计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 34146|回复 Reply: 36
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] ORCA 4.2.0 Released!

[复制链接 Copy URL]

201

帖子

0

威望

3555

eV
积分
3756

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
#
本帖最后由 1130240115 于 2019-8-9 21:47 编辑

今天刚收到邮件,ORCA 4.2.0正式发布:

到官方论坛看了一下:

New ORCA Release: ORCA 4.2.0
  • Local correlation
    • Iterative (T) for open shells
    • Multi-level scheme for open shell systems (all PNO accuracy levels)
    • DLPNO-STEOM-CCSD for closed shells
    • DLPNO-CCSD(T)-F12 for open shells
    • Automatic fragmentation in LED analysis
    • RIJCOSX-LED implementation
    • HF-LD method for efficient dispersion energy calculations
  • Multi-Reference
    • FIC-CASPT2 implementation including level shift and IP/EA shift.
    • FIC-NEVPT2 unrelaxed densities and natural orbitals.
    • CIPSI/ICE improvements. Can be run now with configurations, individual determinants or CSFs (experimental)
    • FIC-ACPF/AQCC: variants of the FIC-MRCI ansatz
    • Efficient linear response CASSCF
    • Reduced memory requirements in MRCI and CIPSI/ICE
  • Spectroscopy
    • GIAO EPR calculations (one issue with the SOMF operator still remaining)
    • Improvements to ESD module for fluorescence, phosphorescence, bandshape, lifetime and resonance Raman calculations
    • ESD now includes also the prediction of the Intersystem Crossing non-radiative rates
    • Hyperfine couplings for CASSCF calculations (but not as response)
  • Excited states
    • Spin-orbit coupling in TD-DFT
    • MECP optimization for TD-DFT
    • Conical Intersection Optimization
    • Range-separated double-hybrids (ωB2PLYP, ωB2GPPLYP) for TDDFT
    • Numerical and Hellmann-Feynman NACMEs using TD-DFT/CIS
    • DLPNO-STEOM-CCSD for closed shells (also see 'Local correlation')
  • Solvation
    • CPCM Gaussian Charge Scheme with the scaled-vdW surface and the Solvent Excluded Surface (SES). Available for single point energy calculations and geometry optimizations using the analytical gradient.
  • SCF/optimizer/semi-empirics/infrastructure etc.
    • Nudge elastic band (NEB) transition states improvements (also works with xTB for initial path)
    • Improved compound method scripting language for workflow improvements
    • Improved ASCII property file
    • Libxc interface allows a far wider range of density functionals to be used
    • Interfaced with Grimme’s GFN-xTB and GFN2-xTB
    • Improvement of IRC algorithm
    • Cartesian minimization (L-OPT) for systems with 100.000s of atoms, Minimization of specific elements (incl. H) only, fragment specific optimization treatment (relax all, relax hydrogens, rigid fragment, fixed fragments)
  • QM/MM and MM
    • First release with ORCA-native MM and QM/MM implementation
    • Automated conversion from NAMD’s CHARMM format
    • Automated generation of simple force-field for non-standard molecules
    • Simple definition of active and QM regions
    • Automated inclusion and placement of link-atoms
    • Automated charge-shifts to prevent over-polarization
    • MM and QM/MM work with all kinds of optimizations, NEB / NEB-TS methods, frequency analysis
    • Option for rigid MM water (TIP3P) in MD simulation and optimization
  • Molecular Dynamics
    • Added a Cartesian minimization command to the MD module, based on L-BFGS and simulated annealing. Works for large systems (> 10'000 atoms) and also with constraints. Offers a flag to only optimize hydrogen atom positions (for crystal structure refinement).
    • The MD module can now write trajectories in DCD file format (in addition to the already implemented XYZ and PDB formats).
    • The thermostat is now able to apply temperature ramps during simulation runs.
    • Added more flexibility to region definition (can now add/remove atoms to/from existing regions).
    • Added two new constraint types which keep centers of mass fixed or keep complete molecules rigid.
    • Ability to store the GBW file every n-th step during MD runs (e.g. for plotting orbitals along the trajectory).
    • Can now set limit for maximum displacement of any atom in a MD step, which can stabilize dynamics with poor initial structures. Runs can be cleanly aborted by "touch EXIT".
    • Better handling/reporting of non-converged SCF during MD runs.
    • Fixed an issue which slowed down molecular dynamics after many steps.
    • Stefan Grimme's xTB method can now be used in the MD module, allowing fast simulations of large systems.
  • Miscellaneous
    • Compute thermochemical corrections at different temperatures without recomputing the Hessian
    • Fragments can now be defined in the geom block as simple lists
    • Simpler input format for definition of atom lists and fragments, in particular useful for large atom lists
    • basename.trj files are now called basename_trj.xyz




