consearch：一键提交slurm的molclus构象搜索脚本

Kamistry

consearch：一键提交slurm的molclus构象搜索脚本

Author： Zihan Lin @ USTC （Kamistry @ 计算化学公社）

在使用本脚本进行科学研究，研究结果发表时，如若能正确引用，笔者将万分感激！

使用前准备

1、首先需要给予脚本运行权限，可以使用如下命令

1. chmod +x consearch

复制代码

强烈推荐把consearch加入环境变量中，无需每次复制到计算文件夹中

2、修改 # commands部分 或 将xtb、crest、molclus、isostat加入环境变量（推荐后者，特别是在不同环境下使用或者不清楚如何更改脚本的情况下）

3、计算前在计算文件夹中提供输入文件（例如input.xyz）、xtb动力学需要的设置（例如md.inp，如果使用了--traj选项则不用提供）、molclus需要的template.gjf、settings.ini、template_SP.inp或template_SP.gjf等（如果使用了-3选项则不用提供）。如果缺少文件会有提示（参见后面的说明）。

用法

1. consearch 选项 input.xyz

复制代码

以下是可用的选项：

--cpu=

    设置运行核数，只能是正整数。

--mem=

    设置运行内存，单位只能是MB或者GB。

--traj

    使用已有的轨迹文件。使用这个选项时，代表输入的input.xyz是已得到的轨迹文件（例如通过gromacs、gentor等方式获得），此时不会调用xtb做动力学。

--mdinput=

    设置xtb动力学的参数文件，对应xtb --input选项。当使用--traj选项时，此选项会被忽略。如果不使用这个选项去指定文件名，则默认是md.inp。

--solvent=

    设置第2步GFN2-xTB优化的溶剂环境，对应xtb --gbsa选项，当额外参数为空字符串时代表使用气相计算。

--chrg=

    对应xtb --chrg选项，默认值是0。

--uhf=

    对应xtb --uhf选项，默认值是0。

--Nout=

    对应isostat -Nout选项，默认值是10。

--Eout=

    对应isostat -Eout选项，默认值是2.4。

--Edis=

    对应isostat -Edis选项，默认值是0.5。

--Gdis=

    对应isostat -Gdis选项，默认值是0.5。

--temp=

    设置温度，单位是K，对应isostat -T选项，默认值是298.15。

--clean=

    自动清理。设置为0时，保留所有文件；设置为1时，仅保留每一步的最终结果（在计算文件夹下00result.xyz等文件）；设置为2时，清理所有中间文件，仅保留最终文件。

-1

    跳过第一步 （GFN0-xTB优化）。此时输入文件将直接提供给后面步骤。

-2

    跳过第二步 （GFN0-xTB优化）。此时输入文件将直接提供给后面步骤。

-3

    跳过第三步 （molclus）。当-1、-2、-3选项同时被使用时，相当于只用xtb跑动力学。当--traj、-1、-2、-3选项同时被使用时没有意义。

-h|--help

    显示帮助

如何设置参数

1、临时更改

临时更改的情况强烈不建议直接修改脚本，请使用命令行参数。当选项后面带有=时，意思是需要提供额外的参数，与长选项以空格或等号隔开。如果为空字符串，例如设置气相条件计算，可以用--solvent=""或--solvent ""

2、多次使用

a. 直接更改脚本# default settings部分（不建议，除了cpu和mem）

b. 写一个如下的调用脚本consearch2.sh（还是推荐加入环境变量）

1. #!/bin/bash
   
2. consearch 要添加的选项 $@

复制代码

然后

1. chmod u+x consearch2.sh

复制代码

使用时只需要用consearch2.sh替代consearch即可，但是要注意参数冲突的情况。

提交任务

本脚本会自动提交slurm，在提交前会检查已有的文件是否齐全，并输出如下。（注意：不同的超算上可能需要在sbatch << EOF部分加上复制到计算节点的命令，具体参考超算的说明）

1. --------------------------------------------------------------------------------
   
