amber MD未跑完设置的步数，任务未被杀死，但重启模拟继续跑

lin-li

不知道标题说的是否明白：在heat之后，我进行了一个500ps（500000步）的NPT预平衡，之后设置的NPT生产模拟，但预平衡只跑了约40ps，就不再有输出，也无报错，任务未被杀死，继续开始跑了NTP production阶段。这是为什么呢？请问有大神遇到过相同的情况过吗？预平衡和生产模拟的设置只有总步数、输出轨迹的设置和步长不一样，预平衡步长为1飞秒，生产阶段为2飞秒。但生产模拟（1000ns）均为出现过步数没跑完的情况。为什么设置的500000万步没跑完就会读下一个输入呢？不应该会出现这种情况呀？恳请大佬指点，非常感谢！

非常感谢！

预平衡输入：
# control section
&cntrl
imin=0,nstlim=500000, dt=0.001, ntx=5, irest=1, ntpr=1000, ntwr=1000,ntwx=1000,
tempi=298.15, temp0=298.15, ntt=3, ig=-1,
ntb=2,ntp=1, gamma_ln=1.0,
taup=2.0,barostat=2,pres0=1.0,
ntc=2, ntf=2,
nrespa=1,
cut = 12.0,
ntr=0,
&end

生产模拟输入：

# control section
&cntrl
nstlim=5000000, dt=0.002, ntx=5, irest=1, ntpr=10000, ntwr=10000,ntwx=10000,
tempi=298.15, temp0=298.15, ntt=3, ig=-1,
ntb=2,ntp=1, gamma_ln=2.0,
ntc=2, ntf=2,
taup=2.0,barostat=2,pres0=1.0,
nrespa=1,
cut = 12.0,
ntr=0,
&end

预平衡输出：
....

------------------------------------------------------------------------------


NSTEP =    32000   TIME(PS) =     232.000  TEMP(K) =   297.79  PRESS =     0.0
Etot   =    -91042.1898  EKtot   =     22400.4492  EPtot      =   -113442.6390
BOND   =       432.7090  ANGLE   =      1474.3289  DIHED      =      1890.6073
1-4 NB =       561.4008  1-4 EEL =      8223.2657  VDWAALS    =     14671.0377
EELEC  =   -140695.9884  EHBOND  =         0.0000  RESTRAINT  =         0.0000
EKCMT  =         0.0000  VIRIAL  =         0.0000  VOLUME     =    397066.6191
                                                    Density    =         0.9457
------------------------------------------------------------------------------


NSTEP =    33000   TIME(PS) =     233.000  TEMP(K) =   300.50  PRESS =     0.0
Etot   =    -90983.4240  EKtot   =     22604.5977  EPtot      =   -113588.0217
BOND   =       441.8796  ANGLE   =      1410.9316  DIHED      =      1860.4693
1-4 NB =       556.5832  1-4 EEL =      8195.8543  VDWAALS    =     15238.9734
EELEC  =   -141292.7131  EHBOND  =         0.0000  RESTRAINT  =         0.0000
EKCMT  =         0.0000  VIRIAL  =         0.0000  VOLUME     =    395194.4169
                                                    Density    =         0.9502
------------------------------------------------------------------------------


NSTEP =    34000   TIME(PS) =     234.000  TEMP(K) =   299.16  PRESS =     0.0
Etot   =    -90752.2272  EKtot   =     22503.7480  EPtot      =   -113255.9752
BOND   =       465.4478  ANGLE   =      1392.9005  DIHED      =      1873.5518
1-4 NB =       544.3383  1-4 EEL =      8175.3460  VDWAALS    =     15146.1551
EELEC  =   -140853.7148  EHBOND  =         0.0000  RESTRAINT  =         0.0000
EKCMT  =         0.0000  VIRIAL  =         0.0000  VOLUME     =    394062.6536
                                                    Density    =         0.9529
------------------------------------------------------------------------------
（只到次步，后面无任何输出，也无报错）


生产模拟输出：
...
--------------------------------------------------------------------------------
   3.  ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES
--------------------------------------------------------------------------------

default_name
begin time read from input coords =   234.000 ps


Number of triangulated 3-point waters found:    11569

     Sum of charges from parm topology file =  -0.00079909
     Forcing neutrality...

