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[Material Studio] 分子动力学模拟时间问题请教

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各位大神,我跑MD模拟,时间为30 ps,从图来看,体系应该已经平衡了吧,那还有必要进行更长时间的模拟吗?

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发表于 Post on 2019-5-7 07:44:43 | 只看该作者 Only view this author
算不算平衡了、怎么判断平衡,必须看具体体系
你上面列出的这些量都是最容易收敛的量,这些量收敛了,未必你关心的研究的对象真正达到了平衡。
如果只是诸如均相小分子溶液,可以通过这些标准认为已经平衡了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-5-7 10:18:54 | 只看该作者 Only view this author
能量平衡是最不靠谱的,实际上能量并不能作为体系平衡的判据
实际上,判断体系是否稳定应当采用扩散系数,如果体系中,所有组分的扩散系数不再发生变化就说明体系平衡
可以想象,一个热力学过程并不一定全部由能量驱动,其中可能包含熵效应(而熵效应的存在可能使能量驱动过程并不是一段),越复杂的体系、过程能量判据越不准确,除非极其均匀的体系(如简单的范德华珠子模型),能量都不能完全作为体系平衡判据

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-10 08:21:01 | 只看该作者 Only view this author
hdmd 发表于 2019-5-7 10:18
能量平衡是最不靠谱的,实际上能量并不能作为体系平衡的判据
实际上,判断体系是否稳定应当采用扩散系数, ...

谢谢你的回答,我刚入门MS,还有好多需要学习的地方,请问扩散系数怎么计算。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-16 08:08:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-7 07:44
算不算平衡了、怎么判断平衡,必须看具体体系
你上面列出的这些量都是最容易收敛的量,这些量收敛了,未必 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-9-24 10:45:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-7 07:44
算不算平衡了、怎么判断平衡,必须看具体体系
你上面列出的这些量都是最容易收敛的量,这些量收敛了,未必 ...

sob老师,对于主客体复合物体系,伞形采样的单个窗口的模拟应该如何判断是否达到平衡?

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发表于 Post on 2019-9-28 23:19:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-7 07:44
算不算平衡了、怎么判断平衡,必须看具体体系
你上面列出的这些量都是最容易收敛的量,这些量收敛了,未必 ...

老师,我用GMX模拟离子液体液液萃取体系,该怎样判断体系是否达到平衡了呢?
钱塘江上潮信来,今日方知我是我。

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发表于 Post on 2019-9-28 23:47:45 | 只看该作者 Only view this author
纵轴上放大看,能量还在下降

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发表于 Post on 2019-9-29 02:43:06 | 只看该作者 Only view this author
晓滨MD 发表于 2019-9-28 23:19
老师,我用GMX模拟离子液体液液萃取体系,该怎样判断体系是否达到平衡了呢?

根据具体体系特征定义标准。比如可以统计盒子不同区域里被萃取物的粒子数随时间的变化,如果随时间变化都已经平了,就算平衡了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-9-29 08:03:18 | 只看该作者 Only view this author
均方位移求扩散系数
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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发表于 Post on 2019-9-29 08:27:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-29 02:43
根据具体体系特征定义标准。比如可以统计盒子不同区域里被萃取物的粒子数随时间的变化,如果随时间变化都 ...

谢谢老师,再跟老师请教一下,怎样去统计不同区域内粒子数的变化呢? 之前我都是VMD载入轨迹文件,然后选择某个范围,粒子数是一个一个数出来的,请老师指点个简单的方法
钱塘江上潮信来,今日方知我是我。

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发表于 Post on 2019-10-1 07:54:42 | 只看该作者 Only view this author
晓滨MD 发表于 2019-9-29 08:27
谢谢老师,再跟老师请教一下,怎样去统计不同区域内粒子数的变化呢? 之前我都是VMD载入轨迹文件,然后选 ...

诸如[atomselect top "x>5"] num就能显示x>5区域的粒子数

" "里是选择语句,语法看
VMD里原子选择语句的语法和例子
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发表于 Post on 2019-10-1 18:49:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-1 07:54
诸如[atomselect top "x>5"] num就能显示x>5区域的粒子数

" "里是选择语句,语法看

好的,谢谢老师
钱塘江上潮信来,今日方知我是我。

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发表于 Post on 2020-7-17 13:40:25 | 只看该作者 Only view this author
您好,想问您一下这两个图是怎么绘制的呢,用什么软件呢

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发表于 Post on 2020-7-20 08:17:36 | 只看该作者 Only view this author
hdmd 发表于 2019-5-7 10:18
能量平衡是最不靠谱的,实际上能量并不能作为体系平衡的判据
实际上,判断体系是否稳定应当采用扩散系数, ...

那么请问,有些时候模拟到后期,扩散系数突然上升是怎么回事

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