求助，晶体在进行NPT优化时，晶体形状出现变化。

sakura · 发表于 Post on 2019-1-8 16:49:16

晶体在周期性边界条件下，晶体分子改变位置，跑到顶上和另一边了。如何避免这一现象。

sakura · 发表于 Post on 2019-1-10 15:51:21

少年爱吃地三鲜发表于 2019-1-9 21:04
我想请问，你通过vmd看轨迹了还是就看最终构型了？

我之后用vmd的periodic,发现左右两边还是感觉不太对，

sakura · 发表于 Post on 2019-1-10 09:29:19

都看了，NPT刚开始几ps，晶体分子就开始移动了

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-1-9 21:04:00

我想请问，你通过vmd看轨迹了还是就看最终构型了？

sobereva · 发表于 Post on 2019-1-8 23:57:47

PBC下的显示问题，不用管，不影响模拟

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[GROMACS] 求助，晶体在进行NPT优化时，晶体形状出现变化。