Gromacs对蛋白质pdb最后C端的PRO报错，无法生成拓扑结构

WaterMirror

尊敬的各位老师好:
       我想用GMX的pdb2gmx命令，给出蛋白质结构的拓扑文件:
       $ gmx_mpi pdb2gmx -f protein.pdb -p topol.top -o protein.gro
       我蛋白质C端最后一个残基是PRO，我选择的是amber力场，AMBER99SB-ILDN。但是输入以上命令后，GMX提示报错:
       Fatal error:
       Atom OXT in residue PRO 293 was not found in rtp entry PRO with 14 atoms
       while sorting atoms.
       我手动将最后的293号C端的PRO手动改成PROC，但是GMX好像也没法识别:
       Fatal error:
       Residue 'PROC' not found in residue topology database

       请问各位老师这个问题应该如何解决呢？谢谢您！

KazusaT

你看看rtp，AMBER99SB-ILDN力场的PRO没有叫做OXT的原子，gromacs里AMBER系列力场不用tdb文件，所以你要先手动处理好端基的原子名称

beyond

没记错的话，amber里面的C端，是O 与OXT， 而Gromacs里面是OC1 与 OC2