rmsd：678是镁离子，跑了50ns 计算rmsd为0，这正常吗？求大神解答

zkzk · 发表于 Post on 2019-10-14 09:17:22

reference ../0sys/wt-phe.inpcrd
center :1-681 origin mass
image center origin familiar
strip :WAT
strip :Na+
#rms reference out prod-wt-phe.rmsd :1-677@CA,C,N
#rms reference out prod-70-C-1-72.rmsd :886-986@CA,C,N
#rms reference out phe-1-47.rmsd :681&!@H=
rms reference out adp-1-47.rmsd :680&!@H=
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rms reference out mg-1-47.rmsd :678&!@H=
678是镁离子，跑了50ns 计算rmsd为0，这正常吗？
求大神解答

zkzk · 发表于 Post on 2019-10-14 09:53:08

非常感谢、

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-10-14 09:50:31

一般说RMSD都是相对RMSD，就是消除了平动和转动的RMSD，单个粒子当然是0

绝对RMSD只有算一些和动力学相关的量（比如扩散系数）的时候才有物理意义

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