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本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-11-11 04:43 编辑
我知道可能很多人觉得用amber来跑QM/MM效率不是很高。但有些人就是懒，不想用别的，而且很多时候并不是想做非常严谨的QM，而是用一些半经验的方法试试看。
除掉那些历史悠久的半经验方法的话，amber自带的半经验能用的只有PM6和dftb3。amber的PM6只有DFT-D矫正，氢键矫正的形式有点怪。amber的dftb3又是连DFT-D矫正都没有。
所以我就想可以用现在大热的xtb来描述QM部分，无奈amber的QM/MM部分八百年没更新了，虽然有Holger Kruse写了一个amber/xtb的interface，但我记得是争对amber14的，现在再用可能会被审稿人欺负。
但从orca4.2开始，orca就支持xtb了，而amber支持orca，所以就可以串起来，搞一个amber/orca/xtb来用xtb。
可惜如果用orca/xtb的interface来调用xtb的话，point charge gradient文件pcgrad是以xtb的形式而非orca的形式输出，具体来说就是少了第一行point charge的个数和具体的小数点的个数也有点区别。
导致用orca/xtb生成的pcgrad文件无法被amber的amber/orca/的interface读取。
这个问题9月13号就被人提出在orca论坛上（https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=11&t=5181&p=22867&hilit=xtb#p22867），不过没人理。于是我就修改的xtb一下（https://github.com/xiki-tempula/xtb），使其生成的pcgrad可以被amber的amber/orca来读取。发现我提供修改过的xtb之后，christoph.riplinger光速表示，我们会在下个版本修正这个问题，所以let‘s see。
具体操作就是把我修改过的xtb（https://github.com/xiki-tempula/xtb）下载下来，然后编译用intel编译器，meson（>0.49）和ninja编译。
- export FC=ifort CC=icc CXX=icpc
注意meson要新版的，直接git就行，meson不需要编译。
因为xtb强制静态编译，所以可能会遇到没有静态pthread库问题，我有一个修改版的xtb（https://github.com/xiki-tempula/xtb/tree/dendrite）用一种丑陋的方式解决了这个问题，不过据说xtb的人在改了。
然后把编译完成的xtb放到orca下面命名为otool_xtb
然后普通的用amber调用orca，提供名为orc_job.tpl的模版就行，注意修改内存和线程数。以及适当的定义qmcut，都用半经验了，就把整个蛋白都包进去吧，省的审稿人BB。
amber的输入文件
ua_equil.in
(1.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 83)
和orc_job.tpl
orc_job.tpl
(41 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 75)
作为附件提供。
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发表于 Post on 2019-11-11 04:35:35
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