2.                                      Check files
   
3. --------------------------------------------------------------------------------
   
4. Input file                    :               found input.xyz
   
5. Molclus settings              :      found settings.ini
   
6. Molclus template              :      found template.gjf
   
7. Molclus template_SP           :      found template_SP.inp
   

复制代码

通过检查后会自动提交slurm，并根据cpu和mem参数请求资源，如果不需要用slurm可以将sbatch << EOF替换为bash << EOF。

输出会被保存在consearch.log中，每一步的中间文件会在0x（x对应具体步骤）子文件夹中，每一步结果会被复制到计算文件夹中，命名为0xresult.xyz。

脚本分析

以下是这个脚本的思路和分析，希望能起到抛砖引玉的作用。

第一行指定默认使用bash运行，之后是用法注释。

1. #!/bin/bash
   
2. 
   
3. # author: Zihan Lin
   
4. 
   
5. # Usage:
   
6. #     consearch <options> input.xyz
   
7. #
   
8. # Example:
   
9. #     consearch input.xyz
   
10. #     consearch --traj --cpu 64 --mem 480GB traj.xyz
    
11. #     consearch --solvent toluene input.xyz
    
12. #
    
13. # Options:
    
14. #     --cpu=         : Set the number of cores used
    
15. #     --mem=         : Set the number of memery used. Unit is MB or GB.
    
16. #     --traj         : Use existed traj file
    
17. #     --mdinput=     : Set --input for xtb. Default is md.inp.
    
18. #     --solvent=     : Set solvent for xtb. Default is water.
    
19. #     --chrg=        : Set --chrg for xtb. Default is 0.
    
20. #     --uhf=         : Set --uhf for xtb. Default is 0.
    
21. #     --Nout=        : Set -Nout for isostat. Default is 10.
    
22. #     --Eout=        : Set -Eout for isostat. Default is 2.4.
    
23. #     --Edis=        : Set -Edis for isostat. Default is 0.5.
    
24. #     --Gdis=        : Set -Gdis for isostat. Default is 0.5.
    
25. #     --temp=        : Set temperature for isostat. Default is 298.15.
    
26. #     --clean=       : Auto clean or not. 0: keep all files. 1: keep only the
    
27. #                      final result of each step. 2: delete all intermediate files
    
28. #     -1             : Skip step 1 (GFN0-xTB optimization).
    
29. #     -2             : Skip step 2 (GFN2-xTB optimization).
    
30. #     -3             : Skip step 3 (molclus).
    
31. #     -h|--help      : Show this information.

复制代码

接下来这一部分是调用命令的设置，请根据自己的情况修改或加入环境变量（推荐后者，省时省力，一劳永逸）。

1. # commands
   
2. # change them or add to environment variables
   
3. xtb=xtb
   
4. crest=crest
   
5. molclus=molclus
   
6. isostat=isostat

复制代码

默认设置部分，除了cpu和mem以外不推荐直接修改。

1. # default settings
   
2. # not recommended to change this every time, please use the command line argument
   
3. cpu=64              # cpu core
   
4. mem=480GB           # memory
   
5. omp_stacksize=4000m # memory for xtb
   
6. inputTraj=0         # whether use existed traj file or not
   
7. mdFile=md.inp       # md settings for xtb
   
8. solvent=water       # solvent for xtb (step 2)
   
9. chrg=0              # chrg for xtb
   
10. uhf=0               # uhf for xtb
    
11. Nout=10             # Nout for isostat
    
12. Eout=2.4            # Eout for isostat
    
13. Edis=0.5            # Edis for isostat
    
14. Gdis=0.5            # Gdis for isostat
    
15. temperature=298.15  # temperature for isostat
    
16. clean=0             # auto clean after completed
    
17. skip1=0             # skip step 1 (GFN0-xTB optimization)
    
18. skip2=0             # skip step 2 (GFN2-xTB optimization)
    
19. skip3=0             # skip step 3 (molclus)

复制代码

其他需要的变量，不要修改，否则可能出错。

1. # other variables, DO NOT CHANGE!
   
