计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 972|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] V-rescale被质疑系综不正确

[复制链接 Copy URL]

43

帖子

1

威望

894

eV
积分
957

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
最近投稿被审稿人质疑V-rescale热浴无法得到准确系综,而且本组几乎每次投稿都会被问热浴的问题,但是对比nose-hoover结果基本都是一致的。疑惑的地方是,为什么很多热统领域研究者会质疑V-rescale呢?

根据Parrinello文章 (JCP 126, 014101)的描述,V-rescale可以产生正确的NVT系综,并且结果和nose-hoover等一致,Gromacs的manual也提到“This thermostat is similar to Berendsen coupling, with the same scaling using tau-t, but the stochastic term ensures that a proper canonical ensemble is generated.”

是否是因为gromacs采用的V-rescale虽然加入了随机项解决了系综问题,但是名字容易让人误以为是更早期的velocity rescale?如果是这个原因的话,以后methods部分就干脆强调这个区别好了。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-2-14 02:51:27 | 只看该作者 Only view this author
可能是误以为用的原始的速度调节法。可以每次除了引用V-rescale原文外,还同时写一两句话提及选择这个热浴的理由,免得被问。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

43

帖子

1

威望

894

eV
积分
957

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-14 12:35:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-14 02:51
可能是误以为用的原始的速度调节法。可以每次除了引用V-rescale原文外,还同时写一两句话提及选择这个热浴 ...

谢谢社长

1149

帖子

6

威望

6627

eV
积分
7896

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2025-2-14 13:22:44 | 只看该作者 Only view this author
因为V-rescale这个名称是错误的,传统velocity rescaling就是得不到正确的系综。

而你用的方法应该叫Bussi-Donadio-Parrinello thermostat或者stochastic velocity rescaling

43

帖子

1

威望

894

eV
积分
957

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-14 13:26:17 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2025-2-14 13:22
因为V-rescale这个名称是错误的,传统velocity rescaling就是得不到正确的系综。

而你用的方法应该叫Bus ...

有道理,以后换名称

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 17:20 , Processed in 0.189134 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list