求教INTERFCAE力场在GMX中使用的问题

Lacrimosa

如题，在INTERFACE FF官网看到有interfaceff2gro插件可以通过MS中导出的.car和.mdf文件生成相应的.itp .top .gro文件,按操作使用官方的示例.car文件运行无误,但换成自己导出的就有问题,对比之后发现自己导出的.car文件中缺少原子类型以及电荷参数.对比如下:
自己导出的:
!BIOSYM archive 3
PBC=ON
Materials Studio Generated CAR File
!DATE Wed Feb 27 13:37:11 2019
PBC   25.6830   25.9920   57.6438   90.0000   90.0000   90.0000 (P1)
Al1      3.204317703    2.396460000    0.000000000 XXXX 1      xx      Al  0.000
Al2      0.050422864    2.396460000    6.463575740 XXXX 1      xx      Al  0.000
Al3      0.251150225    1.530930000    0.778218770 XXXX 1      xx      Al  0.000
Al4      5.658255499    1.530930000    7.241794510 XXXX 1      xx      Al  0.000
O1       3.305703066    4.036560000    0.237861573 XXXX 1      xx      O   0.000

官方示例:
!BIOSYM archive 3
PBC=ON
Materials Studio Generated CAR File
!DATE Thu Apr 10 19:49:52 2014
PBC    5.1540    8.9420    7.3910   91.9300  105.0500   89.8000 (P1)
Al1      0.938276811    4.401836405    3.352685177 XXXX 1      ay1     Al  1.449
Al2      1.082772059    7.303633477    3.217151390 XXXX 1      ay2     Al  1.449
Al3      3.644013041    8.801274934    3.352689112 XXXX 1      ay1     Al  1.449
Al4      3.498106040    2.848365587    3.281350393 XXXX 1      ay2     Al  1.449
Si1      0.222968064    3.107174125    0.399469296 XXXX 1      sy1     Si  1.100

因此想请教诸位,能否在MS中导出含原子类型及电荷参数的.car文件,还是无法导出需要自己添加?

liuxdhs

Entropy.S.I 发表于 2022-4-26 20:47
求助，应该如何导入呢？*.frc似乎不识别，只有off能识别，但是分不了原子类型

你好，请问你解决了这个问题吗？我想向ms导入prm文件

Entropy.S.I

yjmaxpayne 发表于 2019-3-2 09:54
MS里面可以直接导入interfaceFF.frc

求助，应该如何导入呢？*.frc似乎不识别，只有off能识别，但是分不了原子类型

Lacrimosa

yjmaxpayne 发表于 2019-3-2 09:54
MS里面可以直接导入interfaceFF.frc

谢谢~我发现charmm27_interface_v1_5.prm文件中没有对应铝氧四面体的铝原子类型，用其他铝原子类型替换又会出现orthoclase.mdf\nMsi2LMP is not equipped to handle symmetry operations这样的提示，从而无产生.itp文件。请问这种情况还能解决么

yjmaxpayne

Lacrimosa 发表于 2019-2-28 16:42
感谢您的解答，请问原子力场的类型等如何在MS中定义的呢？我用的MS 8.0，只看到性质管理器下有原子的forc ...

MS里面可以直接导入interfaceFF.frc

Lacrimosa

yjmaxpayne 发表于 2019-2-28 15:25
原子力场类型等都需要在MS中定义好再输出成.car，随后才能顺利在interface2gro中转换

感谢您的解答，请问原子力场的类型等如何在MS中定义的呢？我用的MS 8.0，只看到性质管理器下有原子的forcefield Type和formal Charge，是在这里逐一输入吗？

yjmaxpayne

原子力场类型等都需要在MS中定义好再输出成.car，随后才能顺利在interface2gro中转换