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[综合交流] 一般来说什么情况下需要用ab initio trajectories?

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本帖最后由 算一算 于 2019-1-8 19:06 编辑

最近看了一些模拟单分子或者双分子反应的文献,有的是用classical trajectories,有的用ab initio trajectories,但是我感觉他们做的东西都是一样的啊,是不是这种东西就是说法不一样?那什么情况下应该叫ab initio trajectory?

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发表于 Post on 2019-4-24 03:01:15 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-4-23 19:21
老师模拟高聚物的热解,是不是先要把模拟的结构优化收敛以后才可以用ADMP模拟热解?

没有这个必然要求。初始结构别太离谱就行。可以用很粗糙的收敛限优化一下
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发表于 Post on 2019-4-23 19:21:30 | 只看该作者 Only view this author

老师模拟高聚物的热解,是不是先要把模拟的结构优化收敛以后才可以用ADMP模拟热解?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-17 05:14:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-16 23:25
没有温度就相当于得到的是势能面上的弛豫路径,相当于Gaussian里IRC(downhill)干的事

确实像IRC,不过他们干的这事IRC还真干不了,IRC老得从鞍点开始,不灵活

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发表于 Post on 2019-1-16 23:25:01 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2019-1-16 18:38
但是我看了好几篇文献,都是从平衡结构开始算的,就是用势能面的谷底的结构作为起始结构。整篇文章丝毫没 ...

没有温度就相当于得到的是势能面上的弛豫路径,相当于Gaussian里IRC(downhill)干的事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-16 18:38:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-16 05:12
显然得有温度,没有温度就没有动能,就没法模拟轨迹了

但是我看了好几篇文献,都是从平衡结构开始算的,就是用势能面的谷底的结构作为起始结构。整篇文章丝毫没有提到温度的事。比如这篇https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jp206893n
类似的文献还有好多。初始动能就是平衡结构断键时的能量。
我不知道这种完全不加温度的模拟有没有一个专门的名字……

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发表于 Post on 2019-1-16 05:12:14 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2019-1-16 00:00
好的谢谢。还有个疑问:classical trajectories是不是都不加温度,也就是说不把振动转动能量算进去,只描 ...

显然得有温度,没有温度就没有动能,就没法模拟轨迹了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-16 00:00:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-15 11:48
算到哪个结构,对哪个结构计算能量及导数。与之相对的是先把势能面拟合出来再跑

好的谢谢。还有个疑问:classical trajectories是不是都不加温度,也就是说不把振动转动能量算进去,只描述原子核沿着势能面的谷底运动的样子?

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发表于 Post on 2019-1-15 11:49:00 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2019-1-15 08:55
你链接里这幅图太酷炫了!这种图是怎么做出来的啊?Photoshop行么?

很容易就能ps出来
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发表于 Post on 2019-1-15 11:48:05 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2019-1-15 08:52
谢谢,还有一个术语时常见到,叫on the fly,这个是什么意思?
这些术语都得在哪儿找定义啊?我找了两本 ...

算到哪个结构,对哪个结构计算能量及导数。与之相对的是先把势能面拟合出来再跑
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-15 08:55:03 | 只看该作者 Only view this author
Mikasa 发表于 2019-1-9 09:18
用CASSCF应该是跑non-adiabatic trajectory,估计还得小基组小活化空间,所能模拟的时间和轨迹数也很有限 ...

你链接里这幅图太酷炫了!这种图是怎么做出来的啊?Photoshop行么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-15 08:52:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-9 22:12
Quantum Dynamical Methods
此时原子核就通过波函数来描述了,而不是通过质点来描述了,叫轨迹就不恰当 ...

谢谢,还有一个术语时常见到,叫on the fly,这个是什么意思?
这些术语都得在哪儿找定义啊?我找了两本计算化学的教材,都没有对上面说的这些术语下定义……

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发表于 Post on 2019-1-9 22:12:22 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2019-1-9 08:18
谢谢详细解答。请问图片里最底下那个量子动力学,这种动力学算出来的trajectory在英文里叫什么trajectory ...

Quantum Dynamical Methods
此时原子核就通过波函数来描述了,而不是通过质点来描述了,叫轨迹就不恰当了

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发表于 Post on 2019-1-9 09:18:30 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2019-1-9 08:20
谢谢解答,我确实见到有人叫direct trajectories,我还纳闷那是什么鬼呢……
你说用DFT算运动轨迹让人承 ...

用CASSCF应该是跑non-adiabatic trajectory,估计还得小基组小活化空间,所能模拟的时间和轨迹数也很有限。
其实现在也有用MS-CASPT2的 https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.7b00559
流年似水,浮生如梦。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-9 08:20:51 | 只看该作者 Only view this author
Mikasa 发表于 2019-1-9 00:50
classical trajectory是基于经典力学来求解运动方程(Newton, Lagrange, or Hamilton equations);
quasi ...

谢谢解答,我确实见到有人叫direct trajectories,我还纳闷那是什么鬼呢……
你说用DFT算运动轨迹让人承受不起,不过我最近看的文献都是用CASSCF算的,可能他们实力比较强吧!

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