评分 Rate

参与人数
Participants 2
eV +9 收起 理由
Reason
cyx98 + 4
flying + 5 好物!

查看全部评分 View all ratings

1657

帖子

5

威望

4558

eV
积分
6315

Level 6 (一方通行)

喵星人

36#
发表于 Post on 2021-3-26 22:55:27 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2021-3-26 22:09
看到这帖子被顶上来 一惊 以为orca5出了

这么一说发现orca5咕咕咕了好久了

3

帖子

0

威望

33

eV
积分
36

Level 2 能力者

35#
发表于 Post on 2021-3-26 22:21:29 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-3-26 21:55
你看我三个链接的最后一个

要阅读权限高于20才能浏览,我这个号才注册不久。

374

帖子

2

威望

1539

eV
积分
1953

Level 5 (御坂)

34#
发表于 Post on 2021-3-26 22:09:10 | 只看该作者 Only view this author
看到这帖子被顶上来 一惊 以为orca5出了

442

帖子

0

威望

2408

eV
积分
2850

Level 5 (御坂)

娃娃儿鱼

33#
发表于 Post on 2021-3-26 21:55:59 | 只看该作者 Only view this author
陆八岁 发表于 2021-3-26 21:49
谢谢回复。但我在论坛上注册不上,提交以后一直显示The solution you provided was incorrect,下面没有 ...

你看我三个链接的最后一个
真·探

3

帖子

0

威望

33

eV
积分
36

Level 2 能力者

32#
发表于 Post on 2021-3-26 21:49:35 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-3-25 20:22
你这个顶贴我以为是新版发布了,ORCA可以到论坛上注册下载
见量子化学程序ORCA的安装方法
http://sober ...

谢谢回复。但我在论坛上注册不上,提交以后一直显示The solution you provided was incorrect,下面没有确认码,也联系不到管理员。

442

帖子

0

威望

2408

eV
积分
2850

Level 5 (御坂)

娃娃儿鱼

31#
发表于 Post on 2021-3-25 20:22:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-3-25 20:23 编辑
陆八岁 发表于 2021-3-25 20:09
您好,请问ORCA下载的百度网盘链接可以再分享一遍吗?

你这个顶贴我以为是新版发布了,ORCA可以到论坛上注册下载
见量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html).及http://bbs.keinsci.com/thread-6392-1-1.html
真·探

3

帖子

0

威望

33

eV
积分
36

Level 2 能力者

30#
发表于 Post on 2021-3-25 20:09:34 | 只看该作者 Only view this author
ChrisZheng 发表于 2019-8-9 21:45
链接: https://pan.baidu.com/s/1XoIPIHVcICauBCPVca0VLQ
提取码: ghnb

您好,请问ORCA下载的百度网盘链接可以再分享一遍吗?

627

帖子

11

威望

1万

eV
积分
12084

Level 6 (一方通行)

29#
发表于 Post on 2019-8-17 19:29:56 | 只看该作者 Only view this author
Grimme教授的建议:
xtb in ORCA is (opposed to what is written in the manual) not working properly. You should take the xtb standalone codes.
计算化学与分子模拟

220

帖子

0

威望

6002

eV
积分
6222

Level 6 (一方通行)

跳跳猪

28#
发表于 Post on 2019-8-13 09:12:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-13 07:09
MEP这个词多数场合都是特指非质权的情况,如下所示,虽然这也看具体语境(Truhlar篇这属于比较特殊的)。 ...

