如何编写martini3在lammps中的in文件？

230820071 · 发表于 Post on 2025-3-13 23:59:27

想请问各位老师，如何编写martini3在lammps中的in文件？或者说，如何转化可以使martini3力场可以在lammps中运行？有没有比较好的教程或者方法的，谢谢各位大佬

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2025-3-14 08:35:33

直接写就好，Martini官网有提供martini3的itp格式文件，里面有详细的每种珠子的12-6势的参数，不过用的单位是nm和KJ/mol，需要转化为埃米和Kcal/mol，

至少我没找到可以直接使用Martini3力场生成lammps拓扑文件的软件，不过可以试着用 PolyPly生成gmx格式的文件，然后用GRO2LAM转化为lammps的data文件

不过这个流程我没实际做过，我是写python脚本转化的

GRO2LAM： https://github.com/hernanchavezthielemann/GRO2LAM

PolyPly：https://github.com/marrink-lab/polyply_1.0

230820071 · 发表于 Post on 2025-3-19 00:44:50

jrfjrf123 发表于 2025-3-14 08:35
直接写就好，Martini官网有提供martini3的itp格式文件，里面有详细的每种珠子的12-6势的参数，不过用的单位 ...

好的，谢谢指教。另外我想问一下，像gro2lam和intermol这种软件，是只能生成data文件吗？因为我看网上有的说能生成in文件，有的说不能，有点迷糊

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2025-3-19 22:33:29

本帖最后由 jrfjrf123 于 2025-3-19 22:41 编辑

230820071 发表于 2025-3-19 00:44
好的，谢谢指教。另外我想问一下，像gro2lam和intermol这种软件，是只能生成data文件吗？因为我看网上有 ...

gro2lam可以看这篇文章：

From GROMACS to LAMMPS-GRO2LAM.pdf (3.29 MB, 下载次数 Times of downloads: 6)

gromacs里有些md运行参数和lammps是不同的，不能直接转化，

比如gromacs里的v-rescale热浴并不等同于LAMMPS中的fix temp/rescale，详细的讨论可以看这个帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-51538-1-1.html

还有压浴的C-rescale也是没有对应的方法的，但fix npt 是结合了Parrinello and Rahman提出的Parrinello-Rahman 压浴方法（这可以看lammps手册中fix npt这一部分），可以直接转化

所以我觉得还是转化结构文件，in文件自己写好一点

230820071 · 发表于 Post on 2025-3-20 13:33:42

jrfjrf123 发表于 2025-3-19 22:33
gro2lam可以看这篇文章：

好的，谢谢指教

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