使用packmol对粗粒化分子链进行建模，发生部分原子的错位的问题

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2025-3-10 11:03:25

本帖最后由 jrfjrf123 于 2025-3-10 15:28 编辑

我在使用packmol对一段粗粒化的分子链用packmol进行建模的时候，使用如下的packmol脚本
此处虽然叫“50chains_PU”，但为了对比问题我只加载了一根链：

tolerance 3.0
add_box_sides 5.0
output 50chains_PU.pdb
structure one_mol_test.pdb
  number 1
  inside cube 0. 0. 0. 200.
end structure

然后我发现，会出现许多粗粒位置的错位，对键的统计也发现也出现了很多键长明显不对

这是原始的分子链：

这是packmol处理后的链，明显出现了珠子的错位：

想请问一下，对于这样非真实原子的粗粒化模型，用packmol进行建模时需要添加什么额外的条件，以避免这样的错位吗
或者说有其他的软件能更方便的达成这个条件（只需要刚性填充box）

补充：原始单分子的pdb文件被我手快给删了，因为我直接写了个py脚本装盒子了，不过我又新弄了个，复现了一下这个问题
以下是用于packmol的输入文件和输出文件：

one_mol.gro (30.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

packmol_script (130 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

50chains_PU.pdb (36.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

Lance先生 · 发表于 Post on 2025-3-10 22:32:42

就只是把这结构放进一个盒子里面的话需要用到packmol吗？gmx一个指令就行吧。

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2025-3-11 08:51:19

Lance先生发表于 2025-3-10 22:32
就只是把这结构放进一个盒子里面的话需要用到packmol吗？gmx一个指令就行吧。

感谢回答，确实我查了一下，gmx insert-molecules 可以实现这个功能，我之前没有注意到这个内置的函数

试了一下不会出现类似于packmol这样的情况

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