用什么方法可以模拟polymer architecture对粘结强度的影响

yihanxu · 发表于 Post on 2018-9-25 04:49:39

高分子粘结剂有各种分子形态，比如线型、星型、树形、接枝共聚物、交联网状等等，请问用什么方法可以模拟出不同形态的高分子与目标物质（例如硫S8）的结合强度呢？谢谢！

图片来自 Chem. Soc. Rev., 2018, 47, 2145--2164

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-27 14:54:23

yihanxu 发表于 2019-2-4 11:49
老师为什么没推荐用OPLS-AA力场模拟高分子呢？是因为OPLS-AA定义的有机小分子比较少吗？
谢谢。祝sob老 ...

GAFF的原子类型定义比较舒服、明白，而OPLS的原子类型用数字编号，我感觉很别扭
而且产生基于GAFF力场的antechamber非常靠谱，与GAFF兼容的力场很多，可扩展性强

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-27 14:52:55

yihanxu 发表于 2019-2-27 09:47
老师好，做MD之前并不是非要对盒子里的各种分子单独优化，如果不是算RESP电荷，可以不做量化的几何优化计 ...

对。只要结构别太离谱就行

yihanxu · 发表于 Post on 2019-2-27 09:47:13

sobereva 发表于 2019-2-23 08:40
MD那不叫优化。而且MD的过程完全只取决于力场参数

老师好，做MD之前并不是非要对盒子里的各种分子单独优化，如果不是算RESP电荷，可以不做量化的几何优化计算，直接进行MD,对吗

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-23 22:40:50

yihanxu 发表于 2019-2-23 01:14
跑MD的时候不是会重新优化吗？

MD那不叫优化。而且MD的过程完全只取决于力场参数

yihanxu · 发表于 Post on 2019-2-23 01:14:12

sobereva 发表于 2019-2-22 08:47
还有优化结构啊

跑MD的时候不是会重新优化吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-22 22:49:18

yihanxu 发表于 2019-2-22 13:44
老师好，我尝试用了Li2S分子产生Li离子的itp，但是没有成功，原因如附件acpype.txt提示的信息。请问该怎 ...

antechamber主要是弄有机体系的，涉及到无机体系，里面的成键方式和元素是antechamber往往没法处理的，acpype自然也没法正常处理。
可以这么去include，但是Li也得加到[atomtypes]里去

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-22 22:47:33

yihanxu 发表于 2019-2-22 08:05
谢谢老师。所以跑DFT的唯一目的是生成RESP电荷吗？

还有优化结构啊

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-22 22:47:13

yihanxu 发表于 2019-2-22 15:51
sob老师好，请问如何产生高分子的.itp文件呢？记得您说用pdb2gmx，可是这样的话要用到.rtp吧，高分子的.r ...

把自带的氨基酸的rtp彻底弄明白了，效仿着写

yihanxu · 发表于 Post on 2019-2-22 15:51:25

sobereva 发表于 2019-1-10 09:04
高分子用GAFF就行
没法用于无机分子，一看GAFF的原子类型就知道

sob老师好，请问如何产生高分子的.itp文件呢？记得您说用pdb2gmx，可是这样的话要用到.rtp吧，高分子的.rtp又该怎么做呢？完全没有头绪，求老师给些详细的指导，感谢！

yihanxu · 发表于 Post on 2019-2-22 13:44:38

本帖最后由 yihanxu 于 2019-2-22 01:41 编辑

sobereva 发表于 2019-2-21 08:27
从amber程序里挪过去，或者用acpype处理一个含Li的体系，如果能成功处理，看里面的参数

老师好，我尝试用了Li2S分子产生Li离子的itp，但是没有成功，原因如附件acpype.txt提示的信息。请问该怎么办呢？可以这样吗：从amber99sb-ildn的ions.itp中把LI的部分copy到一个文件里（见附件LI.itp），之后在LI.itp中加了mass，再在主.top文件中#include "LI.itp"感谢。

yihanxu · 发表于 Post on 2019-2-22 08:05:46

sobereva 发表于 2019-2-21 08:27
没有任何参数是DFT的

谢谢老师。所以跑DFT的唯一目的是生成RESP电荷吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-21 22:27:46

yihanxu 发表于 2019-2-21 12:30
老师好，如果用DFT优化了S4(2-)离子，然后把优化好的结构用acpype.py生成了其.itp文件，那么哪部分参数使用 ...

没有任何参数是DFT的

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-21 22:27:12

yihanxu 发表于 2019-2-21 12:25
老师好，Li+也是用GAFF的话，GROMACS里没有GAFF啊，到哪里去找GAFF的ions.itp呢，谢谢

从amber程序里挪过去，或者用acpype处理一个含Li的体系，如果能成功处理，看里面的参数

yihanxu · 发表于 Post on 2019-2-21 12:30:06

老师好，如果用DFT优化了S4(2-)离子，然后把优化好的结构用acpype.py生成了其.itp文件，那么哪部分参数使用了GAFF力场，哪部分参数用的是DFT呢？
谢谢。

yihanxu · 发表于 Post on 2019-2-21 12:25:54

sobereva 发表于 2019-2-8 12:37
含有Li+的拓扑文件直接就在ions.itp里
单个原子没法优化

老师好，Li+也是用GAFF的话，GROMACS里没有GAFF啊，到哪里去找GAFF的ions.itp呢，谢谢

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[综合交流] 用什么方法可以模拟polymer architecture对粘结强度的影响

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