2. inputFile=""
   
3. divideLine=$(printf '%.0s-' {1..80})
   
4. spTemplate=""

复制代码

这一部分是输出帮助信息，因为可能会用到多次，所以写成一个function

1. function printHelp {
   
2.         printf "\n%s\n%42s\n%s\n" "$divideLine" "Help" "$divideLine"
   
3.         printf "Usage: \n    %s\n\n" "consearch <options> input.xyz"
   
4.         printf "Example: \n    %s\n" "consearch input.xyz"
   
5.         printf "    %s\n" "consearch --traj --cpu 64 --mem 480GB traj.xyz"
   
6.         printf "    %s\n\n" "consearch --solvent toluene input.xyz"
   
7.         printf "Options:\n"
   
8.         printf "    %-15s: %s\n" "--cpu=" "Set the number of cores used"
   
9.         printf "    %-15s: %s\n" "--mem=" "Set the number of memery used. Unit is MB or GB."
   
10.         printf "    %-15s: %s\n" "--traj" "Use existed traj file"
    
11.         printf "    %-15s: %s\n" "--mdinput=" "Set --input for xtb. Default is md.inp."
    
12.         printf "    %-15s: %s\n" "--solvent=" "Set solvent for xtb. Default is water."
    
13.         printf "    %-15s: %s\n" "--chrg=" "Set --chrg for xtb. Default is 0."
    
14.         printf "    %-15s: %s\n" "--uhf=" "Set --uhf for xtb. Default is 0."
    
15.         printf "    %-15s: %s\n" "--Nout=" "Set -Nout for isostat. Default is 10."
    
16.         printf "    %-15s: %s\n" "--Eout=" "Set -Eout for isostat. Default is 2.4."
    
17.         printf "    %-15s: %s\n" "--Edis=" "Set -Edis for isostat. Default is 0.5."
    
18.         printf "    %-15s: %s\n" "--Gdis=" "Set -Gdis for isostat. Default is 0.5."
    
19.         printf "    %-15s: %s\n" "--temp=" "Set temperature for isostat. Default is 298.15."
    
20.         printf "    %-15s: %s\n" "--clean=" "Auto clean or not. 0: keep all files. 1: keep only the"
    
21.         printf "    %-15s  %s\n" "" "final result of each step. 2: delete all intermediate files"
    
22.         printf "    %-15s: %s\n" "-1" "Skip step 1 (GFN0-xTB optimization)."
    
23.         printf "    %-15s: %s\n" "-2" "Skip step 2 (GFN2-xTB optimization)."
    
24.         printf "    %-15s: %s\n" "-3" "Skip step 3 (molclus)."
    
25.         printf "    %-15s: %s\n" "-h|--help" "Show this information."
    
26.         printf "\nAuthor: \n    %s\n\n" "Zihan Lin @ USTC"
    
27. }

复制代码

主体部分，首先是解析命令行参数

1. # handle options and parameters
   
2. printf "\n%s\n%54s\n%s\n" "$divideLine" "Parse options and parameters" "$divideLine"
   
3. options=$(getopt -q -l cpu:,mem:,traj,mdinput:,chrg:,uhf:,solvent:,Nout:,Eout:,Edis:,Gdis:,temp:,clean:,help h123 "$@")
   
4. printf "command parameters: %s\n" "$options"
   
5. eval set -- "$options"
   
6. while [ -n "$1" ]; do
   
7.         case "$1" in
   
8.         --cpu)
   
9.                 if [[ $2 =~ ^[1-9][0-9]*$ ]]; then
   
10.                         cpu=$2
    
11.                         printf "%-10s: %s\n" "--cpu" "use $2 core(s)"
    
12.                 else
    
13.                         printf "%-10s: %s\n" "--cpu" "invalid --cpu argument, this will be ignored"
    
14.                 fi
    
15.                 shift
    
16.                 ;;
    
