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[综合交流] 请教:用DFT结合MD研究结合强度的思路是什么?

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sob老师好,大家好,我想知道在溶剂环境中,哪种高分子和多硫离子的结合能力强,故而需要进行模拟研究,想请教的问题主要是怎样用DFT结合MD做研究。即DFT结合MD研究这种问题的思路是什么呢?尤其是要发文章的话。
我对这个问题有一点粗浅的理解。用DFT可以研究高分子链和多硫离子的结合能,比较结合能的大小则可以知道结合能力强弱了。用MD计算室温下加电场的情况,盒子中有锂离子、多硫离子、溶剂分子、高分子链,可以观察高分子和多硫离子在体系中如何结合。那么是该先跑MD还是先跑DFT呢?怎么将二者互补进行研究呢?

谢谢!

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发表于 Post on 2019-6-11 17:43:25 | 只看该作者 Only view this author
他看他文章的意思是用VASP做Ehrenfest molecular dynamics,然后把得到的离子构型做TDDFT计算。特别疑惑这种DFT-MD是如何描述温度或者压强导致的电离的。

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发表于 Post on 2019-6-11 09:47:25 | 只看该作者 Only view this author
huangyoyo 发表于 2019-6-11 09:24
DFT-MD过程中电子不是都是处于基态的么?那么如何用DFT-MD模拟得到极端条件下的离子构型,比如附件中用VA ...

KS-DFT通常只能研究基态,但TDDFT可以研究激发态。文章我没仔细看,但貌似做了real-time TDDFT模拟。量化程序里octopus和NWChem也可以做real-time TDDFT的动力学

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yihanxu + 5 欢迎讨论 不明觉厉

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发表于 Post on 2019-6-11 09:24:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-31 01:32
显式

可以做一些统计分析讨论,比如模拟过程中多硫离子与高分子的最近原子间距离随时间变化、距离分布 ...

DFT-MD过程中电子不是都是处于基态的么?那么如何用DFT-MD模拟得到极端条件下的离子构型,比如附件中用VASP模拟温稠密状态下铍的离子构型。

X-ray Thomson Scattering in Warm Dense Matter without the Chihara Decomposition.pdf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-4 15:07:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yihanxu 于 2019-2-8 23:19 编辑

老师好,如果一个5nm*5nm*5nm的盒子里按比例算出应该加一个高分子链,可不可以呢?会不会高分子链数太少不足以统计与分析?谢谢。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-31 03:50:26 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问该用什么做模型验证呢?
谢谢。
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发表于 Post on 2019-1-31 02:38:18 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-1-31 02:04
谢谢老师,我想可以参考刚刚复习到的"蛋白质-配体复合物的模拟"吧,用的是显式的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-31 02:04:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yihanxu 于 2019-1-30 12:05 编辑
sobereva 发表于 2019-1-30 11:32
显式

可以做一些统计分析讨论,比如模拟过程中多硫离子与高分子的最近原子间距离随时间变化、距离分布 ...

谢谢老师,我想可以参考刚刚复习到的"蛋白质-配体复合物的模拟"吧,用的是显式的。
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发表于 Post on 2019-1-31 01:32:19 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-1-30 13:12
老师好,做MD研究在溶剂环境中,哪种高分子和多硫离子的结合能力强,请问是用隐式溶剂模型、盒子中只填充高 ...

显式

可以做一些统计分析讨论,比如模拟过程中多硫离子与高分子的最近原子间距离随时间变化、距离分布等

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yihanxu 发表于 2019-1-30 01:53
如果跑完MD弄清楚结合倾向于在什么位置、以何种形式结合。然后可以直接复制MD中的结构,通过QC优化、计 ...

别直接复制。应当把结构用MD程序做个能量极小化,然后再给QC程序进一步搞。其实如果在能量极小化之前再加一个快速的模拟退火降温到0K,某种程度上更好。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-30 13:12:10 | 只看该作者 Only view this author
老师好,做MD研究在溶剂环境中,哪种高分子和多硫离子的结合能力强,请问是用隐式溶剂模型、盒子中只填充高分子、锂离子和多硫离子好,还是用显式溶剂模型更好?

如果用显式溶剂模型跑完MD后,发现高分子链周围紧挨着的都是溶剂分子该如何应对?如果高分子链有的部分紧挨着溶剂分子、有的部分紧挨着多硫离子,那么如何判断不同的高分子链与多硫离子结合的强弱呢?

谢谢。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-30 01:53:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yihanxu 于 2019-1-29 11:55 编辑
sobereva 发表于 2019-1-27 11:32
先跑MD,看看都有什么现象,做一些统计分析,并且弄清楚结合的话倾向于在什么位置、以何种形式结合。然后再 ...


如果跑完MD弄清楚结合倾向于在什么位置、以何种形式结合。然后可以直接复制MD中的结构,通过QC优化、计算结合能,对吗,老师?
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发表于 Post on 2019-1-30 01:49:11 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-1-30 01:47
MD是显示溶剂,QC是隐式溶剂吧,这点不同对二者结果的影响又该怎么考虑呢?

QC也可以用显式溶剂(但考虑起来麻烦而且耗时),MD也可以用隐式溶剂(但动力学行为没显式溶剂下真实)。

模拟时候用显式溶剂即可,QC时候就用隐式溶剂就可以,懂行的审稿人都能理解这种做法的合理性。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-30 01:47:32 | 只看该作者 Only view this author
MD是显示溶剂,QC是隐式溶剂吧,这点不同对二者结果的影响又该怎么考虑呢?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-30 01:45:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-29 11:43
实际研究什么条件下的结合就用什么温度模拟

“量化是在0K”这种表述很不科学。建议仔细阅读

一直没理解好这点,好,我再仔细去读。
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