GMX模拟配位相互作用的可行性

nku_linz

采用GMX进行MD可否有效的分析有机物和过度金属离子的相互作用？可以挖掘哪些信息？

我尝试了以下操作：
首先对两个含羧基的分子和铁离子进行MD，发现三者可以自发组装成聚集体，且羧基氧与铁离子“结合”至一起如图：


接着进行rerun计算相互作用能，如图：


黄线和绿线分别是两个有机分子与Fe离子间的静电作用(Coul势代表)，可见此处羧基和铁离子的相互作用能很强，可否以此说明羧基和Fe形成了配位作用？这里的相互作用能合理吗？


随后我还尝试对羧基进行质子化再进行MD，发现Fe不再能和羧基“结合”，可否说明在酸性条件下的质子化会影响Fe和羧基的配位？

sobereva

这样模拟只能体现O与Fe能够结合，但无法正确表现出配位键特征，给出的力场级别的相互作用能和配位键键能也完全没有可比性。算实际的相互作用能得用量子化学方法才能得到靠谱的结果

羧基的质子化状态是动态变化的。就算原本是COOH，Fe配位的时候也可以把H+置换下去。

被科研狠狠摩擦

同学，你好。我想模拟一下金属离子（锂离子、钠离子）和醚链（PEO等）的配位，请问你是把单独的一两个分子分子和金属离子放在盒子里，还是考虑了真空条件下或者溶剂条件，一定的浓度，许多分子放在一起模拟的呢？可不可以给我说一下你的流程呢。

nku_linz

被科研狠狠摩擦 发表于 2025-6-26 21:04
同学，你好。我想模拟一下金属离子（锂离子、钠离子）和醚链（PEO等）的配位，请问你是把单独的一两个分子 ...

我在水溶剂下跑的MD,水盒子里填入了多个配体和离子，不是单独的。