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[CP2K] cp2跑aimd分子跑散

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输入文件和轨迹文件如附件所示,根据轨迹来看感觉分子越跑越分散,跑出盒子外了,请问这是否正常,如果不正常应该如何调整

Layer.inp

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Layer-1.ener

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发表于 Post on 2025-9-17 10:36:28 | 只看该作者 Only view this author
正常,因为AIMD是算周期性结构,不过在跑AIMD之前最好先opt优化一下,以避免结构搭建不合理导致分子间过大的力
是了,它已证明是可以信赖的,而且我从来也没有为选择了这条道路而后悔过。
——爱因斯坦

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-17 16:04:25 | 只看该作者 Only view this author
xiaowei2022 发表于 2025-9-17 10:36
正常,因为AIMD是算周期性结构,不过在跑AIMD之前最好先opt优化一下,以避免结构搭建不合理导致分子间过大 ...

那还想请问下如果我直接在nvt下跑3ps的预平衡,是否跟opt结构优化是一样的效果呢

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发表于 Post on 2025-9-18 02:19:28 | 只看该作者 Only view this author
GHR1111 发表于 2025-9-17 16:04
那还想请问下如果我直接在nvt下跑3ps的预平衡,是否跟opt结构优化是一样的效果呢

完全是两码事。动力学又不可能给你跑到精确的极小点结构上去(除非是0K下做)
倘若初始结构里斥力过大,预平衡的一开始就已经崩了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2025-9-26 13:39:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-18 02:19
完全是两码事。动力学又不可能给你跑到精确的极小点结构上去(除非是0K下做)
倘若初始结构里斥力过大, ...

请问一下卢老师,动力学是根据什么来得到下一步的原子结构位置的,和opt的区别在哪里呢?主要是增加考虑了热运动这一部分吗

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发表于 Post on 2025-9-27 01:24:13 | 只看该作者 Only view this author
运气加持 发表于 2025-9-26 13:39
请问一下卢老师,动力学是根据什么来得到下一步的原子结构位置的,和opt的区别在哪里呢?主要是增加考虑 ...

经典动力学基于牛顿运动方程。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)这页幻灯片,都是高中物理知识



实际MD程序用的更具体的公式



还有大量MD涉及的模拟技术,培训里都非常完整讲了,感兴趣可以学学。

并且建议看下文
辨析计算化学中的任务类型和理论方法
http://sobereva.com/680http://bbs.keinsci.com/thread-38982-1-1.html


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-9-28 10:43:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-27 01:24
经典动力学基于牛顿运动方程。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)这 ...

谢谢卢老师解答

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