将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具：GauIRC2xyz

sobereva · 发表于 Post on 2015-3-13 02:06:58

将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具：GauIRC2xyz

GauIRC2xyz: A tool to convert output file of IRC task of Gaussian into .xyz trajectory files

文/Sobereva @北京科音
First release: 2015-Mar Last update: 2023-Aug-17

以前有人问诸如怎么得到Gaussian产生的IRC每个点的结构、怎么得到IRC中某个几何变量的变化。于是抽空写了这个程序解决此问题。

GauIRC2xyz最新版下载地址：http://sobereva.com/soft/GauIRC2xyz_1.2.8.zip。其中带.exe后缀的是Windows版可执行文件，无后缀的是Linux下的可执行文件。

此程序用于将Gaussian的IRC任务的输出文件转换为同目录下同名的.xyz轨迹文件。启动后输入文件名即可。trimerization.out是示例输入文件，trimerization.xyz是转换出来的轨迹。

.xyz轨迹格式很简单，见《谈谈记录化学体系结构的xyz文件》（http://sobereva.com/477）。很多程序都可以支持.xyz轨迹文件，比如VMD，它使得分析IRC过程中各个变量的变化很方便。比如想看IRC中某个键长度的变化，将.xyz轨迹文件载入VMD，然后按键盘上的2，点击相应两个原子，然后进Graphics - Labels，下拉框选Bonds，选中相应的项，选 Graph标签页，点Save即可将轨迹中这两个原子间距离保存到指定的文本文件中。

jctyp · 发表于 Post on 2021-1-23 18:16:05

卢老师，请问这个可以把Gaussian的BOMD任务输出转换为.xyz轨迹文件吗？Gv打开比较慢，谢谢！

jctyp · 发表于 Post on 2021-1-23 18:31:04

jctyp 发表于 2021-1-23 18:16
卢老师，请问这个可以把Gaussian的BOMD任务输出转换为.xyz轨迹文件吗？Gv打开比较慢，谢谢！

已经看到http://sobereva.com/126介绍了

xinxinup · 发表于 Post on 2021-10-10 11:36:33

sob老师，GauIRC2xyz 1.2.1下载地址失效了，麻烦更新下，感谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-10 12:58:42

xinxinup 发表于 2021-10-10 11:36
sob老师，GauIRC2xyz 1.2.1下载地址失效了，麻烦更新下，感谢

更了

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