求助 GMX跑完模拟用TRAVIS做空间分布函数的问题

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-6-20 08:16:02

本帖最后由晓滨MD 于 2019-6-20 08:19 编辑

各位老师，我用GMX跑完模拟之后用TRAVIS做空间分布函数，1个薄荷醇周围1-丁醇、1-丙醇和乙醇的分布情况，体系中薄荷醇放在盒子中间冻住，其他三种分子20个，模拟50ns。自己做出来一个SDF，但是和文献对比发现不太一样，想请老师指点一下，怎样能做出和文献一样的SDF。1.是否需要增加其他三种分子的分子数，在跑一遍模拟？
2.是否需要一定的ps技术或者在VMD里直接就可以render出来？
我上传了两个图片和travis.log，请各位老师指点一下，不胜感激绿色1-丁醇，蓝色1-丙醇，橙色乙醇

angervlf · 发表于 Post on 2023-10-30 21:00:44

wbn 发表于 2019-6-21 02:09
嗯，这样是可以的。但是这样的话在一帧当中好像只能统计所有阴离子围绕某一个阳离子的分布，这样效率太低 ...

请问travis怎么做所有阴离子围绕所有阳离子的分布？比如我先统计阴离子围绕阳离子。发现默认情况下我只需要选择阳离子就可以了，但其实好像打开advanced之后，会发现它默认选择的是第一个阳离子，打开advanced会让你选择第几个阳离子。并不是说对所有的阳离子都做统计。

adong · 发表于 Post on 2021-5-17 10:30:15

晓滨MD 发表于 2021-5-17 09:37
1.我的习惯是中心分子只放一个2.如果想要区分中心分子和被统计分子，通过残基名区分就可以，但是如果你用 ...

非常感谢

晓滨MD · 发表于 Post on 2021-5-17 09:37:53

adong 发表于 2021-5-11 23:02
老师，关于spatial命令想请教两个问题：1. 中心分子只能是一个分子吗？如果是，模拟盒子中，中心分子是只能 ...

1.我的习惯是中心分子只放一个2.如果想要区分中心分子和被统计分子，通过残基名区分就可以，但是如果你用travis去计算SDF就不要区分，它会根据分子式区分

adong · 发表于 Post on 2021-5-11 23:02:25

老师，关于spatial命令想请教两个问题：1. 中心分子只能是一个分子吗？如果是，模拟盒子中，中心分子是只能放一个中心分子去模拟吗？还是可以放多个然后选择其中任意一个？ 2. 被统计的目标分子直接用分子的残基名所指向的组号就可以，还是把要考察的分子中的原子用 ‘or’ 给重新组合起来？

adong · 发表于 Post on 2021-5-11 22:52:26

本帖最后由 adong 于 2021-5-11 23:01 编辑

Regina 发表于 2021-1-23 15:32
请问TRAVIS是不是只可以导入pdb文件进行分析，我想用lammps导出的轨迹文件算偶极矩，但是我用了很多方法倒 ...

Regina · 发表于 Post on 2021-1-23 15:32:01

请问TRAVIS是不是只可以导入pdb文件进行分析，我想用lammps导出的轨迹文件算偶极矩，但是我用了很多方法倒入轨迹文件到TRAVIS软件，但是我发现只可以用VMD打开轨迹文件然后保存模型原子坐标导入TRAVIS，但是计算偶极矩需要原子电荷数据，我发现pdb文件只有坐标，请问您计算过偶极矩变化吗，是怎么计算偶极矩变化的，希望您能回答我的问题，不胜感激，万分感谢

晓滨MD · 发表于 Post on 2020-6-7 14:11:08

yixiyan 发表于 2020-5-25 10:15
师兄，想问一下您是在packmol建模的时候就只用了1个薄荷醇和其他分子各20个吗，您说的将薄荷醇放在盒子中间 ...

我做SDF都是中心分子只放一个，其他分子按照电脑的计算能力越多越好。SDF的中心分子不需要在盒子中心固定，把模拟轨迹转换为.pdb格式，直接交给TRAVIS处理就可以

yixiyan · 发表于 Post on 2020-5-25 10:15:31

师兄，想问一下您是在packmol建模的时候就只用了1个薄荷醇和其他分子各20个吗，您说的将薄荷醇放在盒子中间冻住是不是用的packmol里面的命令将薄荷醇分子固定在盒子中间？

小和尚 · 发表于 Post on 2019-12-27 09:27:41

晓滨MD 发表于 2019-12-26 10:55
travis -p 文件名.pdb 我是centos7.6的操作系统

非常感谢！！！

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-12-26 10:55:04

小和尚发表于 2019-12-25 15:59
能请教一下怎么打开TRAVIS的操作界面吗？我跟着说明书弄了一会儿还是没有懂

travis -p 文件名.pdb 我是centos7.6的操作系统

小和尚 · 发表于 Post on 2019-12-25 15:59:09

能请教一下怎么打开TRAVIS的操作界面吗？我跟着说明书弄了一会儿还是没有懂

wbn · 发表于 Post on 2019-6-26 00:56:05

晓滨MD 发表于 2019-6-23 23:01
老师，对于这个4 partcle我还是不太理解，在Travis中对应的应该是Calculate SDF values in nm^-3 (n) or ...

（particle nm−3）是单位， 3.2 和 4 分别是 DES−alcohol 和 1-butanol−DES 的isovalue 数值，在VMD里面设置

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-6-24 09:31:52

sobereva 发表于 2019-6-24 02:35
冻不冻和是否需要控压没直接关系
做冻住的MD之前，应当先通过NPT模拟把体系盒子维持在合理大小，然后再 ...

谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-24 02:35:48

晓滨MD 发表于 2019-6-23 10:55
老师，再向您请教一下，把中心分子冻结，然后这个体系的平衡和产生模拟时都没有进行控压，这对SDF的结果 ...

冻不冻和是否需要控压没直接关系
做冻住的MD之前，应当先通过NPT模拟把体系盒子维持在合理大小，然后再做NVT+freeze的动力学得到sdf

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-6-23 23:01:43

wbn 发表于 2019-6-22 00:49
对。如果你用了smooth的话会产生多个cube文件，它们是不同阶数smooth后的结果，看它们的文件名就知道哪个 ...

老师，对于这个4 partcle我还是不太理解，在Travis中对应的应该是Calculate SDF values in nm^-3 (n) or relative to uniform density (y)? [no] no吧？我打开一个s2.cube文件里面有很多数字，但是具体哪一个是和文献中的4对应的呢？还是说需要我们自己设置

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助 GMX跑完模拟用TRAVIS做空间分布函数的问题

评分 Rate

浏览过的版块