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[新手求助] 如何判断反应是否有过渡态?

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老师在帖子里提到过:
并非所有反应途径都需要越过势垒,这类反应在很低的温度下就能发生,盲目找它们的过渡态是徒劳的。常见的包括自由基结合,比如甲基自由基结合为乙烷;自由基向烯烃加成,比如甲基自由基向乙烯加成成为丙基自由基;气相离子向中性分子加成,比如叔碳阳离子向丙烯加成。等等。

我在一篇文献看到,同种类型的反应,在扶手椅型反应有过渡态,在锯齿形反应没有过渡态
那是不是还是需要通过计算才能最终判断是不是有过渡态?
谢谢

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发表于 Post on 2023-3-14 20:59:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-14 17:49
自己用谷歌学术搜一下radical rebound

感谢老师的回复,我搜了一下,好多带有此类关键词的机理文章,我再好好看看。

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发表于 Post on 2023-3-14 17:49:20 | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2023-3-14 10:44
想请问下,什么是自由基反弹过程啊?

自己用谷歌学术搜一下radical rebound
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-3-14 17:44:03 | 只看该作者 Only view this author
大头攒毛 发表于 2023-3-8 10:54
你好,你也算氢提取反应吗?
如果只是单纯的氢提取反应,应该是有过渡态的
我这里一直有个疑问,自由基 ...

想请问下,什么是自由基反弹过程啊?

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发表于 Post on 2023-3-8 15:59:40 | 只看该作者 Only view this author
大头攒毛 发表于 2023-3-8 03:54
你好,你也算氢提取反应吗?
如果只是单纯的氢提取反应,应该是有过渡态的
我这里一直有个疑问,自由基 ...

一般有,但不排除个别情况下没有
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2023-3-8 10:54:23 | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2021-9-14 21:08
老师,目前我遇到了类似问题。我找到了TS,也进行了IRC。但是发现TS能量低于反应物,把IRC的一段作为中间 ...

你好,你也算氢提取反应吗?
如果只是单纯的氢提取反应,应该是有过渡态的
我这里一直有个疑问,自由基反弹过程有过渡态吗?

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发表于 Post on 2021-9-19 15:48:06 | 只看该作者 Only view this author
老师,我检查了TS和IM的波函数稳定性,发现IM的波函数不稳定,但是稳定后重新计算发现能量越来越低,然后用增大了基组用CCSD(t)算,发现正常了。所以就像你说的直接用E就行是吧?但是,你这个反应路径用E的话,其他的呢?难道之前算的单重态和三重态都要重新优化用E吗?

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发表于 Post on 2021-9-16 06:57:43 | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2021-9-15 10:56
我先是在单重态下找到了这个氢抽屉的反应路径,然后在单重态的基础上找到了三重态的TS,然后优化完没有报 ...

E+ZPE没有实际意义,要么图省事用E,要么图化学意义用G(T)
对于特定自旋多重度、能量和opt/IRC任务相同时,如果TS低于极小点能量,要么TS和这个极小点不直接相连,要么犯了低级错误,或者有的结构没收敛到稳定波函数。老生常谈的问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-9-15 10:56:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-15 01:37
说清楚能量怎么算的
如果计算能量的级别和产生IRC、结构优化完全是相同级别,不可能有这种现象(要么是 ...

我先是在单重态下找到了这个氢抽屉的反应路径,然后在单重态的基础上找到了三重态的TS,然后优化完没有报错,虚频振动方向符合反应机理,进行IRC后两端也符合产物和反应物,IRCpath就是我昨天上传的那个,整理数据发现ZPE+E的能量,TS是低于反应物的,于是将IRC的一端作为中间体整体优化,并计算了单点能,整理数据后发现,TS的E+ZPE还是低于中间体的能量的,通过观察结构发现,二者结构相差不大。而且通过IRC也能看出TS和中间体的能量相差不多的

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发表于 Post on 2021-9-15 01:37:41 | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2021-9-14 21:08
老师,目前我遇到了类似问题。我找到了TS,也进行了IRC。但是发现TS能量低于反应物,把IRC的一段作为中间 ...

说清楚能量怎么算的
如果计算能量的级别和产生IRC、结构优化完全是相同级别,不可能有这种现象(要么是搞错了,要么其中有的任务没收敛到稳定波函数)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-9-14 21:09:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-19 18:08
去试图找过渡态,摆各种可能的初猜,用合理的关键词

E:\1gaosi这是IRCpath

~994W%AYW8BJ1XAT@2~O(8V.png (26.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 94)

~994W%AYW8BJ1XAT@2~O(8V.png

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发表于 Post on 2021-9-14 21:08:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-19 18:08
去试图找过渡态,摆各种可能的初猜,用合理的关键词

老师,目前我遇到了类似问题。我找到了TS,也进行了IRC。但是发现TS能量低于反应物,把IRC的一段作为中间体进行优化,没有报错,但是能量还是高于TS,他俩结构相差不大,此时能认为这个氢抽提反应没有过渡态吗?

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发表于 Post on 2021-3-19 18:08:10 | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2021-3-19 09:42
老师请问怎么去计算检验啊?

去试图找过渡态,摆各种可能的初猜,用合理的关键词
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发表于 Post on 2021-3-19 09:42:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-6 01:48
不确定的时候就去计算进行检验,这样万一审稿人问你,心里也有数

PS:文中用的泛函很荒唐,严重不适合此 ...

老师请问怎么去计算检验啊?

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发表于 Post on 2018-7-13 21:07:10 | 只看该作者 Only view this author
木子之玉ccc 发表于 2018-7-12 10:58
请详细描述如何进行这种操作?

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