求助在autodock对接蛋白时，在对接前和生成蛋白pdbqt后氨基酸的原子类型发生变化

fanfan要加油 · 发表于 Post on 2025-1-7 14:49:43

这是对接以前的蛋白的pdb文件就是MET氨基酸关于硫原子是S

但是用autodock生成蛋白pdbqt以后就是变成了这个样子 SA

求讲解目前我知道的是这个最后一列代表的是这个意思

但是我不明白的就是之前met残基就没有二硫键为什么用autodock生成了pdbqt文件以后就会变成SA 这个SA是代表着二硫键吗

KAIMISITERUI · 发表于 Post on 2025-1-7 15:19:04

看后面的注释，SA原子类型显然表示“能够接受两个氢键的硫原子”，和二硫键没有任何直接关系。

fanfan要加油 · 发表于 Post on 2025-1-8 13:50:18

KAIMISITERUI 发表于 2025-1-7 15:19
看后面的注释，SA原子类型显然表示“能够接受两个氢键的硫原子”，和二硫键没有任何直接关系。

好滴谢谢

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[分子对接] 求助在autodock对接蛋白时，在对接前和生成蛋白pdbqt后氨基酸的原子类型发生变化