请问同志们有没有试过使用DSDP进行分子对接？效果如何？

夜航星

最近我的导师让我探索一下某个抗菌肽的可能的新靶点，我的思路是多找几个细菌的可能靶点的数据库然后进行大规模的分子对接

18217265596

直接af3得了

student0618

查一查相关的review/benchmark文献。

“怎么样”这问题不够具体。

夜航星

18217265596 发表于 2025-5-8 10:22
直接af3得了

请问有没有比较过af3和其他几种软件的RMSD？我看af3的结果好像遥遥领先阿

夜航星

18217265596 发表于 2025-5-8 10:22
直接af3得了

因为我要写开题报告了，光使用这些工具进行分子对接总觉得还不够，就很纠结要不要再加一个分子动力学模拟，同志能给点建议吗

18217265596

夜航星 发表于 2025-5-17 22:39
请问有没有比较过af3和其他几种软件的RMSD？我看af3的结果好像遥遥领先阿

？比RMSD有什么用
你想问的是有确定真理的测试集还是什么？ benchmark所有人的文章都有，你可以去看一看

18217265596

夜航星 发表于 2025-5-17 22:48
因为我要写开题报告了，光使用这些工具进行分子对接总觉得还不够，就很纠结要不要再加一个分子动力学模拟 ...

master还是phd？
phd开题只有这些有点寒碜了

夜航星

18217265596 发表于 2025-5-18 09:26
master还是phd？
phd开题只有这些有点寒碜了

master，想学分子动力学模拟，但是师姐在尹天老师课上报名时买的讲义找不到了，现在有些纠结要不要在网上找资料做，而且我也有点疑惑尹老师22年的讲义是不是过时了

jackshoulder

DSDP里边有个创新点，就是，在采样的时候，用球形盒子代替，这个程序我之前用过，说实在的，现在的对接程序更新较快，其实2025年发表在JCIM上的Xdock以及2025年发表在nature methods上的surfdock做对接挺不好的。以及HADDOCK3(https://www.bonvinlab.org/haddock3-user-manual/haddock3.html)这个程序还没有发表，但其对接效果也是挺OK的。你可以选择更新的对接工具进行你的工作。正如其他玩家所说，如果是phd，分子动力学和结合自由能等也是少不了的。看你具体研究目的吧

夜航星

jackshoulder 发表于 2025-5-19 10:55
DSDP里边有个创新点，就是，在采样的时候，用球形盒子代替，这个程序我之前用过，说实在的，现在的对接程序 ...

是的，我前段时间还试了一下使用HADDOCK对接多肽和LTA，因为我原来是用的autodock进行分子对接，对接的时候发现可扭转键过多，当时和中国药科大的一个博士说了一下，他说对于刚性受体柔性配体得用haddock，我也确实得到了结果了，但是RMSD过大，不知道该不该采用

夜航星

jackshoulder 发表于 2025-5-19 10:55
DSDP里边有个创新点，就是，在采样的时候，用球形盒子代替，这个程序我之前用过，说实在的，现在的对接程序 ...

然后，那个人跟我说了一个观点很有意思，我觉得可以采信，那就是优先用AI预测结合方式，然后再去计算结合能，毕竟现在AF3的盲对接成功率已经百分之70多了，基本上是断档领先了，原来的对接模式也就只有确定了对接口袋的时候才能和af比

jackshoulder

夜航星 发表于 2025-6-10 15:01
然后，那个人跟我说了一个观点很有意思，我觉得可以采信，那就是优先用AI预测结合方式，然后再去计算结合 ...

方法更替快，使用者们也要紧跟步伐