分子动力学模拟过程中力场的选择问题

渠梦楠 · 发表于 Post on 2018-9-25 22:21:26

各位前辈好，我在进行分子动力学模拟的过程中用的是charmm力场，软件为NAMD,由于我在常见的氨基酸上边加了糖类物质，而这种糖的力场参数我在toppar_c36_jul17.tgz中找到了，我看charmm力场中
charmm36适合用于gromacs，我想请教一下各位前辈这个可以用于NAMD中吗? 谢谢各位前辈！

渠梦楠 · 发表于 Post on 2018-9-27 20:39:27

fhh2626 发表于 2018-9-27 08:44
当然可以

好的，谢谢您的回复！

渠梦楠 · 发表于 Post on 2018-9-27 20:38:33

sobereva 发表于 2018-9-26 20:20
我虽然不用NAMD，但是CHARMM是NAMD御用力场，能给其它程序用就不可能不能给NAMD用

好的，谢谢您的回复！

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-9-27 08:44:38

当然可以

greatzdk · 发表于 Post on 2018-9-27 08:21:02

用charmm-gui

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-26 20:20:09

我虽然不用NAMD，但是CHARMM是NAMD御用力场，能给其它程序用就不可能不能给NAMD用

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[NAMD] 分子动力学模拟过程中力场的选择问题