17.         --mem)
    
18.                 if [[ $2 =~ ^[1-9][0-9]*[mMgG][bB]?$ ]]; then
    
19.                         mem=$2
    
20.                         printf "%-10s: %s\n" "--mem" "use $2 memory"
    
21.                 else
    
22.                         printf "%-10s: %s\n" "--mem" "invalid --mem argument, this will be ignored"
    
23.                 fi
    
24.                 shift
    
25.                 ;;
    
26.         --traj) # use exists trajectory file
    
27.                 printf "%-10s: %s\n" "--traj" "use exists trajectory file"
    
28.                 inputTraj=1
    
29.                 ;;
    
30.         --mdinput) # set input for xtb
    
31.                 if [ -n "$2" ]; then
    
32.                         mdFile=$2
    
33.                         if [ "$2" != "md.inp" ]; then
    
34.                                 printf "%-10s: %s\n" "--mdinput" "use $2 instead of md.inp as xtb --input argument"
    
35.                         fi
    
36.                 else
    
37.                         printf "%-10s: %s\n" "--mdinput" "invalid --mdinput argument, this will be ignored"
    
38.                 fi
    
39.                 shift
    
40.                 ;;
    
41.         --chrg) # set chrg for xtb
    
42.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+$ ]]; then
    
43.                         chrg=$2
    
44.                         printf "%-10s: %s\n" "--chrg" "use $2 for xtb --chrg argument"
    
45.                 else
    
46.                         printf "%-10s: %s\n" "--chrg" "invalid --chrg argument, this will be ignored"
    
47.                 fi
    
48.                 shift
    
49.                 ;;
    
50.         --uhf) # set uhf for xtb
    
51.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+$ ]]; then
    
52.                         uhf=$2
    
53.                         printf "%-10s: %s\n" "--uhf" "use $2 for xtb --uhf argument"
    
54.                 else
    
55.                         printf "%-10s: %s\n" "--uhf" "invalid --uhf argument, this will be ignored"
    
56.                 fi
    
57.                 shift
    
58.                 ;;
    
59.         --solvent) # set solvent for xtb
    
60.                 solvent=$2
    
61.                 if [ -n "$solvent" ]; then
    
62.                         printf "%-10s: %s\n" "--solvent" "use $2 for xtb --input argument"
    
63.                 else
    
64.                         printf "%-10s: %s\n" "--solvent" "use gas phase"
    
65.                 fi
    
66.                 shift
    
67.                 ;;
    
68.         --Nout) # set Nout for isostat
    
69.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+$ ]]; then
    
70.                         Nout=$2
    
71.                         printf "%-10s: %s\n" "--Nout" "use $2 for isostat -Nout argument"
    
72.                 else
    
73.                         printf "%-10s: %s\n" "--Nout" "invalid --Nout argument, this will be ignored"
    
74.                 fi
    
75.                 shift
    
76.                 ;;
    
77.         --Eout) # set Eout for isostat
    
78.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+\.[0-9]+$ ]]; then
    
79.                         Eout=$2
    
80.                         printf "%-10s: %s\n" "--Eout" "use $2 for isostat -Eout argument"
    
81.                 else
    
82.                         printf "%-10s: %s\n" "--Eout" "invalid --Eout argument, this will be ignored"
    
83.                 fi
    
84.                 shift
    
85.                 ;;
    
86.         --Edis) # set Edis for isostat
    
87.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+\.[0-9]+$ ]]; then
    
88.                         Edis=$2
    
89.                         printf "%-10s: %s\n" "--Edis" "use $2 for isostat -Edis argument"
    
90.                 else
    
91.                         printf "%-10s: %s\n" "--Edis" "invalid --Edis argument, this will be ignored"
    
92.                 fi
    
93.                 shift
    
94.                 ;;
    
95.         --Gdis) # set Gdis for isostat
    
96.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+\.[0-9]+$ ]]; then
    
97.                         Gdis=$2
    
98.                         printf "%-10s: %s\n" "--Gdis" "use $2 for isostat -Gdis argument"
    
