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[新手求助] 求助关于混合基组导致分子结构优化的问题

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各位老师好,

我最近在使用ORCA软件进行Ag配合物的结构优化和能量计算。分子体系不大,只有25个左右的原子,包含Ag,C,S,O和H。阅读了一些文献说是使用B3LYP方法,Ag原子使用LANL2DZ基组,然后有机配体的原子使用6-311++G**基组。然后我想尝试着复现一下文献的结果,但是发现做几何优化的过程中,分子中的原子持续向Ag原子塌陷。但当我用单一基组,例如def2-TZVP的话就没有任何问题。想请教一下各位老师,我该从哪些方面去做troubleshooting呢?

谢谢!

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发表于 Post on 2025-5-7 09:15:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-5-7 09:18 编辑

你大概率忘了Ag的赝势。
对高斯而言,见《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》(http://sobereva.com/60
对orca而言,可以用类似这样的写法加上基组定义和赝势定义:


%basis
NewGTO Ag "LANL2DZ" end
NewECP Ag "LANL2DZ" end
end

吐槽一下、这个级别是教科书版的错误。有机配体部分滥用弥散函数、导致计算耗时激增、scf可能难收敛;赝势基组过差、精度严重过时、导致最后的精度也低的离谱。
见《谈谈赝势基组的选用》(http://sobereva.com/373

我推荐你结构优化用def2-SVP,这个基组前四周期是全电子基组、第五周期开始是赝势基组,在高斯里写关键词def2svp就能用、在orca里直接写关键词def2-SVP。不需要再自定义基组了。算能量可以def2-TZVP。
def2系列也是orca里最最常用的基组。(pople系列主要是高斯用的,高斯对pople系列有优化、算的会快一点、orca没必要用这个)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-7 09:17:48 | 只看该作者 Only view this author
自己破案了,单加基组是不够的,需要再手动添加ECP "LANL2"才可行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-7 09:20:01 | 只看该作者 Only view this author
Stardust0831 发表于 2025-5-7 09:15
你大概率忘了Ag的赝势。
对高斯而言,见《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》(http:/ ...

谢谢老师,我也刚发现了这个问题,以后会注意的

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发表于 Post on 2025-5-7 09:22:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-5-7 09:29 编辑
Hitomilpc 发表于 2025-5-7 09:17
自己破案了,单加基组是不够的,需要再手动添加ECP "LANL2"才可行

小提醒,这个级别极度不合理。
Ag是过渡金属,b3lyp表现不佳、而且你连色散矫正也不加。看看http://sobereva.com/557你就知道我为什么这么说了。这种情况泛函换成PBE0-D4
看看社长的这篇博文http://sobereva.com/373中对lan2DZ的评价和“关于计算配合物时赝势基组与全电子基组的匹配问题”部分。
同时、你全电子基组滥用了弥散函数,一般不对氢加弥散函数。见:谈谈弥散函数和“月份”基组(http://sobereva.com/119

结构很小又确实想加弥散函数的话,可以给全体元素都用3zeta基组、给重元素加弥散函数。可以使用ma-def2-TZVP基组。精度比你现在高得多,你也大概率能算动。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-7 09:27:28 | 只看该作者 Only view this author
Stardust0831 发表于 2025-5-7 09:22
小提醒,这个级别极度不合理,
看看社长的这篇博文http://sobereva.com/373中对lan2DZ的评价和“关于计 ...

好的,老师。确实文章中的东西很多都不一定靠谱。我仔细阅读下社长的博文。再次感谢!

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发表于 Post on 2025-5-7 12:57:56 | 只看该作者 Only view this author
不要自己在标题里手写【求助】这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了,以后注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-7 14:26:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-7 12:57
不要自己在标题里手写【求助】这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给 ...

好的,sob老师。下次一定注意,感谢提醒。

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