求助：关于CPMD与AIMD的区别

剑与玫瑰 · 发表于 Post on 2019-6-22 17:36:44

各位老师好，本人在看到一篇文献时，里面在计算气相反应自由能前做了一个PMF采样，同时提到了做AIMD和CPMD模拟，我想问一下各位老师这两个模拟是什么关系？

哐当哐当 · 发表于 Post on 2024-4-19 11:32:50

本帖最后由哐当哐当于 2024-4-19 12:14 编辑

granvia 发表于 2019-10-9 17:23
能量包括振动能与势能。一般通过分配振动能来设置起始能量，势能可设为零（即起始几何构型为分子平衡构型 ...

老师请问vasp里面怎么设置原子相对碰撞速度才能使有能垒的反应合理发生呢？就是调高温度到反应的上限值吗？

ZXW1993 · 发表于 Post on 2019-10-10 14:30:09

granvia 发表于 2019-10-10 10:38
没时间看文章。根据化学常识，室温下可以发生的反应很多都是有能垒的。可以根据不同温度下的大量MD模拟结 ...

您说“可以根据不同温度下的大量MD模拟结果，推算出活化能的大小（Arrhenius方程）”，那么模拟的一个反应发生的时间是不是和速率有关系呢？

granvia · 发表于 Post on 2019-10-10 10:38:34

本帖最后由 granvia 于 2019-10-10 10:40 编辑

ZXW1993 发表于 2019-10-9 20:18
我在一篇jacs文章中看到这样一句话“Here, we show direct ab initio molecular dynamics (AIMD)
simula ...

没时间看文章。根据化学常识，室温下可以发生的反应很多都是有能垒的。可以根据不同温度下的大量MD模拟结果，推算出活化能的大小（Arrhenius方程）。如果一个反应无能垒，那么在不同温度下的反应速率都应该是差不多的。我觉得应该通过这个方式来验证。

ZXW1993 · 发表于 Post on 2019-10-9 20:18:39

granvia 发表于 2019-10-9 19:29
Nope

我在一篇jacs文章中看到这样一句话“Here, we show direct ab initio molecular dynamics (AIMD)
simulation evidence of the near-barrierless formation of ammonium bisulfate (NH4HSO4) from the hydrated NH3 and SO3 molecules.” 作者在300K温度下模拟的。文章中的说法是错误的吗？
文章链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.5b13048

ZXW1993 · 发表于 Post on 2019-10-9 20:14:51

本帖最后由 ZXW1993 于 2019-10-9 20:16 编辑

granvia 发表于 2019-10-9 19:29
Nope

因为我在这篇jacs（10.1021/jacs.5b13048）文章中看到，作者用AIMD跑出来了一个反应，然后说这个反应是近乎无垒的，所以想请教一下。文章中有这样一句话“Here, we show direct ab initio molecular dynamics (AIMD)
simulation evidence of the near-barrierless formation of ammonium bisulfate (NH4HSO4) from the hydrated NH3 and SO3 molecules.” 文章中使用的是BLYP泛函，在300K温度下模拟的。

文章链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.5b13048

granvia · 发表于 Post on 2019-10-9 19:29:26

ZXW1993 发表于 2019-10-9 19:16
哦哦，我大概明白您的意思了。我在300K温度下对反应物进行模拟，如果有产物生成，这样可以说明这个反应接 ...

Nope

ZXW1993 · 发表于 Post on 2019-10-9 19:17:34

wuzhiyi 发表于 2019-10-9 17:08
能量就是溫度

哦哦，如果我在300K温度下对反应物进行模拟，有产物生成，能够说明该反应接近无垒吗？

ZXW1993 · 发表于 Post on 2019-10-9 19:16:35

granvia 发表于 2019-10-9 17:23
能量包括振动能与势能。一般通过分配振动能来设置起始能量，势能可设为零（即起始几何构型为分子平衡构型 ...

哦哦，我大概明白您的意思了。我在300K温度下对反应物进行模拟，如果有产物生成，这样可以说明这个反应接近无垒吗？

granvia · 发表于 Post on 2019-10-9 17:23:23

ZXW1993 发表于 2019-10-9 14:06
做AIMD的时候如何输入能量呢？是初始构型的能量吗？如果是初始构型的能量的话，需要通过什么方法降低初始 ...

能量包括振动能与势能。一般通过分配振动能来设置起始能量，势能可设为零（即起始几何构型为分子平衡构型）。振动能的分配是通过随机分配每个原子起始速度来实现（限制条件是体系整体无平动和转动速率），有的MD程序具有自动分配功能（通过指定温度来实现）。当然也可以自写脚本实现。

利用上述方法单独对各反应物分子进行热力学平衡（需要各自设置起始温度），然后各取最后一帧放在一起模拟反应，此时可以额外加上各反应物间的相对碰撞速率。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-10-9 17:08:04

能量就是溫度

ZXW1993 · 发表于 Post on 2019-10-9 14:06:55

granvia 发表于 2019-10-9 12:10
取决于你输入的能量

做AIMD的时候如何输入能量呢？是初始构型的能量吗？如果是初始构型的能量的话，需要通过什么方法降低初始构型的能量呢？

granvia · 发表于 Post on 2019-10-9 12:10:37

ZXW1993 发表于 2019-10-9 09:50
那AIMD可以跑出任意能垒的反应吗？还是说接近无垒的反应才能在较短的时间内跑出来？

取决于你输入的能量

ZXW1993 · 发表于 Post on 2019-10-9 09:50:27

sobereva 发表于 2019-10-1 07:43
否。
有没有势垒的反应都可以做AIMD

那AIMD可以跑出任意能垒的反应吗？还是说接近无垒的反应才能在较短的时间内跑出来？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-1 07:43:54

ZXW1993 发表于 2019-9-30 15:02
sobereva老师，请问用AIMD跑出来的反应可以认为是近乎无垒的反应吗？

否。
有没有势垒的反应都可以做AIMD

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[综合交流] 求助：关于CPMD与AIMD的区别

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