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[VASP] 请教一下各位大佬有关POSCAR文件的问题。

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图1是我将MS建的碳纳米管模型的原子坐标位置用VMD导出来的数据
我想将其转换成POSCAR文件用于VASP计算碳纳米管的能带结构及DOS
请问各位大佬 我将其修改成图2所示POSCAR是否可行

图1.png (49.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

图1

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图2.jpg (136.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 89)

图2

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发表于 Post on 2019-11-23 08:12:25 | 只看该作者 Only view this author
vayne 发表于 2019-11-20 23:04
老师您好 还是晶体的问题。VMD里如何给自动生成的石墨烯纳米带施加周期性,让它能成功导成cif格式呢

VMD没有保存cif文件的功能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-20 23:04:23 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2019-9-24 12:52
直接改肯定不行,你得把这些排成VASP的POSCAR的格式才行。

老师您好 还是晶体的问题。VMD里如何给自动生成的石墨烯纳米带施加周期性,让它能成功导成cif格式呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-8 20:51:44 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2019-10-8 20:16
10nm已经100 Angstroms了,周期性不够,用非周期的又太长,只能近似处理下。

- - 好吧 谢谢您

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发表于 Post on 2019-10-8 20:16:29 | 只看该作者 Only view this author
vayne 发表于 2019-10-8 15:38
谢谢,我看到了,但我想请教一个可能特浅薄的问题。就比如我想计算一定长度的碳纳米管的能带、声子态密 ...

10nm已经100 Angstroms了,周期性不够,用非周期的又太长,只能近似处理下。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-8 15:38:26 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2019-10-8 15:06
MS产生的纳米管有周期性的模型,这种可以做成cif的。


谢谢,我看到了,但我想请教一个可能特浅薄的问题。就比如我想计算一定长度的碳纳米管的能带、声子态密度,例如10nm长。那我用周期性的模型计算有用吗?亦或是这两种模型的计算差别在哪呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-8 15:37:50 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,我看到了,但我想请教一个可能特浅薄的问题。就比如我想计算一定长度的碳纳米管的能带、声子态密度,例如10nm长。那我用周期性的模型计算有用吗?亦或是这两种模型的计算差别在哪呢?

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发表于 Post on 2019-10-8 15:06:30 | 只看该作者 Only view this author
vayne 发表于 2019-10-8 14:46
你好,我用的是MS自动生成的碳纳米管模型。保存时提示模型必须是晶体才能保存为cif格式,请问如何让其变 ...

MS产生的纳米管有周期性的模型,这种可以做成cif的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-8 14:46:30 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2019-9-25 21:35
如果你清楚VASP的输入格式,那么手工进行修改没问题,如果不太了解两者我的转换关系,那么如楼上所说转换 ...

你好,我用的是MS自动生成的碳纳米管模型。保存时提示模型必须是晶体才能保存为cif格式,请问如何让其变成晶体呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-8 14:45:55 | 只看该作者 Only view this author
你好,我用的是MS自动生成的碳纳米管模型。保存时提示模型必须是晶体才能保存为cif格式,请问如何让其变成晶体呢?

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发表于 Post on 2019-9-25 21:35:27 | 只看该作者 Only view this author
vayne 发表于 2019-9-25 20:13
嗯嗯 这前面的几个数可以删掉 我之前用LAMMPS做MD模拟的时候前边几列数不影响计算,不知道VASP会不会受影 ...

如果你清楚VASP的输入格式,那么手工进行修改没问题,如果不太了解两者我的转换关系,那么如楼上所说转换成cif再用Vesta转换为POSCAR比较简单。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-25 20:13:55 | 只看该作者 Only view this author
Picardo 发表于 2019-9-24 21:02
你用VMD导出个什么cif或者xyz再用vesta打开转化成POSCAR就完事了

好嘞 谢谢 我试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-25 20:13:12 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2019-9-24 17:00
比如,下面坐标的位置,前三个数是xyz,按你现在的格式肯定不行。

嗯嗯 这前面的几个数可以删掉 我之前用LAMMPS做MD模拟的时候前边几列数不影响计算,不知道VASP会不会受影响,我会删掉的 - -

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发表于 Post on 2019-9-24 21:02:01 | 只看该作者 Only view this author
你用VMD导出个什么cif或者xyz再用vesta打开转化成POSCAR就完事了

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发表于 Post on 2019-9-24 17:00:16 | 只看该作者 Only view this author
vayne 发表于 2019-9-24 16:56
格式的话 应该没什么大问题。就是我看到的官网上的例子内盒子坐标都是正的,原子数目也不多。不知道这是 ...

比如,下面坐标的位置,前三个数是xyz,按你现在的格式肯定不行。
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