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[VMD] VMD计算氢键没有数据

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用VMD的氢键插件计算氢键,已经更改了drawing mathod为hbonds 并能显示氢键如图:

但是计算的时候参数也设置好了
如图:



但是结果一片空白

命令;Parameters used in the calculation of hydrogen bonds:
- Atomselection 1: name ATOM
- Update selections every frame: yes
- Initial frame: 0
- Frame step: 1
- Final frame: 0
- Donor-Acceptor distance: 3.5
- Angle cutoff: 40
- Type: unique
- Write a file with H bond/frame data: yes
- Filename: hbonds.dat
- Details output file: hbonds-details.dat

Printing frame/hbond data to file... Done.
Warning) multiplot: Data vector empty, ignoring plot!

最后一行有个警告,反复尝试还是这样,希望各位老师帮忙解答,感谢!

微信图片_20181011102550.png (47.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 114)

加载出了氢键

加载出了氢键

微信图片_20181011102720.png (21.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 97)

参数设置

参数设置

微信图片_20181011102912.png (14.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 89)

结果

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发表于 Post on 2023-7-20 19:29:03 | 只看该作者 Only view this author
yee 发表于 2023-7-20 15:38
请问这个输出文件中的occupancy占有率怎么理解?


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-7-20 15:38:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-26 04:51
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504(http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.ht ...

请问这个输出文件中的occupancy占有率怎么理解?

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发表于 Post on 2019-10-28 08:20:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-28 01:43
你先在graphics - representation界面里测试你的写法到底能不能选中原子
M$导出的xyz文件里可能由于原子 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-10-28 01:43:36 | 只看该作者 Only view this author

你先在graphics - representation界面里测试你的写法到底能不能选中原子
M$导出的xyz文件里可能由于原子名特殊的原因,导致VMD没法识别相应原子的元素。此时需要根据原子名选择
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-10-27 10:56:34 | 只看该作者 Only view this author
星空DMU 发表于 2019-10-27 10:55
sob社长,您好,我是用MS 8.0计算的剪切模拟,中间是含有聚合物的水溶液,想计算轨迹文件中水溶液中氢键 ...

VMD

VMD计算轨迹文件氢键.JPG (494.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 116)

计算氢键

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发表于 Post on 2019-10-27 10:55:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-26 04:51
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504(http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.ht ...

sob社长,您好,我是用MS 8.0计算的剪切模拟,中间是含有聚合物的水溶液,想计算轨迹文件中水溶液中氢键数量变化规律。我先导出xyz坐标文件,然后用VMD打开计算氢键,参数如图所示,但是不能输出图像,总是报错,去掉plot那项,输出数据为0,请问这是什么原因啊。

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发表于 Post on 2019-10-26 04:51:11 | 只看该作者 Only view this author
星空DMU 发表于 2019-10-24 16:09
请问你那个selection中的 O2和O6具体表示什么,怎么选择

VMD里原子选择语句的语法和例子
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发表于 Post on 2019-10-24 16:09:59 | 只看该作者 Only view this author

请问你那个selection中的 O2和O6具体表示什么,怎么选择

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-13 10:49:31 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-10-13 00:36:52 | 只看该作者 Only view this author
星星也想看到你 发表于 2018-10-12 15:46
好的,出来的结果名称里的Side能否换成selection中的参数呢?例如我这个O2和O6呢
因为用side不能区别是哪 ...

换不了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-12 15:46:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 星星也想看到你 于 2018-10-12 15:55 编辑

好的,出来的结果名称里的Side能否换成selection中的参数呢?例如我这个O2和O6呢
因为用side不能区别是哪一种氢键。
谢谢老师解答!

参数设置.png (26.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 74)

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结果.png (38.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 88)

结果.png

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发表于 Post on 2018-10-11 22:26:34 | 只看该作者 Only view this author
如果输出文件内容正常,就是绘图功能的bug,自行基于输出的hbonds.dat绘图即可
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