计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 28941|回复 Reply: 21
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 一个反应活化能垒小于 20kcal/mol在常温常压下进行么?

[复制链接 Copy URL]

210

帖子

0

威望

1699

eV
积分
1909

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师,大家好!请教一个审稿问题,主要做地质上甲基二苯并噻吩的甲基迁移转化机理。在文章中我提了一句话:“Generallyspeaking, when activation energy barrier is below 20 kcal/mol for one reactionsystem, it is very easy to take place under natural conditions”。首先,我根据20 kcal/mol 这个标准通过简单过渡态理论,计算出速率常数为 1.36×10-2 s-1;然后,我再以此速率常数(1.36×10-2 s-1)为基准,再次采用简单过渡态理论获取不同反应能垒下能进行的反应温度。现在,审稿意见回来了,评审提出了这个问题,感觉十分的不好回答,请教一下各位老师,我该怎么处理呢?有没有相关的文献支撑这个观点(我查阅了一些文献,都没有直接这么说,但一般做反应机理效果比较好的都是活化能垒非常低的,很多都小于20 kcal/mol ,此外我也课题的讨论了一下这个问题,也没有太确切的回答)?请各位老师给我指导为谢!审稿意见:Thediscussion on MDBT formation in natural (5.2) was based on the line of"Generally speaking, when activation energy barrier is below 20 kcal/molfor one reaction system, it is very easy to take place under natural conditions ." However, I am very confused by the derivation procedure.First, what is the natural conditions meaning in your work ? It means a low temperature and shallow depth burying? We need anaccurate value.  Second, I do not agree with the bound of activation energy barrier of 20kcal/mol for judgment whether the supposed reaction process can occur innatural conditions. The presence of clay minerals will catalyze the investigatedreaction pathways to some extent, and significantly reduce the activationenergy barrier. During catagenesis, the reactions with very high activation energybarrier also can occur, for example, the average activation energy barrier ofcracking reactions for most kerogen is about 60 kcal/mol.
Pathways
Energy barriers/kcal/mol
T/℃
P1
24.26
86.50
P2
76.93
830.90
P3
29.53
162.20
P4
17.69
-8.50
P5
12.42
-85.42
P6
32.37
202.80
P7
19.57
18.78
P8
38.04
283.64




越努力越幸运!

210

帖子

0

威望

1699

eV
积分
1909

Level 5 (御坂)

22#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-25 18:07:34 | 只看该作者 Only view this author
liaorongbao 发表于 2021-3-9 22:06
谢谢!也谢谢archer。此前已找到你的文Organic Geochemistry, 129 (2019) 24-41.。你的原文数据似乎是20k ...

我当时写的是20,后来sob说是21,但一直和评审diss,就没有再改了。看能不能从不同的角度去论述,去证明
越努力越幸运!

210

帖子

0

威望

1699

eV
积分
1909

Level 5 (御坂)

21#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-25 18:05:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-8 18:45
首先这和是否是单分子没有关系,其次一定不要教条化地去理解21kcal/mol或者20kcal/mol这种数值。最保险的 ...

谢谢指导
越努力越幸运!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

20#
发表于 Post on 2021-3-10 08:19:01 | 只看该作者 Only view this author
liaorongbao 发表于 2021-3-9 22:45
谢谢!我数值是10.47 kcal/mol。如果万一是(例如)20.7kcal/mol,那就用您的表述最好了。实际上因为sob博 ...

现在并没有什么国际期刊不建议引网址。甚至stackexchange上现在都有cite按钮生成便于文献里引用某楼回复的链接。引用我博文的paper也不少,例如RSC Adv., 2020, 10, 13185(DOI: 10.1039/d0ra00385a)

只要是连续变化的值,就永远不存在什么严格的一刀切的判据,前后总有余量、灰色地带。诸如某大牛说f=0.05是禁阻的标准,0.0501就一定不算禁阻、而0.05就一定禁阻了?
根据活化能判断是否容易反应的本质在于k,也影响比较直观的量,即半衰期。算不算容易反应自己算一下时间,根据常理、常识便知,岂能那么教条。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
liaorongbao + 5

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

159

帖子

3

威望

1507

eV
积分
1726

Level 5 (御坂)

19#
发表于 Post on 2021-3-10 07:54:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-10 00:06
20和21没有哪个更正确之说,我相信sob老师虽然说了21,但是决不会批驳说20是错的。还是那句话,不能教条 ...

这么说直接写成20 kcal/mol也是没有问题的。那我就写成20 kcal/mol好了

1万

帖子

0

威望

9896

eV
积分
22146

Level 6 (一方通行)

18#
发表于 Post on 2021-3-10 00:06:51 | 只看该作者 Only view this author
liaorongbao 发表于 2021-3-9 22:45
谢谢!我数值是10.47 kcal/mol。如果万一是(例如)20.7kcal/mol,那就用您的表述最好了。实际上因为sob博 ...

20和21没有哪个更正确之说,我相信sob老师虽然说了21,但是决不会批驳说20是错的。还是那句话,不能教条化地理解这种标准。显然即使自由能垒高于21kcal/mol,这个反应仍然可以在室温下发生,只不过不那么“容易”在室温下发生,而没有任何的严格的定义可以告诉你什么叫容易、什么叫不容易,这也不可能有一个严格的定义。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

159

帖子

3

威望

1507

eV
积分
1726

Level 5 (御坂)

17#
发表于 Post on 2021-3-9 22:45:46 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-9 22:19
你必须写成21kcal/mol才能支持你的结论吗?如果是的话,可以说,The activation Gibbs free energy is 20 ...

