Gromacs模拟晶面建盒子问题和能量极小化

shgpei · 发表于 Post on 2019-7-10 21:21:21

本帖最后由 shgpei 于 2019-7-11 19:17 编辑

各位老师，我的问题如下1.下图1是我给晶面建的盒子，晶面是斜晶，在立方盒子里放置感觉不太合理，考虑换斜方盒子或者将晶面正交化，不知合理与否，或者应该怎么操作？
2.solvate命令加完水后除去晶面里的水，如下图，然后能量极小化报错，求解决办法

shgpei · 发表于 Post on 2019-7-11 19:26:26

本帖最后由 shgpei 于 2019-7-11 20:31 编辑

谢谢

jackie · 发表于 Post on 2019-7-11 15:00:57

可以上传mdp文件看一下参数的设置。

warning里警告说3093号和3098号原子距离是3.574 nm，超过设定参数2.260的限制。所以需要检查一下这两个原子键连关系是否正常，如果正常的话，把table-limit改大就好了。估计还是构型的问题，所以应该好好检查下初始结构。

对于水盒子的选择个人认为选择什么形状都还好，只是计算效率上会有影响。

shgpei · 发表于 Post on 2019-7-10 21:44:29

@卡开发发求教老师

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