计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 7685|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] D+A-组成的波函数查看自旋密度图

[复制链接 Copy URL]

202

帖子

0

威望

2663

eV
积分
2865

Level 5 (御坂)

使用Qchem计算D+和A-的束缚能,使用片段局域方法,但可惜的是产生的波函数文件只是最后一个片段的波函数文件
没办法,计算两次,分别得到了D+的波函数,和A-的波函数文件

现在使用Multiwfn将其组合成一个文件,使用波函数运算符号“+”,然后做自旋密度图
Multiwfn的依次操作为
D+.fchk
5
0  // 运算
1  
+,A-.fchk
2   //格点选择
5  // 自旋密度图
2  // 导出cube文件,放到VMD中作图

原理上,由于两个分子都带有电荷,那么得到的自旋密度图应该呈现alpha电子在D上,beta电子在A上
但现在显示的自旋密度图就只有alpha电子,没有beta电子
这个有什么好的办法?

左边是单独展示的效果,右边是电子密度相加后的效果,实际上我想把右边的那个水分子变成蓝色


5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2017-5-8 21:10:24 | 只看该作者 Only view this author
把运算符从+改成-就行了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

202

帖子

0

威望

2663

eV
积分
2865

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-8 22:26:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-8 21:10
把运算符从+改成-就行了

还真可以,太有喜感了

311

帖子

0

威望

3707

eV
积分
4018

Level 6 (一方通行)

秦都王城守卫教头

4#
发表于 Post on 2017-5-9 11:03:14 | 只看该作者 Only view this author
减号是神么意思
用心去观察这纷纷扰扰的红尘

202

帖子

0

威望

2663

eV
积分
2865

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-9 11:07:34 | 只看该作者 Only view this author

D+的波函数 加上 负的A-的波函数,这样就能够看到轨道的不同自旋方向了

1102

帖子

18

威望

6643

eV
积分
8105

Level 6 (一方通行)

計算化学の社畜

6#
发表于 Post on 2017-5-9 11:30:52 | 只看该作者 Only view this author
赵云跳槽 发表于 2017-5-9 11:07
D+的波函数 加上 负的A-的波函数,这样就能够看到轨道的不同自旋方向了

我怎么感觉 “负的A-的波函数”代表在A-的波函数里alpha自旋与beta自旋人为发生反转从而体现beta>alpha,也许默认的自旋都是alpha>beta导致做的自旋密度清一色的只看到alpha?
Stand on the shoulders of giants

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2017-5-9 12:47:25 | 只看该作者 Only view this author
赵云跳槽 发表于 2017-5-9 11:07
D+的波函数 加上 负的A-的波函数,这样就能够看到轨道的不同自旋方向了


应当是 D+的波函数对应的自旋密度 减去 D-波函数对应的自旋密度
不是波函数直接的加减

量化程序输出的波函数里,都是令alph电子a>=beta电子,所以当前必须做减法,才能令D-体系beta电子和alpha电子调换,使其beta电子>=alpha电子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

202

帖子

0

威望

2663

eV
积分
2865

Level 5 (御坂)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-10 00:02:11 | 只看该作者 Only view this author
谢谢两位的讨论和回答

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 21:58 , Processed in 0.204650 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list