谢谢sob老师详细解释~
流年似水,浮生如梦。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

27#
发表于 Post on 2019-8-13 07:09:05 | 只看该作者 Only view this author
Mikasa 发表于 2019-8-12 12:52
MEP并不是在Cartesian coordinate下计算的,至少在Polyrate中是在Mass-scaled coordinate下计算的。10.10 ...

MEP这个词多数场合都是特指非质权的情况,如下所示,虽然这也看具体语境(Truhlar篇这属于比较特殊的)。而说IRC的时候通常都是指质权坐标下的,唯独ORCA这是特例

Introduction to Computational Chemistry (3ed,Frank Jensen,2017) 13.8节:
A rigorous proof, however, requires a determination of
the Minimum Energy Path (MEP) from the TS to the connecting minima. If the MEP is located in
mass-weighted coordinates, it is called the Intrinsic Reaction Coordinate (IRC).

http://klingon.uab.es/prat/Thesis/node34.html
It is important to note that while the stationary points are invariant to any coordinate transformation, the MEP is not. It means that it will depend, to some extent, on the coordinate system. The MEP located in mass-weighted coordinates is unique and it is called the Intrinsic Reaction Coordinate (IRC)

Gaussian里可以选择IRC是在质权坐标下(默认)还是在笛卡尔坐标下(IRC=cartesian,相当于一般说的MEP),然而ORCA只能实现后者,因此不是一般意义的IRC。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

220

帖子

0

威望

6002

eV
积分
6222

Level 6 (一方通行)

跳跳猪

26#
发表于 Post on 2019-8-12 12:52:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-10 11:48
ORCA上个大版本就引入了IRC,但是跟高斯比还非常弱,速度很慢,算法远不如Gaussian的,连反应坐标都不给 ...

MEP并不是在Cartesian coordinate下计算的,至少在Polyrate中是在Mass-scaled coordinate下计算的。10.1063/1.443130
在mass-scaled中的μ取1amu时,mass-scaled和mass-weighted在数值上是一致的,只是单位不同(mass-scale是bohr,mass-weighted是amu^1/2·bohr),这时的MEP和IRC并无区别。
流年似水,浮生如梦。

627

帖子

11

威望

1万

eV
积分
12084

Level 6 (一方通行)

25#
发表于 Post on 2019-8-11 09:12:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-11 06:27
如今xtb没有自带应当是版权问题,本身xtb就是需要发邮件才能索取的。另外,之前的DFT-D4用的形式依赖于xt ...

谢大神指点!
计算化学与分子模拟

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

24#
发表于 Post on 2019-8-11 06:27:11 | 只看该作者 Only view this author
captain 发表于 2019-8-10 19:12
有点奇怪 4.1.1里还有 otool_xtb  otool_dftd4
怎么新版本里都没有了呢?

如今xtb没有自带应当是版权问题,本身xtb就是需要发邮件才能索取的。另外,之前的DFT-D4用的形式依赖于xtb计算出的电荷,所以xtb也不得不纳入,否则D4没法用。而现在ORCA支持且只支持DFT-D4(EEQ)-ATM形式,本身也用不到xtb了。
至于dftd4,应当是直接写到ORCA源代码里头去了,就像d3一样,所以不再单独出现
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

627

帖子

11

威望

1万

eV
积分
12084

Level 6 (一方通行)

23#
发表于 Post on 2019-8-10 19:49:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 captain 于 2019-8-10 20:09 编辑
ChrisZheng 发表于 2019-8-10 00:36
我试用了一下,把xtb用
链接到ORCA目录里,出现下列错误

请教一下
我这样 ln -s /xtb/bin/xtb /orca420 就可以正常运行了
或者直接把 /xtb/bin/里的xtb程序复制到orca目录下就可以了
我的问题是 orca调用的只是/xtb/bin/xtb 吗?不需要/xtb目录下的其它文件吗?

计算化学与分子模拟

627

帖子

11

威望

1万

eV
积分
12084

Level 6 (一方通行)

22#
发表于 Post on 2019-8-10 19:12:37 | 只看该作者 Only view this author
有点奇怪 4.1.1里还有 otool_xtb  otool_dftd4
怎么新版本里都没有了呢?
计算化学与分子模拟

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 01:27 , Processed in 0.239964 second(s), 28 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list