VMD+POV-RAY实现背景透明输出

exity

更新：2020年1月14日
用pov渲染的时候发现+A开启的“抗锯齿”不是那么的“抗锯齿”，查了一下pov-ray的文档，关于抗锯齿描述如下：

3.2.8.7
Anti-Aliasing Options

Antialias=bool	Turns anti-aliasing on/off
+A	Turns aa on with threshold 0.3 or previous amount
-A	Turns anti-aliasing off
Sampling_Method=n	Sets aa-sampling method (only 1 or 2 arevalid)
+AMn	Same as Sampling_Method=n
Antialias_Threshold=n.n	Sets anti-aliasing threshold
+An.n	Sets aa on with aa-threshold at n.n
-An.n	Sets aa off (aa-threshold n.n in future)
Jitter=bool	Sets aa-jitter on/off
+J	Sets aa-jitter on with 1.0 or previous amount
-J	Sets aa-jitter off
Jitter_Amount=n.n	Sets aa-jitter amount to n.n. If n.n <= 0 aa-jitter is set off
+Jn.n	Sets aa-jitter on; jitter amount to n.n. If n.n <= 0 aa-jitter isset off
-Jn.n	Sets aa-jitter off (jitter amount n.n in future)
Antialias_Depth=n	Sets aa-depth (1 <= n <= 9)
+Rn	Same as Antialias_Depth=n
Antialias_Gamma=n.n	Sets the anti-aliasing gamma to n.n
+AGn.n	Same as Antialias_Gamma=n.n

这样的话，就能根据自己的需要来随意调整啦，试了一下下面的参数，8核笔记本炸了....

pvengine64 vmdscene.pov +UA +AM2 +A0.1 +R9 +W7920 +H7230

这样的条件下，需要渲染的像素点达到了5千万个（see below），if I count right! Emm.....



===以上为更新内容===========================================================


每次用PS抠图有点不方便，有时候高光点在原子边缘的话还会不小心被直接删除。
研究了一下，发现使用pov-ray可以实现透明背景输出，暂时只测了等值面图，应该是没什么问题的。
安装pov-ray：路径为C:\Program Files\POV-Ray\v3.7\bin，将此路径加入环境变量

安装VMD，绘制好的你的分子图形后，File-render, 在弹出的File render control窗口里，选择POV-Ray 3.6，File name保持默认，Render command一栏清空后填入

pvengine64 vmdscene.pov +UA +A +W3000 +H2000

其中+UA是开启透明背景，+A是开启抗锯齿，W和H代表宽和高分辨率，单位是像素，可以自行定义
点击Start rendering。


VMD文件夹中会出现背景透明的vmdscene.png文件。

如果觉得每次输入参数很麻烦，也可以

新建一个bat文件，输入一样的内容

pvengine64 vmdscene.pov +UA +A +W3000 +H2000

Render command一栏清空不填入任何内容，等到vmdscene.pov文件出现后，双击运行bat即可，效果是一样的。

exity

Anndku 发表于 2025-9-22 23:57
求助，为什么一直显示'pvengine64'不是内部或外部命令，也不是可运行的程序

可能你没有正确的设置POV-RAY的环境变量，或者根本就没有安装它。目前有更好更新的解决方案了，试试用ChimeraX来渲染。

Anndku

求助，为什么一直显示'pvengine64'不是内部或外部命令，也不是可运行的程序

熊琳

zhangzb 发表于 2021-11-6 17:27
按照步骤用POV-Ray渲染分子轨道的等值面图，背景是透明了，但是也有问题：1.感觉分子在一个方向上被拉伸， ...

试试把VMD结构窗口全屏，结构调整到合适大小，再导出.pov文件进行渲染

熊琳

yuclark 发表于 2019-8-4 19:08
请问一下，window下我按照pvengine64 vmdscene.pov +UA +A +W3000 +H2000命令操作，等值面原本绿色的渲染后 ...

你好，我刚刚也遇到这样的问题。试一下这个方法：选择Graphical Representations中的Isosurface条目，Coloring Method从Volume换成ColorID，选择比如green这个颜色，再导出.POV文件进行渲染。

Shuang-Jie

我的也是，拉伸失真了

nianbin

请问各位， 应该如何实现批量处理呀 我在win下 总是要弹出渲染框，自己手动关闭之后才会渲染下一个

exity

QuantumicGuy 发表于 2021-12-10 15:32
这样输出的透明背景图似乎被横向拉伸了，看起来有些失真，请问有没有好的解决办法

如果只是输出分子结构等信息可以直接使用CHIMERAX输出透明背景

QuantumicGuy

这样输出的透明背景图似乎被横向拉伸了，看起来有些失真，请问有没有好的解决办法

exity

zhangzb 发表于 2021-11-6 17:27
按照步骤用POV-Ray渲染分子轨道的等值面图，背景是透明了，但是也有问题：1.感觉分子在一个方向上被拉伸， ...

可以用文本编辑器打开dat文件，查看原始分辨率比例，然后按这个比例扩大就行了。

zhangzb

按照步骤用POV-Ray渲染分子轨道的等值面图，背景是透明了，但是也有问题：1.感觉分子在一个方向上被拉伸，分子变形了；2.感觉渲染出来的效果没有Tachyon好看。

黄宇新

太牛了！

情随风去

boke1992 发表于 2020-2-25 19:21
我按照楼主的设置之后，为什么还是有背景色呢？

我也遇到了这个问题，并且改变分辨率之后渲染出的图片分辨率没有变化，还是很低，请问你有解决办法了吗？

get-it

补充一下，在povray图形界面中，修改ini文件也能实现相同的效果，如：
Width=5760
Height=3171
Antialias=On
Antialias_Threshold=0.3
+ua

exity

boke1992 发表于 2020-2-25 19:21
我按照楼主的设置之后，为什么还是有背景色呢？

没有遇见过，可以把Display-Depth cueing关闭后看看，或者把你的文件上传。
话说你这个批处理不太对吧，如果你是windows系统，windows系统下pov的可执行文件是pvengine64，而不是pov。