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[Gaussian/gview] 过渡态虚频对了,但calcall都不收敛,求助

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老师好,我用opt=(ts,noeigentest,calcfc)优化一个过渡态意外终止了,再用优化曲线上比较合理的一个结构opt=(ts,noeigentest,calcall),找了30多个点都不收敛。之后用opt=(calcall,ts,noeigentest,cartesian)又优化了30个点没收敛(结构没有大的偏离,震荡,超算一共算了30多小时),找到calcall优化曲线上一个比较合理的点,做freq,发现有一个很小的虚频(-8cm-1),振动形式正好对应我要的反应坐标。从优化曲线上目测此结构能量比反应物大15KJ/mol,应该是过渡态。请问怎样才能优化到收敛呢?    反应过程是Mg的氢化物离去,左图为未收敛的过渡态,右图是收敛的反应物中间体



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发表于 Post on 2017-11-28 13:09:05 | 只看该作者 Only view this author
帮助收敛常用的无非就是calcall结合小步长上限
8cm-1虚频很难相信是对应反应的虚频,而且如果过渡态虚频假设真的这么小,优化时候得用tight收敛限,要不然很可能会导致这个虚频受到整体运动的明显污染,而且导致结构收敛精度不够。而且计算级别的选择,可能会直接影响这个TS的存在性。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-28 13:17:00 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师回复,这整个反应的前两个过渡态都找到了,活化能100kj/mol左右,那这一个过渡态是不是可以不用找了,能量折线图上就直接连接到产物?@sobereva

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-28 13:18:04 | 只看该作者 Only view this author
h840473807 发表于 2017-11-28 13:17
谢谢老师回复,这整个反应的前两个过渡态都找到了,活化能100kj/mol左右,那这一个过渡态是不是可以不用找 ...

优化频率等级 b3lyp/6-31g(d)

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发表于 Post on 2017-11-28 19:32:48 | 只看该作者 Only view this author
h840473807 发表于 2017-11-28 13:17
谢谢老师回复,这整个反应的前两个过渡态都找到了,活化能100kj/mol左右,那这一个过渡态是不是可以不用找 ...


我对你的这个反应了解不多,就算真的最终想方设法找到了个过渡态,看你当前的虚频大小,估计势垒也非常低,可以忽略不计。也可以结合柔性扫描帮助找过渡态,如果能量单调变化,基本就没存在TS的可能了。
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发表于 Post on 2017-11-28 22:13:55 | 只看该作者 Only view this author
考虑非谐做频率, 可能会得到好些的结果。 不过计算时间要长许多倍。
我觉得你就把这个当做你要的过渡态, 应该没有问题(过渡态区,平滑势能面上的任意一点可以被选作过渡态, 对你研究的问题没有影响)。
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发表于 Post on 2017-11-29 00:27:03 | 只看该作者 Only view this author
你的反应是个氢转移?氢转移过渡态的虚频频率数值都很大,不可能虚频这么小,我觉得多半根本不是你想要的过渡态。可以传输出文件来看看(大的话传个网盘等,小的话压缩传论坛)

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发表于 Post on 2017-11-29 00:30:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-11-29 03:17 编辑
kekexili_08 发表于 2017-11-28 22:13
考虑非谐做频率, 可能会得到好些的结果。 不过计算时间要长许多倍。
我觉得你就把这个当做你要的过渡态 ...

高斯非谐振要做四阶导数,第四阶得数值做,这么大分子的非谐振计算时间以楼主现有的条件要以来计算了。
我遇到过找过渡态是否有tight在某些情况下都对结果的定量有显著地影响,我个人认为说“过渡态区任找一点做过渡态”“对研究问题没有影响”是不合适的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-29 09:45:00 | 只看该作者 Only view this author
谢谢回复@liyuanhe211 ,总体趋势是Mg配合物带着H离开下面那个底物,从虚频振动形式看,H原子相对不动,Mg-C距离变化,文件已上传 freqopt8是前一个中间体,freqots9f是未收敛的过渡态。(都是freq结果文件) freqots9f.log (1.4 MB, 下载次数 Times of downloads: 22) freqopt8.log (3.41 MB, 下载次数 Times of downloads: 8)

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发表于 Post on 2017-11-29 10:58:07 | 只看该作者 Only view this author
看了freqots9f,我觉得这个过渡态做到这样可以接受。 用tight 或verytight, 好的有限,却可能付出不必要的计算量。  
有些反应, 在过渡态区势能面很平缓(计算结果表明),强行去找真正的势能面最高点没有必要,取一近似点作为过渡态,是合理的。
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发表于 Post on 2017-11-29 12:24:04 | 只看该作者 Only view this author
h840473807 发表于 2017-11-29 09:45
谢谢回复@liyuanhe211 ,总体趋势是Mg配合物带着H离开下面那个底物,从虚频振动形式看,H原子相对不动,Mg- ...


如置顶的新人必读所示,上传较大文本文件前一定要先压缩,以节约论坛空间,减少他人下载耗时
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发表于 Post on 2017-11-29 12:26:58 | 只看该作者 Only view this author
越是TS附近势能面平缓的情况、虚频越小的情况,tight越是必须的,而且还应当同时结合int=ultrafine,否则是对数据的不负责任,乃至造假(除非你的研究只是给自己看,能满足自己的研究意愿就够)
从你freqots9f.log都能看出,对应整体转动的频率-9.1858   -5.3161   -4.2849都已经达到虚频的数量级了,找过渡态不用tight,甚至,连默认收敛标准都打不到,那你报道的TS虚频根本不可靠。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-29 12:45:24 | 只看该作者 Only view this author
@sobereva 不好意思,第一次上传文件,以后一定注意
用opt=tight int=ultrafine 能有助于结构更快收敛吗,如果不能的话,这个过渡态恐怕没钱找了(使用超算,每一个反应老板有大致限额),从能量上看,这个过渡态即便找到,活化能也非常小,那我忽略此过渡态也可以接受吧(实验为主的文章)。

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发表于 Post on 2017-11-29 12:52:15 | 只看该作者 Only view this author
h840473807 发表于 2017-11-29 12:45
@sobereva 不好意思,第一次上传文件,以后一定注意
用opt=tight int=ultrafine 能有助于结构更快收敛吗, ...


tight是让收敛限更严,显然更难达到收敛限,但一旦收敛了,得到的结果精度就比默认情况下的更好(特别是对于势能面平缓的情况来说)
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发表于 Post on 2017-11-30 03:00:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-11-30 03:02 编辑
h840473807 发表于 2017-11-29 09:45
谢谢回复@liyuanhe211 ,总体趋势是Mg配合物带着H离开下面那个底物,从虚频振动形式看,H原子相对不动,Mg- ...

你这明显是骨架整体振动的虚频,不是氢转移(Beta-H消除?)过渡态。你的是这样的:



对比一个“正确的”金属氢转移过渡态的虚频:



很不幸浪费了大量机时→_→,得重新画初猜重新找。

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