99.                 else
    
100.                         printf "%-10s: %s\n" "--Gdis" "invalid --Gdis argument, this will be ignored"
     
101.                 fi
     
102.                 shift
     
103.                 ;;
     
104.         --temp) # set temperature for isostat
     
105.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+\.[0-9]+$ ]]; then
     
106.                         temperature=$2
     
107.                         printf "%-10s: %s\n" "--temp" "use $2 for isostat -T argument"
     
108.                 else
     
109.                         printf "%-10s: %s\n" "--temp" "invalid --temp argument, this will be ignored"
     
110.                 fi
     
111.                 shift
     
112.                 ;;
     
113.         --clean) # auto clean
     
114.                 if [[ $2 =~ ^[0-2]$ ]]; then
     
115.                         clean=$2
     
116.                         case $clean in
     
117.                         0)
     
118.                                 printf "%-10s: %s\n" "--clean" "keep all files"
     
119.                                 ;;
     
120.                         1)
     
121.                                 printf "%-10s: %s\n" "--clean" "keep only the final result of each step"
     
122.                                 ;;
     
123.                         2)
     
124.                                 printf "%-10s: %s\n" "--clean" "delete all intermediate files"
     
125.                                 ;;
     
126.                         esac
     
127.                 else
     
128.                         printf "%-10s: %s\n" "--clean" "invalid --clean argument, this will be ignored"
     
129.                 fi
     
130.                 shift
     
131.                 ;;
     
132.         --)
     
133.                 shift
     
134.                 break
     
135.                 ;;
     
136.         --help)
     
137.                 printHelp
     
138.                 exit 0
     
139.                 ;;
     
140.         -h)
     
141.                 printHelp
     
142.                 exit 0
     
143.                 ;;
     
144.         -1)
     
145.                 skip1=1
     
146.                 printf "%-10s: %s\n" "-1" "skip step 1 (GFN0-xTB optimization)"
     
147.                 ;;
     
148.         -2)
     
149.                 skip2=1
     
150.                 printf "%-10s: %s\n" "-2" "skip step 2 (GFN2-xTB optimization)"
     
151.                 ;;
     
152.         -3)
     
153.                 skip3=1
     
154.                 printf "%-10s: %s\n" "-3" "skip step 3 (molclus)"
     
155.                 ;;
     
156.         *)
     
157.                 echo "$1 is not an option"
     
158.                 ;;
     
159.         esac
     
160.         shift
     
161. done

复制代码

接下来根据不同的选项情况，检查文件是否都已提供

1. 
   
2. # check if all files provided
   
3. printf "\n%s\n%45s\n%s\n" "$divideLine" "Check files" "$divideLine"
   
4. allFilesProvided=1
   
5. 
   
6. if [ -f "$1" ]; then
   
7.         inputFile="$1"
   
8.         printf "%-30s: found %s\n" "Input file" "$1"
   
9. else
   
10.         printHelp
    
11.         exit 1
    
12. fi
    
13. if [ $inputTraj -ne 1 ]; then
    
14.         # if md settings file not exists, input and save to md.inp or specified file
    
15.         if [ ! -e "$mdFile" ]; then
    
16.                 check=N
    
17.                 until [[ "$check" == [Yy] ]]; do
    
18.                         echo "Please provide the following parameters:"
    
19.                         read -r -p "Temperature (K): " temp
    
20.                         read -r -p "Total simulation time (ps): " time
    
21.                         read -r -p "Dump frequency (fs): " dump
    
22.                         read -r -p "Step size (fs): " step
    
23.                         cat >"$mdFile" <<-EOF
    
24.                                 \$md
    
25.                                     temp=$temp
    
26.                                     time=$time
    
27.                                     dump=$dump
    
28.                                     step=$step
    
29.                                     hmass=1
    
30.                                     shake=1
    
31.                                 \$end
    
32.                         EOF
    
33.                         printf "%s\n" "$divideLine"
    
