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[GROMACS] 求教,想问一下关于Invalid order for directive atomtypes这个错误的解决办法

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本帖最后由 sungl123456 于 2019-8-29 19:51 编辑

我使用的软件是gromacs4.6.7版本,模拟甲醇分子和一个盐离子之间的相互作用,在能量最小化输入grompp  -f minim.mdp -c interface.gro  -p top.top -o em.tpr时,出现的这个错误。我在不同的网站查了这个问题的解决办法,但是都不奏效,想听听遇到过这个问题的同学们和各位老师有什么建议。


85bbfef05ff253a516a071f7a0a7f7a.png (24.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 116)

85bbfef05ff253a516a071f7a0a7f7a.png

methanol.itp

2.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 240

NCH2CH2CH2CH3.itp

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top.top

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发表于 Post on 2025-1-4 16:33:45 | 只看该作者 Only view this author
#include "amber99sb.ff/forcefield.itp"
#include "ligand.itp"
像这样就可以,把生成的ligand.itp引用到力场拓扑下面就行。我没有做什么提取合并

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发表于 Post on 2022-1-19 09:33:58 | 只看该作者 Only view this author
我也出现了相同的问题,只不过我的两个分子都是OPLS-AA力场,所以直接把.top中include第二个分子.itp文件中的 [ atomtypes] 删除了,之后跑的时候就没有再报错。

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发表于 Post on 2021-8-11 12:20:56 | 只看该作者 Only view this author
王寓于 发表于 2020-4-21 20:51
已经解决了,谢谢。

您好,我遇到了同样问题,请问您是如何解决的

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发表于 Post on 2020-4-21 20:51:38 | 只看该作者 Only view this author
sungl123456 发表于 2020-4-21 16:05
你可以把你的top和itp,以及报错内容传上来,我们一起来看看

已经解决了,谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-21 16:05:33 | 只看该作者 Only view this author
王寓于 发表于 2020-3-24 10:03
我把pcc.itp和pc.itp里[ atomtypes ]部分剪切到top里,top顺序是[ atomtypes ]  include  [ system] [ mole ...

你可以把你的top和itp,以及报错内容传上来,我们一起来看看

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发表于 Post on 2020-3-25 22:08:50 | 只看该作者 Only view this author
王寓于 发表于 2020-3-24 10:03
我把pcc.itp和pc.itp里[ atomtypes ]部分剪切到top里,top顺序是[ atomtypes ]  include  [ system] [ mole ...

把include  的内容全都展开了,把所有字段放在一起再看
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发表于 Post on 2020-3-24 10:03:55 | 只看该作者 Only view this author
我把pcc.itp和pc.itp里[ atomtypes ]部分剪切到top里,top顺序是[ atomtypes ]  include  [ system] [ molecules] 还是同样报错,我看了您的帖子,请问您是这样解决的吗?

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发表于 Post on 2020-1-3 18:27:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-3 18:18
重复的只保留一个
要搞清楚itp被include入top后,相当于把itp里的内容直接复制到了top里。不要管字段在 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2020-1-3 18:27:07 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2020-1-3 18:05
不需要重复定义了

谢谢老师

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发表于 Post on 2020-1-3 18:18:24 | 只看该作者 Only view this author
kay 发表于 2020-1-3 16:54
咨询一下老师,[ atomtypes ]部分提出来后合并,放到top文件中,如果两分子有相同类型的原子,就不需要重 ...

重复的只保留一个
要搞清楚itp被include入top后,相当于把itp里的内容直接复制到了top里。不要管字段在什么文件里
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发表于 Post on 2020-1-3 18:05:56 | 只看该作者 Only view this author
kay 发表于 2020-1-3 16:54
咨询一下老师,[ atomtypes ]部分提出来后合并,放到top文件中,如果两分子有相同类型的原子,就不需要重 ...

不需要重复定义了

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发表于 Post on 2020-1-3 16:54:07 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2019-8-29 19:58
把每个itp中的[ atomtypes ]部分提出来后合并,放到top文件中,的itp前面

咨询一下老师,[ atomtypes ]部分提出来后合并,放到top文件中,如果两分子有相同类型的原子,就不需要重复定义了是吧?还有在top中定义了[ atomtypes ]之后,itp中也是必须要定义的么?

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发表于 Post on 2019-10-13 21:51:29 | 只看该作者 Only view this author
你用的立场是什么,我用的是gromacs场,在methanol.itp文件中只有atoms没有atomtypes ,也出现了和你相同问题。用你上述说的没办法解决

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-30 09:55:24 | 只看该作者 Only view this author
最终的解决方案是将itp文件中的atomtypes提出,放置于top文件中的#include ./methanol.itp和#include ./NCH2CH2CH2CH3.itp之前,问题解决,不过两个itp文件合并出来的原子类型中少量原子类型出现了重复定义的情况,直接运行会报warning,于是我把重复的原子类型的后一个,序数换一个数字,当然这样稍显麻烦不过能解决问题,另外我也确认过自带力场文件中的这些序数没有并定义过

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