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[VMD] VMD计算氢键没有数据

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发表于 2018-10-11 10:30:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
用VMD的氢键插件计算氢键,已经更改了drawing mathod为hbonds 并能显示氢键如图:

但是计算的时候参数也设置好了
如图:



但是结果一片空白

命令;Parameters used in the calculation of hydrogen bonds:
- Atomselection 1: name ATOM
- Update selections every frame: yes
- Initial frame: 0
- Frame step: 1
- Final frame: 0
- Donor-Acceptor distance: 3.5
- Angle cutoff: 40
- Type: unique
- Write a file with H bond/frame data: yes
- Filename: hbonds.dat
- Details output file: hbonds-details.dat

Printing frame/hbond data to file... Done.
Warning) multiplot: Data vector empty, ignoring plot!

最后一行有个警告,反复尝试还是这样,希望各位老师帮忙解答,感谢!

加载出了氢键

加载出了氢键

参数设置

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发表于 2018-10-11 22:26:34 | 显示全部楼层
如果输出文件内容正常,就是绘图功能的bug,自行基于输出的hbonds.dat绘图即可
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主| 发表于 2018-10-12 15:46:35 | 显示全部楼层
本帖最后由 星星也想看到你 于 2018-10-12 15:55 编辑

好的,出来的结果名称里的Side能否换成selection中的参数呢?例如我这个O2和O6呢
因为用side不能区别是哪一种氢键。
谢谢老师解答!

参数设置.png
结果.png

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发表于 2018-10-13 00:36:52 | 显示全部楼层
星星也想看到你 发表于 2018-10-12 15:46
好的,出来的结果名称里的Side能否换成selection中的参数呢?例如我这个O2和O6呢
因为用side不能区别是哪 ...

换不了
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
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 楼主| 发表于 2018-10-13 10:49:31 | 显示全部楼层

好的,谢谢老师
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