34.                         read -r -p "Is ok? (Y/N) " check
    
35.                 done
    
36.                 printf "%s\n" "$divideLine"
    
37.         fi
    
38.         printf "%-30s: found %s\n" "MD settings" "$mdFile"
    
39. fi
    
40. if [ $skip3 -ne 1 ]; then
    
41.         # check if settings.ini is provided
    
42.         printf "%-30s: " "Molclus settings"
    
43.         if [ -f "settings.ini" ]; then
    
44.                 printf "found settings.ini\n"
    
45.         else
    
46.                 printf "missing\n"
    
47.                 allFilesProvided=0
    
48.         fi
    
49.         # check if template.gjf is provided
    
50.         printf "%-30s: " "Molclus template"
    
51.         if [ -f "template.gjf" ]; then
    
52.                 printf "found template.gjf\n"
    
53.                 if [ -e template2.gjf ]; then
    
54.                         printf "%-30s: found template2.gjf" "Molclus template2"
    
55.                 fi
    
56.         else
    
57.                 printf "missing\n"
    
58.                 allFilesProvided=0
    
59.         fi
    
60.         # check if template_SP.inp or template_SP.gjf is provided
    
61.         printf "%-30s: " "Molclus template_SP"
    
62.         if [ -f "template_SP.inp" ]; then
    
63.                 printf "found template_SP.inp\n"
    
64.                 spTemplate=template_SP.inp
    
65.         elif [ -f "template_SP.gjf" ]; then
    
66.                 printf "found template_SP.gjf\n"
    
67.                 spTemplate=template_SP.gjf
    
68.         else
    
69.                 printf "missing\n"
    
70.                 spTemplate=""
    
71.                 check=N
    
72.                 read -r -p "Warning: Single point energy is not calculated. Continue? (Y/N) " check
    
73.                 if [[ "$check" != [Yy] ]]; then
    
74.                         allFilesProvided=0
    
75.                 fi
    
76.         fi
    
77. fi
    
78. if [ $allFilesProvided -eq 0 ]; then
    
79.         printf "\nMissing file(s). Aborted.\n"
    
80.         exit 1
    
81. else
    
82.         echo "All files provided. Submit to slurm."
    
83. fi

复制代码

提交部分，通过here document给sbatch提供运行脚本，一直到最后的EOF。此处设置了任务资源以及输出重定向到consearch.log和xtb需要的export。

1. # submit to slurm
   
2. sbatch <<EOF
   
3. #!/bin/bash
   
4. #SBATCH -J "consearch"
   
5. #SBATCH -n $cpu
   
6. #SBATCH --mem $mem
   
7. 
   
8. # save to consearch.log
   
9. exec 1>consearch.log
   
10. 
    
11. export OMP_NUM_THREADS=$cpu # CPU cores for xtb
    
12. export MKL_NUM_THREADS=$cpu # CPU cores for xtb
    
13. export OMP_STACKSIZE=$omp_stacksize # memory for xtb

复制代码

检查命令是否都可用，如果否，中止并报错。

1. 
   
2. # check commands are available
   
3. printf "\n%s\n%47s\n%s\n" "$divideLine" "Check Commands" "$divideLine"
   
4. commandsUnavailable=0
   
5. commands=("$xtb" "$crest" "$molclus" "$isostat")
   
6. for cmd in "\${commands[@]}"; do
   
7.         if ! command -v "\$cmd" &>/dev/null; then
   
8.                 printf "Check %-15s: Unavailable\n" "\$cmd"
   
9.                 commandsUnavailable=$((commandsUnavailable + 1))
   
10.         else
    
11.                 printf "Check %-15s: OK\n" "\$cmd"
    
12.         fi
    
13. done
    
14. if [ \$commandsUnavailable -gt 0 ]; then
    
15.         printf "\n%s\n" "$divideLine"
    
