24
我估计蛋白质都不是同一个，序列都不一样。。你做复现，不一定要完全一样，只要关键几个氨基酸做出来了就行 ...

谢谢你的回答，老师说这个分子对接的结果是放在他的文章里面做一个补充的证明材料，这个物质与该蛋白质的结合位点之前也有文章提到过。

songsongls

Serious 发表于 2024-12-28 14:07
1）关于PDB文件具体格式，你可以上网搜；
2）比如残基id为156的ALA：若想改成158，就把156替换为158。。 ...

感谢您的回答，我想问一下，怎么样才能查看对接结果显示对接的位置是原始蛋白质的对应氨基酸位点，改残基ID的话，我也不知道改哪个才是对应上原始蛋白质的，是要看该蛋白质的氨基酸序列吗？

HNUST

songsongls 发表于 2024-12-28 18:32
谢谢你的回答，老师说这个分子对接的结果是放在他的文章里面做一个补充的证明材料，这个物质与该蛋白质的 ...

那你直接把之前的文章复现一下

Serious

songsongls 发表于 2024-12-28 18:35
感谢您的回答，我想问一下，怎么样才能查看对接结果显示对接的位置是原始蛋白质的对应氨基酸位点，改残基 ...

1.1）你不是在UniProt上有原始序列吗？在PyMol那对应着找呗。。

1.2）如果用于docking的蛋白，序列是连续的，知道第一个残基对应原始序列的id，弄个脚本全都改了就完了。。
2）其实也不一定要改pdb文件的残基id。PyMol导出图片后，在adobe illustrator等软件把残基id加上不也行。。

songsongls

Serious 发表于 2024-12-29 10:41
1.1）你不是在UniProt上有原始序列吗？在PyMol那对应着找呗。。

1.2）如果用于docking的蛋白，序列是 ...

好的，谢谢你。