| Dynamic Memory, Types Used:
| Reals             1613116
| Integers          1380085

| Nonbonded Pairs Initial Allocation:    18514415

| GPU memory information (estimate):
| KB of GPU memory in use:    321367
| KB of CPU memory in use:     78373

--------------------------------------------------------------------------------
   4.  RESULTS
--------------------------------------------------------------------------------

| MC Barostat: Decreasing size of volume moves
| MC Barostat: Decreasing size of volume moves
| MC Barostat: Decreasing size of volume moves
| MC Barostat: Decreasing size of volume moves

NSTEP =    10000   TIME(PS) =     254.000  TEMP(K) =   297.92  PRESS =     0.0
Etot   =    -91515.6744  EKtot   =     22410.1426  EPtot      =   -113925.8170
BOND   =       499.7326  ANGLE   =      1458.6931  DIHED      =      1922.5142
1-4 NB =       574.4336  1-4 EEL =      8215.6814  VDWAALS    =     15152.2392
EELEC  =   -141749.1112  EHBOND  =         0.0000  RESTRAINT  =         0.0000
EKCMT  =         0.0000  VIRIAL  =         0.0000  VOLUME     =    377411.8157
                                                    Density    =         0.9950
------------------------------------------------------------------------------

| MC Barostat: Decreasing size of volume moves
| MC Barostat: Decreasing size of volume moves

NSTEP =    20000   TIME(PS) =     274.000  TEMP(K) =   297.75  PRESS =     0.0
Etot   =    -91624.5057  EKtot   =     22397.9238  EPtot      =   -114022.4295
BOND   =       461.8671  ANGLE   =      1488.7293  DIHED      =      1903.4593
1-4 NB =       550.8754  1-4 EEL =      8184.9069  VDWAALS    =     14750.9385
EELEC  =   -141363.2060  EHBOND  =         0.0000  RESTRAINT  =         0.0000
EKCMT  =         0.0000  VIRIAL  =         0.0000  VOLUME     =    372745.9675
                                                    Density    =         1.0074
------------------------------------------------------------------------------

....（正常输出）

|  Final Performance Info:
|     -----------------------------------------------------
|     Average timings for last   30000 steps:
|     Elapsed(s) =      20.50 Per Step(ms) =       0.68
|         ns/day =     252.89   seconds/ns =     341.66
|
|     Average timings for all steps:
|     Elapsed(s) =    3407.54 Per Step(ms) =       0.68
|         ns/day =     253.56   seconds/ns =     340.75
|     -----------------------------------------------------

|  Setup CPU time:            0.53 seconds
|  NonSetup CPU time:      3395.66 seconds
|  Total CPU time:         3396.19 seconds     0.94 hours

|  Setup wall time:           0    seconds
|  NonSetup wall time:     3408    seconds
|  Total wall time:        3408    seconds     0.95 hours

18217265596

err里没记录的话可能就是卡抽风了

lin-li

18217265596 发表于 2025-6-20 22:42
err里没记录的话可能就是卡抽风了

不好意思，我看到了，有错误提示
：

gpu1 is free
ERROR: Calculation halted.  Periodic box dimensions have changed too much from their initial values.
  Your system density has likely changed by a large amount, probably from
  starting the simulation from a structure a long way from equilibrium.

  [Although this error can also occur if the simulation has blown up for some reason]

  The GPU code does not automatically reorganize grid cells and thus you
  will need to restart the calculation from the previous restart file.
  This will generate new grid cells and allow the calculation to continue.
  It may be necessary to repeat this restarting multiple times if your system
  is a long way from an equilibrated density.

  Alternatively you can run with the CPU code until the density has converged
  and then switch back to the GPU code.

Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_INVALID_FLAG IEEE_OVERFLOW_FLAG IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENORMAL
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENORMAL
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENORMAL
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENORMAL
我看到有其他人问，可能是amber22的bug?我用的也是amber22。总之非常感谢

18217265596

lin-li 发表于 2025-6-21 16:09
不好意思，我看到了，有错误提示
：

这不是bug 写的很清楚了。

lin-li

18217265596 发表于 2025-6-22 09:51
这不是bug 写的很清楚了。

是的，感谢！

lin-li

如果遇到类似问题，可以检查密度是否达到平衡，很大概率是没有的，可以尝试CPU跑一段预平衡，密度达到预期再用GPU跑