16.         printf "Aborted because %d command(s) are not available, please check if environment variables have been added\n" \$commandsUnavailable
    
17.         exit 1
    
18. else
    
19.         printf "All commands are available. Begin conformation search.\n"
    
20. fi

复制代码

如果没有使用--traj选项，则调用xtb跑动力学，否则直接使用输入的轨迹文件

1. # if trajectory is not provided, generate it by xtb
   
2. printf "\n%s\n%50s\n%s\n" "$divideLine" "Trajectory generation" "$divideLine"
   
3. if [ $inputTraj -ne 1 ]; then
   
4.         mkdir -p 00
   
5.         cp -f $mdFile 00/
   
6.         cp -f \$inputFile 00/
   
7.         cd 00
   
8.         $xtb \$inputFile --input "$mdFile" --omd --gfn 0 -P $cpu
   
9.         wait
   
10.         cd ..
    
11.         cp -f 00/xtb.trj 00result.xyz
    
12.         inputFile=00result.xyz
    
13.         echo "Final result is 00result.xyz"
    
14. else
    
15.         echo "Trajectory file profided."
    
16.         inputFile=\$inputFile
    
17. fi

复制代码

在没有-1选项时，通过crest跑GFN0-xtb优化

1. # step 1: use crest to optimize under GFN0-xTB
   
2. if [ $skip1 -ne 1 ];then
   
3.         printf "\n%s\n%50s\n%s\n" "$divideLine" "GFN0-xTB Optimization" "$divideLine"
   
4.         mkdir -p 01
   
5.         cp -f \$inputFile 01/traj.xyz
   
6.         cd 01
   
7.         $crest -mdopt traj.xyz -chrg $chrg -uhf $uhf -gfn 0 -opt normal -T $cpu
   
8.         wait
   
9.         $isostat crest_ensemble.xyz -Edis $Edis -Gdis $Gdis -nt $cpu -T $temperature
   
10.         wait
    
11.         cd ..
    
12.         cp -f 01/cluster.xyz 01result.xyz
    
13.         inputFile=01result.xyz
    
14.         copy -f 01result.xyz final.xyz
    
15.         echo "Final result is 01result.xyz"
    
16. fi
    

复制代码

在没有-2选项时，通过crest跑GFN2-xtb优化

1. # step 2: use crest to optimize under GFN2-xTB
   
2. if [ $skip2 -ne 1 ];then
   
3.         printf "\n%s\n%50s\n%s\n" "$divideLine" "GFN2-xTB Optimization" "$divideLine"
   
4.         mkdir -p 02
   
5.         cp -f \$inputFile 02/traj.xyz
   
6.         cd 02
   
7.         if [ -n $solvent ];then
   
8.                 $crest -mdopt traj.xyz -chrg $chrg -uhf $uhf -gfn 2 -opt normal --gbsa $solvent -T $cpu
   
9.         else
   
10.                 $crest -mdopt traj.xyz -chrg $chrg -uhf $uhf -gfn 2 -opt normal -T $cpu

复制代码

在没有-3选项时，调用molclus

1. # step 3 use molclus with Gaussian to optimize and calculate energy
   
2. if [ $skip3 -ne 1 ];then
   
3.         printf "\n%s\n%43s\n%s\n" "$divideLine" "Molclus" "$divideLine"
   
4.         mkdir -p 03
   
5.         cp -f \$inputFile 03/03traj.xyz
   
6.         cp -f settings.ini 03/
   
7.         cp -f template.gjf 03/
   
8.         if [ -e template2.gjf ];then
   
9.                 cp -f template2.gjf 03/
   
10.         fi
    
11.         if [ -n $spTemplate ];then
    
12.                 cp -f $spTemplate 03/
    
13.         fi
    
14.         cd 03
    
15.         $molclus settings.ini 03traj.xyz
    
16.         wait
    
17.         $isostat isomers.xyz -Nout $Nout -Eout $Eout -Edis $Edis -Gdis $Gdis -nt $cpu -T $temperature
    
18.         wait
    
19.         cd ..
    
