求助qchem相关教程

小西瓜123 · 发表于 Post on 2019-1-8 20:08:28

各位老师大家好，我根据q-chem manul写了一个in文件，想画出分子轨道图，可是生成的out文件用vmd打不开，请问这是怎么回事呢？如果用qchem产生空穴面元，请问应该怎么写in文件呢？老板要求用qchem产生空穴面元，看了manul没有找到相关的，如果manul上有，请老师指出一下在哪个章节，谢谢
画分子轨道的in文件如图1，vmd提示存在问题如图2

没有看到file type里面有out格式

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2019-2-25 15:02:17

IQMOl，它对应的GUI可以做出来吗?

sobereva · 发表于 Post on 2019-1-9 22:25:57

小西瓜123 发表于 2019-1-9 15:44
谢谢您，我会注意manual的书写，可是qchem怎么生成fch文件呢，然后空穴面元是Based on the continuum
mo ...

在$rem里面写GUI 2就会在当前目录下产生.fchk文件。
值得一提的是，别用Q-Chem输出的.molden文件作为Multiwfn的输入文件，Q-Chem的这个文件不标准，不被目前版本Multiwfn兼容。

alonewolfyang · 发表于 Post on 2019-1-9 18:55:20

本帖最后由 alonewolfyang 于 2019-1-9 18:57 编辑

小西瓜123 发表于 2019-1-9 15:44
生成了一个plot.mo文件，没有看到有cube文件，请问加什么关键词可以生成cube文件呢

你没仔细看说明书，说明书上有看分轨道的任务例子C:\Users\Administrator\Desktop\Inked.jpg

小西瓜123 · 发表于 Post on 2019-1-9 15:44:49

alonewolfyang 发表于 2019-1-8 23:14
用cube文件看，别用out文件，手册说的很清楚了

生成了一个plot.mo文件，没有看到有cube文件，请问加什么关键词可以生成cube文件呢

小西瓜123 · 发表于 Post on 2019-1-9 15:44:15

sobereva 发表于 2019-1-8 23:41
用Multiwfn看轨道，又快又方便又免费，是最佳选择，比你的方法好得多的多，看
使用Multiwfn观看分子轨道
...

谢谢您，我会注意manual的书写，可是qchem怎么生成fch文件呢，然后空穴面元是Based on the continuum
model, the continuous polarization charge density σ of the
cavity surface is partitioned into a finite set of surface charge
{q i }, and each is associated with a small portion called “tessera”
or “surface element”这句话里面的tessera 或者surface element，原文献doi为10.1021/jp4046935，请问您知道这个怎么划分吗？

小西瓜123 · 发表于 Post on 2019-1-9 15:42:23

myzpku 发表于 2019-1-9 08:27
普通的qchem input加上gui = 2可以生成fchk file, 可以用iqmol打开看分子轨道，也可以用其他visualization ...

Based on the continuum
model, the continuous polarization charge density σ of the
cavity surface is partitioned into a finite set of surface charge
{q i }, and each is associated with a small portion called “tessera”
or “surface element”就是这句话里面的tessera 或者surface element，原文献doi为10.1021/jp4046935，请问您知道这个怎么划分吗？

myzpku · 发表于 Post on 2019-1-9 08:27:44

普通的qchem input加上gui = 2可以生成fchk file, 可以用iqmol打开看分子轨道，也可以用其他visualization工具。楼主提供的input算完后应该在working directory里会有一个xxx_plots的文件夹，里面会有.cube files也可以看。

不知道空穴面元指的是什么所以没法解答这个问题。。有对应的英文么?

sobereva · 发表于 Post on 2019-1-8 23:41:18

用Multiwfn看轨道，又快又方便又免费，是最佳选择，比你的方法好得多的多，看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）

要更好效果可以结合VMD，看
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）
http://sobereva.com/449（http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html）

Q-Chem的fch文件可以作为Multiwfn的输入文件，载入前先把settings.ini里的ifchprog设为2

注意manual的正确拼写。另外没有“空穴面元”这种词

alonewolfyang · 发表于 Post on 2019-1-8 23:14:17

用cube文件看，别用out文件，手册说的很清楚了

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