如何批量生成gjf文件？

算一算

想在Linux上生成一大批相似的gjf文件，每个文件其它部分相同，只有角坐标里的角度、chk文件名、gjf文件名不同。
期待结果：某个特定的角的角度从20°开始，每隔两度生成一个文件，直到60°。相应的%chk=20，%chk=22,...直到60。gjf文件名也是相应的从20到60。文件的其它部分都保持不变（当然，受那个角影响的其它角也会变。但是二面角不变，因为是平面三角形分子。成键的键长都不变。）
这个脚本应该怎么写？

如果嫌麻烦，可以先不考虑角度的问题，就假设角度都不变，只有chk和gjf名字从20变化到60，批量生成这样的gjf的脚本该怎么写？

P.S. 我这台机器上的python有问题，好多python脚本跑不了，所以只能用python以外的东东。

hxd_yi

不考虑角度问题的话，
for i in `seq 20 2 60`; do cp orig.gjf $i.gjf; sed -i "s/%chk.*/%chk=$i\.chk" $i.gjf; done

haos314

算一算 发表于 2019-3-1 14:46
如果不包含输入文件的内容的话，这个不多么

OJ一道题少的三四十行，多的一百来行，20行绝对不多
如果是项目的话，2000行都只能称之为“一个很小的项目”

lonemen

嗯，shell好强大呀

vizq

tjchkj 发表于 2019-3-5 20:05
先定义二面角的4个原子，然后手动输入二面角的角度，然后存下gjf，这一步只能是手动了

手动一个一个的做我会，就是“自动去按照间隔改变角度，然后自动存文件”这两个自动不会

tjchkj

vizq 发表于 2019-3-3 12:02
请问这个操作如何在gaussview中实现？

先定义二面角的4个原子，然后手动输入二面角的角度，然后存下gjf，这一步只能是手动了

vizq

tjchkj 发表于 2019-3-1 16:54
这个就是角度渐变的gjf文件，每隔2.5度做一个gjf。在gaussian view中自动去按照间隔改变角度，然后自动存文 ...

请问这个操作如何在gaussview中实现？

Mikasa

算一算 发表于 2019-3-1 14:56
我没有动软件的权限，那个机器给我的是临时账户，我也就是给人代课用这一次。
我没google一下是因为我根 ...

倒是去搜啊
最简单的就用Google搜“xxx如何用shell实现”，你肯定能找到某个能满足你要求的“关键词”
有这问关键词的功夫脚本早写完了，即使是想用Python也早搞定了

highlight

算一算 发表于 2019-3-1 18:02
谢谢提供关键词，这个seq确实能够实现文件里chk名字的不断变化，以及gjf名字的变化。等了这么久，终于看 ...

我觉得你会错意了

真不是什么有营养的问题

指的就是“生成文件”这个问题。
相反直接生成渐变结构，虽然有重复造轮子的嫌疑，但确实看上去比较“有趣”。

如果你觉得还有其它的关键词也可以实现同样的任务，也欢迎说出来。

当然有换汤不换药的其他写法，但请你搞清楚，是我再给你留作业（代码改错），不是你给我。

我会选出一个跑起来最省时的。

我不知道你有没有去搜索，但你八成没有运行过这段代码。它运行的时间绝对比你敲键盘的快。

键角我的话我还得再想想另外两个相关的键角要怎么变

人家给你计算了半天，你来一句：忘了说了啊、是带十个正电荷的正离子。

感觉这两句看上去就很搭。

如果你的问题可以简化为7楼的第一句，真的不需要什么其他关键词了。
如果从看到我的回复开始直接干，现在估计早就解决了。

算一算

tjchkj 发表于 2019-3-1 17:00
其实，你这个只有40度的间隔，每隔2度形成一个文件，只有20个文件就够了，还用的上编程？我们都是一个分子 ...

嗯，你们这个量确实比我的大，但是我代的这门课，我不想让本科生在gaussview上一个一个生成文件，因为太费时间了，这门实践课还有好几个事情要完成，不能把时间费在这一个项目上，再说这个项目的目的是让他们查看不同角度下分子性质的变化，我希望他们把时间花在这个上，而不是费时间生成文件。我不想拖堂。
你能提供几个关键词吗？比如22楼提供的seq就很有用，如果你能提供其他的，我都会去试试，最后找一个跑起来最快的。

算一算

highlight 发表于 2019-3-1 16:28
任何账户都可以给自己装软件，这是显然的。不过这个和你现在的问题无关。
我可以简化一下他给你的命令， ...

谢谢提供关键词，这个seq确实能够实现文件里chk名字的不断变化，以及gjf名字的变化。等了这么久，终于看到能用的关键词了。我还没有把这个套用在角坐标的值上，不过我隐约感觉是可以的，我再想想。如果你觉得还有其它的关键词也可以实现同样的任务，也欢迎说出来。我会选出一个跑起来最省时的。你PS里说的对，有人纠结的点是错的。我在问题里已经强调生成文件是主要问题。键角我的话我还得再想想另外两个相关的键角要怎么变。

tjchkj

其实，你这个只有40度的间隔，每隔2度形成一个文件，只有20个文件就够了，还用的上编程？我们都是一个分子就73个文件，同时做几十个分子，形成几千上万个gif才需要编程。

tjchkj

这个就是角度渐变的gjf文件，每隔2.5度做一个gjf。在gaussian view中自动去按照间隔改变角度，然后自动存文件。

highlight

算一算 发表于 2019-3-1 14:56
我没有动软件的权限，那个机器给我的是临时账户，我也就是给人代课用这一次。
我没google一下是因为我根 ...

任何账户都可以给自己装软件，这是显然的。不过这个和你现在的问题无关。
我可以简化一下他给你的命令，如果只是想修改文件名和chk文件名的话，我还可以给你写个bug：

1. 写一个gjf做模板，就叫 template 好了，里面有若干干行：

1. aaa
   
2. sss
   
3. %chk=ddd-num.chk
   
4. fff

复制代码

2. 直接输入三行命令：

1. for i in ·seq 0 60 2·
   
2. do sed -i "3s/num/$i/g" template > file-$i.gjf
   
3. done

复制代码

以上过程中命令存在明显的错误
如果你想证明自己不是想找人写脚本的话，你自行搜索修复
不用 google，百度然后开菜鸟教程的链接就行

PS：大家在这儿又是python又是fortran的，纠结的是怎么直接生成角度渐变的结构，而不是如何连续生成文件。你也看到了，这真不是什么有营养的问题。关于生成结构，没必要重复造轮子，7楼社长的回复已经很好了，你可以在上面过程的基础上实现一下，我觉得可能真到不了20行。

算一算

tjchkj 发表于 2019-3-1 16:08
20行确实够的，楼主这个想法是对的，至少说明他动了很多脑子了，我孩子就是早就用自动生成的办法做了上万个 ...

能提供几个关键指令吗？我现在完全不知道该用哪几个指令让它自动生成

tjchkj

20行确实够的，楼主这个想法是对的，至少说明他动了很多脑子了，我孩子就是早就用自动生成的办法做了上万个gjf了，但他是自己编的小程序，应该很短，说20行业是差不多的。