20.         cp -f 03/cluster.xyz final.xyz
    
21.         echo "Final result is final.xyz"
    
22. fi

复制代码

最后根据--clean选项的参数自动清理。最后一行EOF结束here document，完成sbatch命令。

1. 
   
2. # auto clean
   
3. folders=("00" "01" "02" "03")
   
4. files=("00result.xyz" "01result.xyz" "02result.xyz")
   
5. if [ $clean -ge 1 ]; then
   
6.         # delete intermediate file
   
7.         for folder in "\${folders[@]}"; do
   
8.                 if [ -d "\$folder" ]; then
   
9.                         rm -rf "\$folder"
   
10.                 fi
    
11.         done
    
12. fi
    
13. if [ $clean -ge 2 ]; then
    
14.         # also delete results of each step
    
15.         for file in "\${files[@]}"; do
    
16.                 if [ -f "\$file" ]; then
    
17.                         rm "\$file"
    
18.                 fi
    
19.         done
    
20. fi
    
21. EOF

复制代码

qcn1211

一键提交slurm的启动molclus调用高斯计算的脚本是什么？

Kamistry

qcn1211 发表于 2025-1-22 23:34
一键提交slurm的启动molclus调用高斯计算的脚本是什么？

molclus settings.ini 03traj.xyz

BGR_DUT

您好，我按照您给的方法提交后有这样的报错：
sbatch: error: Memory specification can not be satisfied
sbatch: error: Batch job submission failed: Requested node configuration is not available
这个是我哪里操作出问题了吗，谢谢您的回复。

BGR_DUT

BGR_DUT 发表于 2025-4-1 15:53
您好，我按照您给的方法提交后有这样的报错：
sbatch: error: Memory specification can not be satisfied ...

问题已解决

Keys

一、文中此处

跳过第二步 （GFN0-xTB优化）。此时输入文件将直接提供给后面步骤。

应该是笔误？应该是调用GFN2-xTB优化吧？
二、分享一下我经过2天的调试，使用脚本的时候，出现过的以下报错情况及我自己的解决方法：
1.请求服务器的内存和节点失败（4楼的报错）：要在# submit to slurm这一段落下添加有关于服务器节点的相关信息，更加方便的做法是直接复制自己原本提交的job文件除了“-n”“-mem”“-J“选项以外的#sbatch设置项。
2.copy：command not found：将脚本文件中的2个“copy”改为“cp”即可。
三、经过上述修改后脚本可以在服务器上正常输出0，01，02文件夹，无其余修改
但是在输出03时候文件夹的时候就会因为如下报错终止作业任务，至今尚未解决。下附consearch.log文件是运行“consearch --traj -1 -2 03traj.xyz”产生的

/var/spool/slurm/d/job265439/slurm_script: line 20: /g16/bsd/g16.profile: No such file or directory
sh: g16: command not found
forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -4, file /proc/48777/fd/0
Image              PC                Routine            Line        Source            
molclus            000000000041DBEB  Unknown               Unknown  Unknown
molclus            0000000000449368  Unknown               Unknown  Unknown
molclus            00000000004125E8  Unknown               Unknown  Unknown
molclus            000000000040EF94  Unknown               Unknown  Unknown
molclus            0000000000404422  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00002ADEF3199555  __libc_start_main     Unknown  Unknown
molclus            0000000000404329  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit 10, file /home-yx/users/nsyx_wxf/D/lk/consearchlab/03/isomers.xyz
Image              PC                Routine            Line        Source            
isostat            000000000041DEAB  Unknown               Unknown  Unknown
isostat            00000000004496E8  Unknown               Unknown  Unknown
isostat            00000000004134FA  Unknown               Unknown  Unknown
isostat            0000000000412D22  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00002B5206C37555  __libc_start_main     Unknown  Unknown
isostat            0000000000412C29  Unknown               Unknown  Unknown
cp: cannot stat '03/cluster.xyz': No such file or directory