win系统中Packmol安装好，初次使用时无法识别路径，请问是哪步出问题了呢？

落微 · 发表于 Post on 2021-7-9 21:07:06

各位老师好，第一次使用packmol，想构建一个含有100个萘分子的立方体模型，但遇到无法识别路径的问题，不知道哪一步出了问题，烦请各位老师指点。

牧生 · 发表于 Post on 2021-7-10 09:05:40

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-10 09:09:00

packmol后头加空格。始终看清楚我博文里每一个空格

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

落微 · 发表于 Post on 2021-7-13 20:53:48

本帖最后由落微于 2021-7-13 20:57 编辑

sobereva 发表于 2021-7-10 09:09
packmol后头加空格。始终看清楚我博文里每一个空格

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

您好sobereva老师，加了空格还是不能运行，请问是什么情况呢？

D:\packmol_18.169_win64

落微 · 发表于 Post on 2021-7-13 20:57:51

牧生发表于 2021-7-10 09:05
不要使用powershell

http://bbs.keinsci.com/thread-22940-1-1.html

嗯嗯，换成cmd了还是不行

牧生 · 发表于 Post on 2021-7-13 21:01:39

本帖最后由牧生于 2021-7-13 21:06 编辑

http://sobereva.com/473
至少看清楚这一部分的内容，注意后缀。

inputfile.pdb是错误的

wwj · 发表于 Post on 2021-7-13 21:04:03

落微发表于 2021-7-13 20:57
嗯嗯，换成cmd了还是不行

首先你得在cmd中进入到pdb和inp文件所在的文件夹，然后运行packmol < **.inp**代表文件名

落微 · 发表于 Post on 2021-7-13 21:23:27

wwj 发表于 2021-7-13 21:04
首先你得在cmd中进入到pdb和inp文件所在的文件夹，然后运行packmol < **.inp**代表文件名

你好老师，请问怎么进入文件夹呢？是直接在C:\Users\admin\Desktop>后输入D:\packmol_18.169_win64吗？

落微 · 发表于 Post on 2021-7-13 21:26:21

本帖最后由落微于 2021-7-13 21:27 编辑

牧生发表于 2021-7-13 21:01
http://sobereva.com/473
至少看清楚这一部分的内容，注意后缀。

您好，pdb文件和box_inp文件都有，运行出来如下图，另外，请问当前文件夹是指packmol.exe所在文件夹吗？

wwj · 发表于 Post on 2021-7-14 09:18:40

落微发表于 2021-7-13 21:23
你好老师，请问怎么进入文件夹呢？是直接在C:%users\admin\Desktop>后输入D:\packmol_18.169_win64吗？

这些都可以网上学到啊
cd C:\WINDOWS  //跳转到当前硬盘的其他文件
d:       //跳转到其他硬盘
cd /d e:\software //跳转到其他硬盘的其他文件夹
cd..    //跳转到上一层目录
等等

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-14 16:18:28

落微发表于 2021-7-13 21:26
您好，pdb文件和box_inp文件都有，运行出来如下图，另外，请问当前文件夹是指packmol.exe所在文件夹吗？
...

就是提示符提示的目录

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