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[Lammps] 求助:reaxff力场模拟聚合物高温分解时遇到C、H原子间不正常电荷转移的hbondchk fail

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Level 2 能力者

各位老师好,我在使用lammps reaxff力场模拟聚合物高温分解时遇到C、H原子间不正常电荷转移,引发hbondchk fail的错误,请教大家
我的模型是由32个聚酰亚胺单体分子组成,聚酰亚胺单体分子在MS中建模,并以无序填充方式,填充到标准密度,输出到lammps中
在lammps中压缩后弛豫先跑了nvt 300k 40ps模型已经达到平衡,且模型结构和密度未发现问题,力场适合。
接着跑npt高温高压分解,3000k 6GPa条件,发现在保温过程中迟早会报hbondchk failed的错误。
经过检查,发现报错前总会出现一个C原子和一个O原子的不正常电荷转移,原子电荷一般在-0.8~0.8,这里不正常的电荷达到了+14及-14甚至更高,如附图所示


查找网络给出hbondchk failed这个错误的解决方案是添加safezone mincap命令,但是这只是忽略hbondchk failed这个错误,模型仍然存在错误
所以具体问题出在哪里,想不通,附件中附上了力场文件与输出文件,麻烦老师们帮助解答,谢谢大家!






lammps模拟错误图.png (405.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

lammps模拟错误图.png

ffield.reax.CHON

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slurm-13390516.out

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Level 6 (一方通行)

石墨

2#
发表于 Post on 2024-6-6 23:05:15 | 只看该作者 Only view this author
就是单纯温度高跑得快,瞬间靠太近了崩了,control文件里面hbond的搜索半径增大、或者积分步长减小(这个温度有时候0.2fs也不稳),或者近邻列表搜索间隔减少
如果还不行,那可能这套力场参数不适合高温。

(虽然你设置了neigh_modify every 1, 但是后面reax/c/speices设置覆盖了它使实际的近邻列表搜索间隔为100)
WARNING: Resetting reneighboring criteria for fix reax/c/species (../fix_reaxc_species.cpp:97)
Neighbor list info ...
  update every 100 steps, delay 0 steps, check no
自在飞花轻似梦,无边丝雨细如愁。

全自动反应动力学(ReaxFF、AIMD、NEP等)后处理工具网页版:http://cc-portal.xyz/reax_tools

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3#
发表于 Post on 2024-6-12 00:14:02 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
kokkos跑就会稳定的多

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Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-12 14:02:49 | 只看该作者 Only view this author
Graphite 发表于 2024-6-6 23:05
就是单纯温度高跑得快,瞬间靠太近了崩了,control文件里面hbond的搜索半径增大、或者积分步长减小(这个温 ...

谢谢老师!应该就是reax/c/speices覆盖了近邻列表搜索间隔的问题,太感谢了!

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Level 2 能力者

5#
发表于 Post on 2025-3-31 11:05:21 | 只看该作者 Only view this author
jwy20 发表于 2024-6-12 14:02
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

请问reax/c/speices覆盖了近邻列表搜索间隔的问题您是怎么解决的呢,添加Nrepeat 1 Nevery 1吗

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