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[GROMACS] 求助,使用gromacs的x2top创建力场时出现问题

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出现的问题


n2t文件

请问各位老师,应该怎么修改呢

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发表于 Post on 2021-9-22 16:03:37 | 只看该作者 Only view this author
看报错信息应该是H-O的距离不太合适,你可以先量一下再相应修改一下n2t文件中H-O的距离
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-22 16:09:34 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2021-9-22 16:03
看报错信息应该是H-O的距离不太合适,你可以先量一下再相应修改一下n2t文件中H-O的距离

已经修改好多次O-H的距离了,还是不对

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发表于 Post on 2021-9-23 06:32:02 | 只看该作者 Only view this author
信息不充分,体系结构图或结构文件都没有,没法判断n2t是否合理
直接导致这种提示的原因就是n2t文件定义得不合理,只能反复检查。

另外,不排除个别版本有bug的可能。如果绝对确信n2t与结构文件对应没问题,别用这么老版本,用新版本再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-23 10:33:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-23 06:32
信息不充分,体系结构图或结构文件都没有,没法判断n2t是否合理
直接导致这种提示的原因就是n2t文件定义得 ...

好的,谢谢。我再试试

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