非标准残基建模，parmchk2参数检查出现(core dumped) "$AMBERHOME/bin/...

gbl1218 · 发表于 Post on 2025-5-10 18:10:13

本帖最后由 gbl1218 于 2025-5-10 18:10 编辑

我的建模步骤：
1.将非标准残基提取，补全主链原子，进行高斯计算，输入文件见附件。
2.antechamber -fi pdb -i diam.pdb -bk DIA -fo ac -o dia_step1.ac -at amber，ac1生成
3.antechamber -fi gout -i diam.out -rn DIA -fo ac -o dia_step2.ac -c resp -at amber #赋予resp电荷到新的ac文件中；ac2
4.文本操作将cro_step2.ac中的坐标以及电荷信息列覆盖到cro_step1.ac中，同时修改主链N原子的原子类型从NT到N，保存为dia_step3.ac；
5.制作mc文件。
6.prepgen -i dia_step3.ac -o dia.prepin -m dia.mc -rn DIA
7.parmchk2 -i cro.prepin -f prepi -o frcmod.cro -a Y -p $AMBERHOME/dat/leap/parm/parm10.dat #检查生成的参数信息，这一步出现报错/home/soft/amber/src/amber24/bin/parmchk2: line 9: 389088 Segmentation fault (core dumped) "$AMBERHOME/bin/wrapped_progs/parmchk2" "$@"。有frcmod.dia生成，但是不完整。

diam-f.com (4.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

dia.mc (149 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

dia.prepin (5.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

dia_step1.ac (7.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

dia_step2.ac (7.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

dia_step3.ac (7.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

frcmod.dia (20 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

18217265596 · 发表于 Post on 2025-5-11 11:41:34

别搞这么麻烦 antechamber做个mol2 然后parmchk2给他参数然后resp自己算填进去就行
或者sobtop做gmx格式再转amber

madinlu · 发表于 Post on 2025-7-3 22:01:48

解决了吗

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[Amber] 非标准残基建模，parmchk2参数检查出现(core dumped) "$AMBERHOME/bin/...