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[Gaussian/gview] gaussian 09 linda 并行效率问题

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采用一个节点24核心(物理)计算基态opt+freq,计算时间68min。原子数量60-110.
然后采用linda并行3个节点72核心(物理)计算基态opt+freq,计算时间56min。
高斯并行的效率基本在15%-20%之间,效果不是很明显。请问,这是正常现象么,我测试过多个例子,效率提高在15%-20%之间。
请问一下这是高斯09并行效率差的原因么(跨节点运算),是否如果我的体系较大,计算比较复杂(例如计算50原子结构的激发态频率优化),那计算时间就会相对来说能提高2-3倍(72核心VS 24核心)?
谢谢大师指教!

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发表于 Post on 2016-5-12 10:29:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 bluewhale 于 2016-5-12 10:31 编辑

节点之间通讯是什么网络?IB?
建议用内存作scratch, 同时+IB, 作一个测试。

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发表于 Post on 2016-5-14 17:00:06 | 只看该作者 Only view this author
哪怕72个核心都在同一个机子里,用SMP方式并行,比24核心速度提升都不会特别显著,完全划不来,更别说跨节点。高斯跨节点并行效率损失非常严重。
用24核跑一个任务也就够了,有三个节点还是跑不同任务为好,否则白费电和计算资源。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-15 22:41:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-14 17:00
哪怕72个核心都在同一个机子里,用SMP方式并行,比24核心速度提升都不会特别显著,完全划不来,更别说跨节 ...

谢谢老师,我这个体系很小;如何我计算大一点的体系,那么我的并行效率是否会有提升,比如70个原子左右,用B3LYP/6-31g*计算激发态的几何几个优化,或者激发态频率优化!

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发表于 Post on 2016-5-15 23:52:32 | 只看该作者 Only view this author
yezhonghua 发表于 2016-5-15 22:41
谢谢老师,我这个体系很小;如何我计算大一点的体系,那么我的并行效率是否会有提升,比如70个原子左右, ...

大体系并行效率通常会更高
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-17 10:12:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-15 23:52
大体系并行效率通常会更高

谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-9-21 14:43:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Villars 于 2019-9-21 15:23 编辑
sobereva 发表于 2016-5-14 17:00
哪怕72个核心都在同一个机子里,用SMP方式并行,比24核心速度提升都不会特别显著,完全划不来,更别说跨节 ...

Sobereva 老师,您好!假设我现在有双路8160 48核的工作站,使用B3LYP(BJ)/6-311g*做基态的opt+freq计算,我看到您的回复中提到 “ 72核用SMP方式并行速度提升比24核不会特别显著 ”,请问老师我是否应该将48核工作站分成2部分,每个24核同时计算2个任务呢?

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发表于 Post on 2019-9-21 15:15:40 | 只看该作者 Only view this author
Villars 发表于 2019-9-21 14:43
Sobereva 老师,您好!假设我现在有双路8160 96核的工作站,使用B3LYP(BJ)/6-311g*做基态的opt+freq计算 ...

8160是24核,开了超线程才有48线程。所以你应该是交两个24核的任务比较划算

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发表于 Post on 2019-9-21 15:21:46 | 只看该作者 Only view this author
niobium 发表于 2019-9-21 15:15
8160是24核,开了超线程才有48线程。所以你应该是交两个24核的任务比较划算

感谢您的回复,只看了淘宝商家写得96核,没有自己查cpu的规格,实在不好意思,原问题已更正

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发表于 Post on 2019-9-21 15:33:40 | 只看该作者 Only view this author
Villars 发表于 2019-9-21 15:21
感谢您的回复,只看了淘宝商家写得96核,没有自己查cpu的规格,实在不好意思,原问题已更正

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz ... 9&lang=zh_CN#rd

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发表于 Post on 2019-9-21 16:52:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Villars 于 2019-9-21 16:55 编辑

这篇文章已认真阅读,终于解决了这个困惑,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-9-23 07:58:58 | 只看该作者 Only view this author
Villars 发表于 2019-9-21 14:43
Sobereva 老师,您好!假设我现在有双路8160 48核的工作站,使用B3LYP(BJ)/6-311g*做基态的opt+freq计算 ...

仔细看此贴
http://bbs.keinsci.com/thread-4841-1-1.html
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发表于 Post on 2019-9-23 09:18:43 | 只看该作者 Only view this author
如果不是G16版本。 双路机器上,请使用一个物理CPU跑一个高斯作业。

不信啊,你自己测试下就晓得了。
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发表于 Post on 2019-9-25 12:57:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-23 07:58
仔细看此贴
http://bbs.keinsci.com/thread-4841-1-1.html

嗯嗯,好的,感谢老师的回复

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