谢谢!我数值是10.47 kcal/mol。如果万一是(例如)20.7kcal/mol,那就用您的表述最好了。实际上因为sob博文给出的是21kcal/mol,而Organic Geochemistry, 129 (2019) 24-41文中给的却是20kcal/mol. 所以我很想顺便把这个20kcal/mol纠成21kcal/mol. 有的期刊不建议引用网址,所以不方便引sob博文的21kcal/mol.

1万

帖子

0

威望

9896

eV
积分
22146

Level 6 (一方通行)

16#
发表于 Post on 2021-3-9 22:19:45 | 只看该作者 Only view this author
liaorongbao 发表于 2021-3-9 22:06
谢谢!也谢谢archer。此前已找到你的文Organic Geochemistry, 129 (2019) 24-41.。你的原文数据似乎是20k ...

你必须写成21kcal/mol才能支持你的结论吗?如果是的话,可以说,The activation Gibbs free energy is 20.x kcal/mol, which is around the upper limit of reactions that take place easily under room temperature and ambient pressure [Organic Geochemistry, 129 (2019) 24-41]. 这样即使审稿人揪你是20还是21,也没处揪(虽然其实真正好的审稿人应该明白此处20和21不是严格的标准,因此不会揪这种具体的数)
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

159

帖子

3

威望

1507

eV
积分
1726

Level 5 (御坂)

15#
发表于 Post on 2021-3-9 22:06:27 | 只看该作者 Only view this author
xylz6188 发表于 2021-3-8 09:26
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0146638018302675
你好,很开心你们能引用我们的 ...

谢谢!也谢谢archer。此前已找到你的文Organic Geochemistry, 129 (2019) 24-41.。你的原文数据似乎是20kcal/mol,结果我在引的时候直接改成21kcal/mol且不做说明,同时引用你的文作为证据。不知这样做会不会让审稿人感觉不适。如果有哪篇文给出的数据是21kcal/mol求网友告知,这样同时引这个文应该就合理了。如果没有21kcal/mol的引文作为支撑,是不是该说明一下Organic Geochemistry, 129 (2019) 24-41.文中的20kcal/mol实际上应该修改成21kcal/mol呢?
原表述如下,求该怎么样去精确地重新表述
By the way, when activation energy barrier ΔG is less than 21 kcal/mol, a reaction is very easy to take place under room temperature and ambient pressure[Organic Geochemistry, 129 (2019) 24-41]



341

帖子

0

威望

4571

eV
积分
4912

Level 6 (一方通行)

14#
发表于 Post on 2021-3-8 19:29:33 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-8 18:45
首先这和是否是单分子没有关系,其次一定不要教条化地去理解21kcal/mol或者20kcal/mol这种数值。最保险的 ...

谢谢回复

1万

帖子

0

威望

9896

eV
积分
22146

Level 6 (一方通行)

13#
发表于 Post on 2021-3-8 18:45:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-3-8 18:51 编辑
archer 发表于 2021-3-8 17:09
sob老师的博文说的是单分子反应可以用21kcal/mol判断

首先这和是否是单分子没有关系,其次一定不要教条化地去理解21kcal/mol或者20kcal/mol这种数值。最保险的办法永远是把活化能垒用Eyring方程换算成速率常数,对比实验上的time scale以及副反应的速率去判断。如果懒得代入公式计算,可以查http://sobereva.com/506里的那个表。
举个例子,如果你的反应物特别不稳定,1毫秒就分解了,那么(除分解反应外的另一个反应的活化能垒是)20kcal/mol应该视为不反应;如果你是在研究地质化学过程,那么即使活化能垒高达30kcal/mol,也应该视为很容易反应。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

341

帖子

0

威望

4571

eV
积分
4912

Level 6 (一方通行)

12#
发表于 Post on 2021-3-8 17:09:58 | 只看该作者 Only view this author
xylz6188 发表于 2021-3-8 09:26
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0146638018302675
你好,很开心你们能引用我们的 ...

sob老师的博文说的是单分子反应可以用21kcal/mol判断

210

帖子

0

威望

1699

eV
积分
1909

Level 5 (御坂)

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-8 09:26:54 | 只看该作者 Only view this author
liaorongbao 发表于 2021-2-22 22:55
我有个反应活化能也小于20 kcal/mol,想引用你的文中的“Generallyspeaking, when activation energy barri ...

https://www.sciencedirect.com/sc ... i/S0146638018302675
你好,很开心你们能引用我们的研究工作,我们当时也和编辑讨论了很多次,评审就评了三次,大大小小的问题不下200个,特别是这个问题讨论了很多次。
后面我们也通过实验验证了我们的这个理论工作,也得到了了一些共性认识,但不完全对应,前前后后也花了40多万,不清楚后面的人要不要继续做下去。
越努力越幸运!

159

帖子

3

威望

1507

eV
积分
1726

Level 5 (御坂)

10#
发表于 Post on 2021-2-23 11:54:38 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-2-23 11:22
如果你想知道这个怎么算出来的,可以看sob老师的这篇博文《谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生》http: ...

谢谢你,原来sob已经写好了博文。另外,也许是属于本科生的常识的,我似乎在本科或硕士时听人说过,有点儿印象

4290

帖子

4

威望

9556

eV
积分
13926

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

9#
发表于 Post on 2021-2-23 11:22:22 | 只看该作者 Only view this author
liaorongbao 发表于 2021-2-22 22:55
我有个反应活化能也小于20 kcal/mol,想引用你的文中的“Generallyspeaking, when activation energy barri ...

如果你想知道这个怎么算出来的,可以看sob老师的这篇博文《谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生》http://sobereva.com/506
(建议完整看完里面每一句话,有些前提不能忽略)
但其实是不需要引用的,因为这是本科物理化学基础知识。。。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 22:34 , Processed in 0.198721 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list